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标题: PDF电子书：蛋白质组学 最新版Introduction to Proteomics [Liebler[1].Humana.2002] [打印本页]

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作者: dahui    时间: 2010-6-27 21:10     标题: PDF电子书：蛋白质组学 最新版Introduction to Proteomics [Liebler[1].Humana.2002]

6 r3 T- R( T6 A6 R

) C0 L" B1 y6 [Proteomics in Practice
$ S1 m; B- n! BA Guide to Successful Experimental Design; c% D( D9 X$ e3 w# N( _
  ^. w2 Z4 }0 j
Abbreviations, Symbols, Units XV* s0 f3 W( K$ ?9 b0 s
Introduction 1% r( _1 v! L% V1 {8 J/ _
1 History 1
) l% M7 {. C# K( o. T2 Critical Points 8
# O0 T3 A/ H* e2 p) b2.1 Challenges of the Protein Samples 8
( I2 [5 i' ~/ m% P7 g: H5 i2.1 Challenges of the Analysis Systems 11
2 v7 {4 p2 i# V3 R) h# x+ H) U9 g3 Proteomics Strategies 127 k' `9 R7 u! n/ n+ Q. o/ |
3.1 Proteome Mapping 12! D; R& }. l  j- T: F
3.2 Differential Analysis 12
+ S" C( Q' A* a3 s4 Q( N2 P' ]/ P3.3 Time Point Experiments 13
7 l2 T# p! B  m0 ?" {5 S: v6 w1 g3.4 Verification of Targets or Biomarkers 13
% W* {- D1 e( j9 s. v3.5 Integration of Results into Biological Context 13: B' N" C# j/ w% g) q1 k# b) I
3.6 Systems Biology 130 x, Y9 I/ o  [% X7 z' _2 @/ `  A" [
4 Concept of Experimental Planning 14, n2 H' S- j$ d' `9 o) J1 a3 R
4.1 Biological Replicates 147 B6 S  c( D1 ~
4.2 Pooling of Samples: Yes or No? 14
3 F, F! _, {* c# I4 e2 Y8 y4.3 Pre-fractionation of Samples: Yes or No? 14
8 k8 K0 y# F+ E6 R3 o* Z4.4 Which is the Best Workflow to Start With? 15
4 p; Z. F; j. c0 _% x# X- ~7 X5 wPart I: Proteomics Technology8 F. u. @% ?7 K* X+ `; L
1 Electrophoretic Techniques 194 z) s0 U  d6 R7 h8 K5 T# I% I6 s
1.1 The Principle of Electrophoresis and Some Methodological
+ |% A8 ]4 y7 fBackground 19
1 D5 H, c5 P8 m+ ]* T1.1.1 Free Flow Electrophoretic Methods 202 U: R: l) B; l3 x* A7 q7 g2 k# w
1.1.2 Gels for Electrophoretic Techniques 21( r9 x9 q- h4 W* x* R3 ~: u8 \
1.1.3 Electroendosmosis Effects 21
/ Q9 A9 x. D5 n' X1.2 Polyacrylamide Gel Electrophoresis 22' o2 U3 H2 _) l( `

