本帖最后由 mckf111 于 2010-4-20 21:13 编辑 * s: \6 |) i8 L" B2 z) ?
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先做个自我介绍4 u5 S" g. L( L. a! P4 m
我是东南大学基础医学院的一名研究生（下半年才研一） 虽然我的见解肯定很菜菜 但是本着对肿瘤基础研究的向往 还望各位师兄和大牛不吝赐教# [* Y9 K3 d: L+ b6 G
本月上旬研究生复试刚结束 我去找了下导师 他跟我简单说了下课题组做的东西 基本我只听清楚了三个词：CSC EMT miRNA 它们间的关系我目前还基本不清楚 然后就给了我几十篇文献 让我回去看看 其中曾院士的这篇JBC 导师让我全文翻译还要做PPT 所以应该是重中之重了 但是 看了大约一星期了 胸中疑惑和诧异不少 在此先略表拙见 再有求于各位指教 1 Y }% j9 D0 d9 v( n : @8 w7 |$ u4 Z4 Q5 o' z+ P; SJBC 2 a# f3 \" K- V . n2 l% o2 O7 d8 ~) ~: qSTEM-LIKE CANCER CELLS ARE INDUCIBLE BY INCREASING GENOMIC INSTABILITY IN CANCER CELLS+ j$ {' z( `2 ]5 q3 ~
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The existence of cancer stem cells (CSC) or stem-like cancer cells (SLCC) is regarded as the cause of tumor formation and recurrence. However, the origin of such cells remains controversial with two competing hypotheses: CSC are either transformed from tissue adult stem cells or dedifferentiated from transformed progenitor cells. Compelling evidence has determined the chromosomal aneuploidy to be one of the hallmarkers for cancer cells, indicating genome instability plays an important role in tumorigenesis which CSC are believed to be the initiator. To gain direct evidence that genomic instability is involved in the induction of SLCC, we utilized multiple approaches to enhance genomic instability and monitored the percentage of SLCC in cultured cancer cells. Using side population (SP) cells as a marker for SLCC in human nasopharyngeal carcinoma (NPC) and CD133 for human neuroblastoma cells, we found that DNA damage inducers, UV and mitomycin C treatment, are capable of increasing SP cells in NPC CNE-2 and neuroblastoma SKN-SH cells. Likewise, either overexpression of a key regulator of cell cycle, Mad2, or knocking-down of Aurora B, an important kinase in mitosis, or Cdh1, a key E3 ligase in cell cycle, resulted in a significant increase of SP cells in CNE-2. More interestingly, enrichment of SP cells was observed in the recurrence tumor tissues as compared with the primary tumor in the same NPC patients. Our study thus suggests that beside transformation of tissue stem cells leading to CSC generation, genomic instability could be another potential mechanism resulting in SLCC formation, especially at tumor recurrence stage.7 f$ m2 E3 s+ B5 N* E/ {- d. _9 x
+ B. a7 ]; x# a; Q1 l拙见和疑问如下： 5 T x: R0 H; F" ~1 ~1、先是关于文章本身的一些疑问：图1.3.5中的像泼墨画样的坐标图示是什么意思；还有为什么要算NFE（nasosphere formation efficiency）还要算CFE（colony formation efficiency）；CNV（copy number variation）检测是什么我也云里雾里，这些对于各位前辈来说可能很小菜，不知有没有CSC常用技术这方面的入门贴 也方便像我这样的新手自学入门（一开始就看这种层次的论文着实有点摸不着头脑 导师真是的）；& I: V% V4 N8 K2 H6 J1 U$ [/ y1 x
