干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站

标题: 重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系 [打印本页]

作者: Tlexander    时间: 2016-8-13 08:57     标题: 重磅:生物学家必备知识-RPKM和RMA的定量关系

小编发现生物学家特别关系基因的表达情况,但一般而言目前的表达数据主要有两种(芯片和测序),芯片数据采用的是RMA值表示表达的高低,但是测序数据常常采用RPKM表示。问题来了,那么RMA和PPKM在数值上的经验关系如何呢?
8 P, A$ T7 X) D  U8 u1 }
" [( L: J7 a) |! }, F$ X, u: R4 Z8 f[attach]79552[/attach]" x! h6 a7 w& A9 u2 E
) _4 O# a# o. _
根据经验:7 I, m. x' b$ l' L( T6 f

, i" {5 ]8 z+ u0<RPKM<0.1被认为是不表达,; O+ b* h; H5 Y* t4 `
0.1<RPKM<1被认为是非常低表达,# U  K0 j9 e* ~4 @& S2 d
1<RPKM<10被认为是低表达,8 }) c7 A/ D) F  ]/ L  M: s
10<RPKM<100被认为是中等表达
$ `* s/ _. q1 E/ F( E4 u  `6 l! T. C# [100<RPKM<1000被认为是中高表达  E0 x8 H  A% x' I9 ?
1000<RPKM 被认为是高表达, c- y$ @/ F$ l6 O; f
1 w2 g/ O/ y% H' z( g" w
现在清楚怎么解读测序数据的表达结果了吧,再举个例子:9 w9 ]0 |4 L3 b

8 j" R; N; q7 J[attach]79553[/attach]! L& [  _+ x+ B, A4 H
/ n- m& v) h( N, ~" L( c
如图所示的这个基因UBQLN2 在大脑中呈现明显的高表达,在其他组织中是中高表达。在刚刚发表的Cell文章中,显示UBQLN2的功能缺失直接导致老年痴呆症,如此以来,大家就都明白了吧。
8 T  {  `; g; ]( \0 x/ L
0 q2 F$ Z, @8 a$ T. i( o% |转自微信号:表观遗传学快讯
4 \$ A! j  @  n; o$ l3 Q5 M3 C
% A1 m( i" Q' h, a4 M
# V: g, O$ \, ~9 E, E




欢迎光临 干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站 (http://www.stemcell8.cn/) Powered by Discuz! X1.5