& {  B8 O% h9 u0 G5 l1 p) E1.2.1 The Polyacrylamide Gel 22
5 r* f' @' p0 T' g' j1.2.2 SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis 27' K+ v; G/ @) ^( _* T
1.2.3 Blue Native Electrophoresis 327 }& g% J$ N: X
1.2.4 Cationic Detergent Electrophoresis 34
) C/ q: F4 s3 V1.3 Blotting 35
' ?* ?) R  Q& i- m& C) K9 Q1.3.1 Electrophoretic Transfer 36
- W5 h  {5 [6 H% `1.3.2 Protein Detection on the Membrane 36
! P- x$ W" U3 O9 z! `- N; r4 z$ ^6 h& C1.4 Isoelectric Focusing 38: X' U* n5 i5 y9 X$ W4 D
1.4.1 Theoretical Background 39
: Z/ ~, l" K, x7 s1.4.2 Preparation of IEF Gels 44: S8 C; E# ?- P0 a  v3 s% x7 ~8 A/ f
1.4.3 Isoelectric Focusing in Proteomics 451 Y+ T8 n. ?; P. U2 u
1.5 Two-dimensional Electrophoresis 53( @% D, k, R. L1 f$ p5 |6 M
1.5.1 Sample Preparation 53
  ]0 |& c4 h1 @7 I1.5.2 Pre-labeling of Proteins for Difference Gel Electrophoresis 68
' D9 H( F. F# E7 G( i5 H. ^1.5.3 First Dimension: Isoelectric Focusing in IPG Strips 77
! g9 [6 W8 u9 J0 W1 J1.5.4 Second Dimension: SDS Electrophoresis 100, y5 Z8 I0 H: G8 F: T% N
1.5.5 Detection of Protein Spots 119) d% j3 {4 l  D. Q  I3 \
1.6 Image Analysis 125" d; x" E* E/ Q5 ]$ {
1.6.1 Image Acquisition 125  ^1 Z: F1 \2 U0 u# F  T
1.6.2 Image Analysis and Evaluation 129/ l" x/ ]+ w" ?- d
1.6.3 Use of 2-D Electrophoresis Data 137
/ Q+ p) S5 y) y, k' v/ ]& O% f1.7 Spot Handling 1371 s- g( v& s# d( Q. ?
1.7.1 Spot Picking 1394 {) E( G9 r9 n
1.7.2 Protein Cleavage 1418 \6 M& `3 w, l9 r( Z6 _% I
Liquid Chromatography Techniques 151  k0 A: n$ W6 m9 ~, G# S: q
2.1 Basic Principles of Important Liquid Chromatography; f( B  l, x8 U7 P! [
Techniques 1511 C5 \: |4 k. [
2.1.1 Ion Exchange Chromatography 1538 B! f( e8 P4 o8 o: X
2.1.2 Reversed Phase Chromatography 162' d0 J) Q8 ]2 X2 z1 N, p8 d6 c+ M
2.1.3 Affinity Chromatography 167$ t  U- p# l2 J2 E4 ]" @, |
2.1.4 Gel Filtration 172
& p' y. J+ o. Q6 P+ S  F2.2 Strategic Approach and General Applicability 174  v/ d2 A! s  y  `6 ]( @7 K7 A
2.3 Liquid Chromatography Techniques and Applications in Proteome% H, f/ W; G' [: _5 k; ?, G& _
Analysis 176: {, `- b' H/ H0 `% Y+ W
2.3.1 Peptide Separation 176
3 G# u4 I/ q" W# M9 b5 ~2.3.2 2DLC Peptide Separation 179' f/ q9 \% |$ _$ o& J) ^8 t$ S# p
2.3.3 Affinity Chromatography and LC-MS/MS 187+ g7 d/ S8 Y$ r+ F
2.3.4 Protein Pre-fractionation 1895 Z$ c% O0 C. n" k1 f
2.4 Practical Considerations and Application of LC-based Protein% K' J0 a* [% ^% p3 t" m+ n* e0 {, K4 V
Pre-fractionation 194# ?9 k% S, {* U* q& B
2.4.1 Sample Extraction and Preparation 196
0 b6 Y, o! p* B2.4.2 Experimental Setup 197) A" e( l+ \8 V8 Z% J
2.4.3 Ion Exchange Chromatography and: g/ L' E  E# h  n# T
Protein Pre-fractionation 198# `5 \( C( {8 a! x
Contents
; @  h$ ]: F: G. K! O2 F2.4.4 Reversed Phase Chromatography and
: Z$ r) R" r$ YProtein Pre-fractionation 205
0 m; A( n1 \" Q( ?2.4.5 Fraction Size and Number of Fractions 2107 \2 l! j: C5 t5 }
2.5 Critical Review and Outlook 211' }( ~- T+ ^$ o4 ^$ `( v+ d
3 Mass Spectrometry 215
9 q5 A2 R7 d' ~) N8 i; P$ \8 s3.1 Ionization 218! M# H- Z* C8 i
3.1.1 Matrix Assisted Laser Desorption Ionization 218
" q& W$ d/ q4 w" |9 t3.1.2 Electrospray Ionization 222
1 ]9 d0 X) d! J5 p3.2 Ion Separation 225) y' x. w. e9 s' h6 l
3.2.1 Time-of-Flight Analyzer 225
# O8 n+ z8 K7 U0 _  |3.2.2 Triple Quadrupole Analyzer 227
6 p: Z5 _: K; \+ N3.2.3 Quadrupole Ion Trap 228; X" ~% G! y# m% F$ o: N- C
3.2.4 Quadrupole Time-of-Flight 230
2 r. q* g$ S8 X) F3.2.5 Hybrid Triple Quadrupole Linear Ion Trap 231! k. d# t9 Z* N/ S) a; d
3.2.6 TOF/TOF Analyzer 231
* E) W1 D. s+ A9 X: Q" J3.2.7 Fourier Transform Ion Cyclotron 232
