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标题: 请大家看看 Mouse iPS的鉴定问题。NANOG 的引物 [打印本页]

作者: 上海过客 时间: 2010-4-11 09:55 标题: 请大家看看 Mouse iPS的鉴定问题。NANOG 的引物

请大家看看 Mouse iPS的鉴定问题。NANOG 的引物
9 V; z) G% b6 L3 v! o0 v9 l
最近再养小鼠的 iPS细胞。收了一些蛋白，RNA 最近想做一下  鉴定。用的三个基因是内源NANOG，SOX2，OCT3/4 。序列是参考附录山中伸弥 06年的 Cell 文献。PCR记过都出来了。克隆形态比较好。  M" a" f% o$ C' I, b# f
+ M! K. Z+ h' c/ `4 {( `, i
但是出问题了 SOX2 和OCT 的  引物都找到了  但是 NANOG的引物找不到序列 : {% v! J1 T4 Z! k, \  Y$ I4 E* C
1 m' Z5 q6 }! H$ L" b
  NANOG的代码是 AB093574 ，参见附录文献31页  AK010332;XM_132755  Mus musculus mRNA for homeobox transcription factor Nanog, complete cds. [AB093574]  。                引物用的是第39页的 RT-PCR for endogenous Nanog 。  * ]+ N$ [. r) Q4 [+ m- I: ]2 s# K, h* R

请大家看看什么地方出了问题。是NANOG的序列我找的不对  ？
; O9 }8 z% A9 h1 \# I3 k' Z
刚才用两个引物序列直接在 NCBI里搜索了。结果没有找到同源的序列

作者: gemstone 时间: 2010-4-11 21:48

我比较了一下你提供的信息，发现sense引物有一处不匹配。在靠近5’端，理论上说RTPCR也应该有结果，只是效率会降低一些。不过Yamanaka这么提供错误的引物序列有点不厚道。当然，也许是无意的错误。不管怎样，你还是要比较确认别人提供的信息以后再用比较稳妥。

作者: ppcl2 时间: 2010-4-12 02:39

Paper中的引物在使用前，一定要慎重，特别是CNS文中里列出的，有的全部是伪劣序列，你要不小心就悲剧了，呵呵。
这种东西最好自己合成，要使用论文中的，至少要事前确认一下真伪，拿个软件看看能用不。

作者: yuheng 时间: 2010-4-13 09:17

同意楼上的说法，我最近用的引物也是参考文献中的，而且是多个文献反复引用过的。结果做了real-time PCR后发现溶解曲线都是两个峰，最后还是自己设计的引物，P的结果比较满意。

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