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标题:
请教查询两个基因序列
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作者:
xuhaoxiao
时间:
2010-6-11 16:29
标题:
请教查询两个基因序列
我想查询C56BL/6小鼠的MHC 2 的A基因alpha和beta链的mRNA序列(I-Aalpha,I-Abeta), 折腾了半天没找到。
/ t, ]. K9 J# ^. l/ }
不知哪位高人有没有？
作者:
lixiaodong
时间:
2010-6-11 17:17
看看这个是不是，如不是C57/B6,自己Blast一下基因组。
' n! {* o2 B) ?" s3 ~6 H
LOCUS MUSMHIAKA 978 bp mRNA linear ROD 27-APR-1993
+ p1 D: k7 U- P* n9 M
DEFINITION Mouse MHC class II H2-I-A-alpha gene (k haplotype), complete cds.
# `! y! N2 V% l4 O; x1 M& t' T
ACCESSION M21931
! D1 g* a$ e$ E6 {% z* L4 o
VERSION M21931.1 GI:199493
}; n7 O1 {# a6 D1 L- q# r( m
7 H' b( L$ ^% r h: M6 g; i0 ^, j
1 gcagagacct cccggagacc aggatgccgc gcagcagagc tctgattctg ggggtcctcg
8 \$ c- j9 N8 l7 J7 f
61 ccctgaccac catgctcagc ctctgcggag gtgaagacga cattgaggcc gaccacgtag
" m+ P+ Z# N$ X1 d, F+ N
121 gctcctatgg tataactgta tatcagtctc ctggagacat tggccagtac acatttgaat
4 \* x9 r$ [7 F- v! G# k
181 ttgatggtga tgagttgttc tatgtggact tggataagaa ggagactgtc tggatgcttc
* M2 p+ I9 i( E. E& C. }- g
241 ctgagtttgc tcaactgaga agatttgagc cccaaggtgg actgcaaaac atagctacag
! D: c) T- z1 n8 ~* ~" t+ }- o! m; S
301 gaaaacacaa cttggaaatc ttgactaaga ggtcaaattc caccccagct accaatgagg
: G7 ^! a) j3 A/ [: \
361 ctcctcaagc gactgtgttc cccaagtctc ctgtgctgct gggtcagccc aacaccctta
5 Q9 y+ ~4 A; m
421 tctgctttgt ggacaacatc ttccctcctg tgatcaacat cacatggctc agaaatagca
* I2 R' i2 z+ Q% J% ~ v
481 agtcagtcac agacggcgtt tatgaaacca gcttcttcgt caaccgtgac tattccttcc
1 R% l! s1 ]8 @6 m- I& k
541 acaagctgtc ttatctcacc ttcatccctt ctgacgatga catttatgac tgcaaggtgg
. C2 l6 w0 d1 C* p
601 agcactgggg cctggaggag ccggttctga aacactggga acctgagatt ccagccccca
M( P! m3 V* e7 o( n# y1 u q
661 tgtcagagct gacagagact gtggtgtgtg ccctggggtt gtctgtgggc cttgtgggca
) D9 n" N% v) G( e
721 tcgtggtggg caccatcttc atcattcaag gcctgcgatc aggtggcacc tccagacacc
7 b: k# S0 v5 s% a
781 cagggccttt atgagtcaca ccctggaaag gaaggcgtgt gtccctcttc atggaagaag
' } T ]7 c& F: g9 ]2 a- x+ H, R
841 tggtgtgctg ggtgacctgg cacagtgtgt tttctggacc aatttatggt gttctttttc
+ @0 I \" Y' o" R) ?. A! B
901 ttcttcaagt gacccccaac ttgcttttcc cttggccctg aggctgtccc tctcacagct
1 X( o* N$ u# j, _' U1 g1 ^( k3 B X9 l
961 cacacaccct tggaattc
. d# `! t/ X0 X& }) X2 ?9 v# O
//
作者:
lixiaodong
时间:
2010-6-11 17:21
这个不全，自己再BLAST一下吧。
6 z' s* H+ }- c
LOCUS MUSMHIAKB 740 bp mRNA linear ROD 27-APR-1993
$ _, Z( Y' D4 I7 U9 a. G. {
DEFINITION Mouse MHC class II H2-I-A-beta gene (k haplotype), 3' end.