: E9 o7 ^9 T6 ^' b8 v! |) B  m3.2.8 Orbitrap 233
2 F4 ~. F* ?5 A$ `  a# D3.3 Generating MS Data for Protein Identification 233
* p" e" x$ _* N2 T3 ^1 r. N3.3.1 Peptide Mass Fingerprint 234
0 A% w- H+ ]' E' [3.3.2 Peptide Mass Fingerprint Combined With Composition
. W( _8 z* Y1 X# |Information 237( \8 F$ s$ h; u- W2 W! |) t
3.3.3 Peptide Mass Fingerprint Combined With Partial Sequence6 v5 C3 ^8 t# @1 M: q
Information 2382 W: ~6 e& F1 z
3.3.4 Tandem Mass Spectrometry 242
" }' z( @: Z) V2 l- i: J3.4 Protein Characterization 258, `1 ?5 J. B  ]
3.4.1 Phosphorylation Analysis 259
# d2 Z9 ^0 r) M# k% p# M3.4.2 Affinity Chromatography 260. w3 H0 Y4 Y% r$ S* r
3.4.3 Chemical Derivatization 261
0 a1 e1 N+ F# W: n2 ]- m3.4.4 Glycosylation 263
/ T0 f! m  E3 S6 _8 O5 E3.5 Protein Quantification Using Mass Spectrometry 264% C' j) \7 K) O) |0 n  ~2 z  I6 L
3.5.1 Stable Isotope Labeling Approaches 264: f! A/ g1 c2 C+ O' w. h
3.5.2 Isotope-coded Affinity Tags 265! s7 r# O- ]8 v9 C) W: G
3.5.3 Stable Isotope Labeling with Amino Acids in Cell Culture 266
2 n( X- G+ Q" P# i# m3.5.4 AQUA 267. k8 u  n/ \: h. X( g+ e8 J
3.5.5 iTRAQ 267# r$ \8 u% |3 U4 N/ U' r
3.5.6 Non-labeling Software Approaches 268' T* X; f$ ~( k* t- C3 [0 g$ ]
3.6 MS Strategies 271+ s. A0 F0 F) ]# \( r
3.6.1 Bottom up Approach 2710 C7 N8 x! B8 T3 E3 Y6 O
3.6.2 Top down Approach 272) ^% c- `0 f- Y# X7 U
4 Functional Proteomics: Studies of Protein–Protein Interactions 2734 A7 H. M( G0 I5 T( I2 g8 y
4.1 Non-immunological Methods 273; T" J* V* V& e$ E7 v& V) M
4.1.1 Separation of Intact Multi-protein Complexes 273! I9 Z* G% _: q7 T1 j  E3 i
4.1.2 Probing with Interaction Partners 273
3 P5 W$ i4 R, k, b4.1.3 Surface Plasmon Resonance 274& h, c& `" L- T. G" o) |% _) D; w& ?
4.2 Antibody-based Techniques 275
: Z9 X( s$ `5 r7 d! M  c4.2.1 Western Blotting and Dot Blots 275
2 H7 T7 A$ O% j4.2.2 Protein Microarrays 276
  B0 e1 n% D) G. F7 ^5 `! J+ k* F2 cPart II: Practical Manual of Proteome Analysis 279& r; l8 A/ X1 ]5 T2 {% @
Equipment, Consumables, Reagents 2819 y+ ?, S/ g; e: @) c5 q0 V
Step 1: Sample Preparation 287& p4 z4 l7 b1 O+ R: e: U
Step 2: Fluorescence Difference Gel Electrophoresis 299! I8 `" ]. @+ N* Y% R& E0 t5 D
Step 3: Isoelectric Focusing 309
+ I( t  L) S7 K9 Q( VStep 4: SDS Polyacrylamide Gel Electrophoresis 323
: I' i7 s2 o6 c5 {Step 5: Scanning of Gels Containing Pre-labeled Proteins 357
7 ~- L1 H$ n; y4 |Step 6: Staining of Gels 3616 m% ?9 x& M) h; Y- D9 D
Step 7: Image Analysis and Evaluation of DIGE Gels 373+ L/ T1 G% \' G0 r
Step 8: Spot Excision 383
' l5 X& |. a' P- c: r9 ]Step 9: Sample Destaining 387
$ O* W7 h+ b' h" `. z4 cStep 10: Protein Digestion 389
; A- s9 U/ J. `6 C8 R2 _+ p, E, F4 _5 aStep 11: Microscale Desalting and Concentrating of Sample 393
6 b% c; `( P; x$ \8 c) E" kStep 12: Chemical Derivatization of the Peptide Digest 3977 w0 r+ Y! E: Y, b6 p. o4 G; L
Step 13: MS Analysis 399
  b: H: q5 s8 G6 e  a, c4 {  p8 n% JStep 14: Calibration of MALDI-ToF MS 403+ O& E( c: t/ j; J+ G1 R' k8 n
Step 15: Preparing for a Database Search 407$ r4 @0 n9 f4 O  n
Part III: Trouble Shooting 4119 m6 U4 n9 N- j3 y/ K+ r& C
1 Two-dimensional Electrophoresis 413
2 l) b; {1 q4 p7 P/ ?% D1.1 Sample Preparation 4131 L& a. j" ^) z- `7 A# _. k
1.2 Isoelectric focusing in IGPG strips 414
6 U, g; X+ G% U7 b5 b6 o! Q1.3 SDS PAGE 416, |$ C6 F0 x0 h' r
1.4 Staining 417& Y6 N: z+ R" E4 r* A
1.5 DIGE Fluorescence Labeling 418
+ O/ J2 `6 J+ v% o/ [1.6 Results in 2-D Electrophoresis 4218 b! p; K  S' V9 u6 m/ h
2 Mass Spectrometry 429! g- \2 u7 K9 p& M5 t; ~