2、再就是对本文所要论证的课题的一些拙见：本文个人认为是关于对CC诱导生成CSC的研究初探 我看过几篇关于CSC的综述以及论坛上各位的若干言论 感觉CSC还是有点虚无 目前还并没在所有的肿瘤组织中找到它们存在的证据 我想与其把它板上钉钉的找到 不如将之理解成一个功能性的细胞团体来的更实在 因为Cancer的发生发展过程实在让我感到它们是一个有组织 有预谋的反革命团体 而绝非是散兵游勇 所以CSC可能其实不过是这个大家庭中的一分子——主司伤员补给 而肿瘤的疯狂发展目的也是为了寻求自身组织内部的“平衡” 这样一来 无论是对CC的杀伤 还是对CSC的破坏 想来这种平衡都会倾斜 所以干转非和非转干都是在所难免的 就像企业里既不能没工人也不能没领导 这种基因组的不稳定性诱导产生CSC感觉说得太过笼统 到底是基因组的不稳定还是细胞群体的不稳定（因为实验中所做的一些DNA damage的干预 想必会杀死不少cell line中的细胞吧 那整个群体中各类细胞的比率似乎也会由此改变 那就难说是基因组的不稳定还是群体的不稳定导致CSC出现了 还有 这里面CSC是个数还是百分数 呵呵）综上 个人并不认为这篇JBC的文章实际意义有多大 它顶多给我们的思维多开一个岔道罢了 还有 网上有些媒体对于这篇文章的评价是——化疗可能为癌症复发的“根源” 这貌似有点武断和误导啊 设想一个没什么工人的工厂里面 工人只能去当领导了 厂子若想起死回生 还是得募集更多的工人啊/ \9 `8 |4 m K) c
以上就是鄙人的一点拙见 由于基本没有什么实验经验 所以只能做做嘴上功夫 有偏颇之处 还望大家见谅3 Q- U* T0 A5 P2 H& P2 a; L
另外 就是希望大家能够给我的疑问和见解给一个回复 谢谢 ' |) c& d. j8 a. h. D+ N. S& _2 I论文附上：作者: mckf111 时间: 2010-4-20 21:16
说实在的，我简单地看了一遍这个文章，愣是没有看懂他们在做什么...可能是我的理解能力差吧。不过我个人一点看法，仅供娱乐：9 w6 p, \" Y; n j1 S* |& E
从摘要来看：“However, the origin of such cells remains controversial with two competing hypotheses: CSC are either transformed from tissue adult stem cells or dedifferentiated from transformed progenitor cells.” 我可以理解为整篇文章想要从细胞水平阐述清楚这个起源问题...但是接着看...又把染色体异倍体给扯进来了...这个应该是属于基因组水平的吧...两者根本不是同一层次的东东...好吧，这个忍了，继续看：To gain direct evidence that genomic instability is involved in the induction of SLCC...这个direct evidence...估计没有多少人敢这么用吧...关键你的结果真的是direct evidence吗？仅仅那么一点数据就能作为直接证据？4 A8 R( x4 ^3 A6 ?7 s
继续：“Using side population (SP) cells as a marker for SLCC in human nasopharyngeal carcinoma (NPC) and CD133 for human neuroblastoma cells”... 这个实验体系出发点就是错误的...SP就真的是cancer stem cell 的marker吗？ 自己有没有去验证过？cd133？这个不也是颇受争议吗？怎么可能拿那些有争议的东东作为评价实验体系的标准呢？假如真的这些marker到后来被证明是错误的呢，那这些实验不久白做了吗？无用功...3 [& ?, G& n3 o- [. q2 w& b
本来看到这里，按照我平常的标准，这篇文章就早被我打入冷宫了....但为了战友我还是粗略地看了看...最后得出的结论是：这篇文章最好还是不要看了，没有值得学习的地方，另外，更不要把他们的这个结论拿出来当做自己实验的依据.... * v+ @8 U( E) z! Q- A: sGood luck!作者: 饶冠华 时间: 2010-4-21 10:19
因讨论如此热烈，便作为外行饶有兴趣地学习这篇JBC。对dwc326网友说的“感觉是独立的3段”不敢苟同，JBC即使审稿质量下降，也不至于发表一篇拼凑的杂烩。相反，作者正是沿着"导致基因组不稳定性的诱因会诱导癌干细胞-->导致基因组不稳定性的不同环节会诱导癌干细胞"来验证他们的假说。作为国内的研究应当属于方向正确、data也相当丰富之列了，可谓又红又专。当然美中不足的是，体外实验中作者没有将上述两个环节联系起来，说明“导致基因组不稳定性的诱因是通过导致基因组不稳定性的不同环节来诱导癌干细胞”，听着很拗口吧。当然，有人觉得这是废话：不通过这些环节还通过什么？但这就是饶版主说的被我理解成的direct evidence，没有这个就不能排除紫外光是绕过基因错配程序直接导致于癌基因激活和抑癌基因失活，而且不能排除哪种途径作用更大。好在abstract最后作者说到genomic instability could be another potential mechanism resulting in SLCC formation, 还加了个especially at tumor recurrence stage，让全文严谨性尽显。.总体上讲，我还是偏向考虑genome instability在细胞恶变一系列过程（包括癌干细胞诱导）中起到一种“背景”作用，就像人在噪音、惊吓状态下容易做错事情，而治疗所要达到的目的，就是要在去除刺激前提下，calm down受惊的人，并使所有人处变不惊。很难说genomic instability就是CSC的直接诱因，而应该理解为CSC是在genomic instability的背景下，细胞内各种调控因素综合作用使细胞产生癌干细胞分子和行为特征的几率增大。 - X' C+ s7 \! F* `6 R x9 ~9 [ U7 \8 d7 O: W