5 K. P7 l3 R/ g' {' i9 l
ACCESSION M21932
# Y- U8 n4 x9 z8 _
VERSION M21932.1 GI:199495
/ a7 l+ ?5 N# |8 @
1 ggcatttcgt gcaccagttc cagcccttct gctacttcac caacgggacg cagcgcatac
; t b! E" Y# o* {. H; t% |
61 ggcttgtgat cagatacatc tacaaccggg aggagtacgt gcgcttcgac agcgacgtgg
1 m3 p' K; X2 W! w* c: f. ?5 ^: }; C* X
121 gcgagtaccg cgcggtgacc gagctggggc ggccagacgc cgagtactgg aataagcagt
: {' k# m, R( j' l& F" y* Q
181 acctggagcg aacgcgggcc gagctggaca cggtgtgcag acacaactac gagaagacgg
( n% `, q1 {1 W h0 ]# n0 e. T
241 agacccccac ctccctgcgg cggcttgaac agcccagtgt cgtcatctcc ctgtccagga
' j& C6 V7 ]4 h: q+ m
301 cagaggccct caaccaccac aacacgctgg tctgctcagt gacagatttc tacccagcca
* e- r8 ~! o* w
361 agatcaaagt gcgctggttc cggaatggcc aggaggagac ggtgggggtc tcgtccacac
/ N) B+ @( Y) g2 M! G2 F
421 agcttattag gaatggggac tggaccttcc aggtcctggt catgctggag atgacccctc
& j. F2 u& ]9 R5 }/ q
481 ggcggggaga ggtctacacc tgccatgtgg agcatcccag cctgaagagt cccatcaccg
* ^$ ?4 g- T" G2 `7 {/ P4 s; T
541 tggagtggcg ggcacagtcc gagtctgccc ggagcaagat gttgagcggc atcggtggct
" ~# ^1 @8 O6 S1 D2 {* @" T8 m
601 gcgtgcttgg ggtgatcttc ctcgggcttg gccttttcat ccgtcacagg agtcagaaag
) P/ X8 U8 S5 w4 n+ @$ H
661 gacctcgagg ccctcctcca gcaggactcc tgcagtgact cagagtgttt tgactcagtt
) H& U: R& F; S1 b
721 gactgtctca gactgtaagg
作者:
xuhaoxiao
时间:
2010-6-11 18:03
回复
3#
lixiaodong
1 V, T7 o: {& v
C57是b haplotype,这个事k.
; r- j3 B. z" e' O; [5 n5 R+ A* b
谢谢
作者:
hndxws
时间:
2010-6-11 18:31
首先进入NCBI输入基因名称（英文的）mus MHC 2，选择类型Gene。会出现新的窗口。一般选择第一个。这是搜索结果
R4 w, s3 F6 ^
mRNA and Protein(s)
0 t" ?9 n* Q* M1 C( u+ M, p
1.NM_001001892.2 → NP_001001892.2 H-2 class I histocompatibility antigen, K-W28 alpha chain isoform 1
. J) l% E' y- f, W$ k5 x' t6 N4 v
! r, L$ y) P' w9 d
" [5 F6 @! ?$ X4 r J2 {" d5 Y3 {
Source sequence(s)AK153419,BP757296
, }1 I1 {' w- V; m% o
UniProtKB/Swiss-ProtP01901
& h# a4 [' ]+ ]: Z2 Q* M
UniProtKB/TrEMBLQ7JJ15
, J7 x4 f! v& l( `6 g2 e. b i0 t- \" A
Related EnsemblENSMUSP00000025181, ENSMUSP00000040558, ENSMUSP00000084436, ENSMUSP00000109950, ENSMUST00000025181, ENSMUST00000046131, ENSMUST00000087189, ENSMUST00000114311
) E) r+ \! \' J' a& c2 b* L/ H
Conserved Domains (3) summarycd07698
: d! n) K# d% w
Location:204 – 296
2 c9 C0 P& b5 L; L5 }# y. h. b( t
Blast Score: 352IgC_MHC_I_alpha3; Class I major histocompatibility complex (MHC) alpha chain immunoglobulin domain.pfam00129
0 V' w- h9 Q" [4 W
Location:22 – 200
$ @, ~' n* N: q2 ?" \: s! ?
Blast Score: 913MHC_I; Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2.pfam06623
$ u4 M3 W! Q, E* N( r$ Q# s$ ?+ Y7 s
Location:334 – 359
y, O. Q7 u% ^* ]4 t
Blast Score: 119MHC_I_C; MHC_I C-terminus.
& x3 T7 i1 _$ Q" G% Q7 _: i
0 T/ Y9 O0 a/ E
1 P/ C( J/ R) O& Z+ t' P
这是结果的链接，有两个，看看是否是你需要的。
6 q# S: m# a- ^6 p$ `* U
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001001892.2
5 v% }8 x9 i/ y
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_001001892.2
; u) |* |! ~" E: {7 W7 z+ M4 ]1 `
6 H S% K2 V; s* f# X6 x1 l% M/ T1 s
另外，你这方面的能力需要培养一下，很基本的，多练习练习。
作者:
xuhaoxiao
时间:
2010-6-12 09:42
回复
5#
hndxws
: _8 a q/ L1 U* c. T
谢谢，我要查找的是MHCII的基因A,就是I-A或者说H-2A.
& u# Z% b( T: N+ Z9 k$ F8 y) o
你给我的是MHCI的K基因。
2 | @- Y% x" ^3 z+ F D
还是谢谢你。
" \5 M" Y" l4 [9 H' e0 i
MHC有多态性。
作者:
上海过客
时间:
2010-6-12 10:49
多态性 可能是通过 不同剪 切方式 来的 。
% a6 Z u4 n3 a% k) o6 T' w9 _& [
! w% }9 ^7 Z6 e/ X" s
注意 NC 开头的 号码 ，和 NM 开头的 号码 。 看看 提供的信息 。
m0 Y% P4 D6 s' ^, P
" u4 i2 \# H$ q0 Z: E1 t
NM 开头的 号码 里 有 外显子的信息 ，可能会提供 可变剪切的 信息 。
作者:
farmer
时间:
2010-7-28 08:24
标记
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