饶版主全盘否定的意见未免太过偏激啦，在没有更精确的marker和更全面的体内实验条件下，SP和CD133还是能让人产生与CSC correlation联想的，虽然很多细胞都有，但用处不一样啊，刀子在大厨手里是养家户口的工具，但在侩子手手里是杀人工具。每个环节实验的设计还是值得新手学习的；不解的是现在JBC是不是撤消了语法词汇审查，只读了discussion，就发现有caner、ducoments、maintainling之类的错词，作者忙着安排data写错了可以理解，编辑和审稿者也真是粗心作者: 饶冠华 时间: 2010-4-22 09:37
本帖最后由 饶冠华 于 2010-4-22 09:57 编辑 0 ^5 ~2 O6 g a8 l& O1 ^ 6 t- O* Q8 A0 d5 N( B) E8 F' q回复 25#kittybruce : g/ Z1 S$ r2 U! S) Z X很赞同你说的这段：“总体上讲，我还是偏向考虑genome instability在细胞恶变一系列过程（包括癌干细胞诱导）中起到一种“背景”作用，就像人在噪音、惊吓状态下容易做错事情，而治疗所要达到的目的，就是要在去除刺激前提下，calm down受惊的人，并使所有人处变不惊。很难说genomic instability就是CSC的直接诱因，而应该理解为CSC是在genomic instability的背景下，细胞内各种调控因素综合作用使细胞产生癌干细胞分子和行为特征的几率增大。” 3 ^+ U( N) M4 ?% g- Y$ P本来想反驳一下你最后一段话，后来发现SP这个marker他们在之前07年的cancer research中验证过："In a previous study, we tested whether there were SP cells in NPC cell lines, and five such cell lines were examined using Hoechst 33342, a DNA binding dye, which effluxes DNA out of membrane. The results showed that the SP cell populations differed from 0.1% to 6.8% in the cell lines. Furthermore, we demonstrated that these SP cells had stem cell characteristics, such as self-renewal, differentiation, strong tumorigenesis ability in vivo, and resistance to chemotherapy or radiotherapy." 因为之前只是粗略看了一下几个figure...在这里略表歉意~ 8 J/ S# O- d7 E/ w + N, e) H) Z- h; g1 L9 k" F但是继续发表一些看法：对于第一部分，他们使用UV，但是有检测过UV的效果吗？我怎么知道UV到底有没有导致细胞DNA损失呢？第二：虽然他们后来用FISH检测了基因组的变化，但是有没有分离过SP和非SP细胞呢？比较这两种细胞phenotype的变化是由于genotype变化而导致产生的呢？他们在文中只是说处理之后的基因组的不稳定性增加了，但是并没有直接证据，只能说有一定的correlation。你怎么知道SP的增加不是细胞在应激条件下的一些表观遗传学变化而导致的表型变化呢？我觉得还是一楼楼主说的“平衡”说的很到位。; p% N, W9 O' r
另外，针对第7个figure，对肿瘤样品，我不知道文章中的样品来源的患者是不是手术后复发的？如果说他用的primary tumor与recurrent tumor 是不同时间从病人体内取出来的话，那么这个figure就一点意义都没有。我们都知道，肿瘤在患者体内是不停地演化的，本身基因组就不稳定，如果取样时间相差太多，那必然能观察到与Primary tumor不一样的基因型。但这个能作为支持文章的证据吗？我表示怀疑。作者: marrowstem 时间: 2010-4-22 12:08
对于这句话：“只读了discussion，就发现有caner、ducoments、maintainling之类的错词，作者忙着安排data写错了可以理解，编辑和审稿者也真是粗心”。9 l8 o L& x- I9 A* q- F
我想说，此篇文章从第一作者、到通讯作者及JBC的编辑和审稿者都是态度不够严谨的，而并不是粗心和可以给予理解的小么事。作者: mckf111 时间: 2010-4-22 12:47
回复 26#饶冠华6 X$ _. x* O8 g! U1 ^. g' `4 O+ q2 \
对于UV 文中的解释是Then, CNE-2-S26 cells were treated with UV light for 15 seconds, the time to effectively induce DNA damage, and cultured for 24 hours.作者: 饶冠华 时间: 2010-4-22 12:51
回复 29#mckf111/ x( p. X- f) @7 M
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话虽这么说 但我怎么知道他们是怎么操作的呢？会不会出现失误？没有检查效果就不应该继续做，就好比你要做RNAi或者过表达，说这些实验我做过，质粒也没有问题，但是你没有做western检测表达效果估计谁也不会承认的...同样的道理...作者: rainbowdws 时间: 2010-4-27 14:05