2 m( c4 {7 ?. e$ O" M+ V

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作者: hualin840518    时间: 2010-7-3 13:43

Humana的书好！

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作者: cz200203    时间: 2010-7-5 23:12

这是最新版啊？太搞笑了吧！！！！！！！！！！！

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作者: jcb    时间: 2010-7-6 03:32

回复 1# dahui
5 S% X* }& X) u% C5 G3 y
7 N2 `& ?' z6 a7 u2 b
0 s+ _+ |! O/ l    good job!

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作者: dahui    时间: 2010-7-6 15:23

回复 3# cz200203 5 A& G0 o. B! o9 }2 X% z
& ?* K  U% ~' P, D7 D. _. ~: V) b
最近没有对这个跟踪，如果已经有新版的出来，烦请您说明，也一并上传。谢谢指正。

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作者: cz200203    时间: 2010-7-6 16:31

发一本今年的版本，在这儿：
5 W- Y- \2 E8 }. |! q2 jhttp://www.stemcell8.cn/thread-23631-1-1.html

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作者: dahui    时间: 2010-7-7 18:30

谢谢分享

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作者: viogriffin    时间: 2010-7-20 13:53

好东西，找了好久，谢谢

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作者: huangclong    时间: 2010-7-24 15:24

楼主我爱您

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作者: dahui    时间: 2010-7-25 21:28

回复 9# huangclong ; n) {* [; T3 M' ?

# l3 U4 J! f  i7 j. l. S: @呵呵，不用这样吧？

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作者: 胡问成    时间: 2010-8-9 22:55

回复 5# dahui
3 d& _6 Q, f# S1 r& J8 c
" j4 E" D" A# F6 R& N( N太好了

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作者: yanfan5543    时间: 2010-8-26 13:42

提示: 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽

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作者: jiaqing    时间: 2010-8-30 20:45

谢了

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作者: maiyatang    时间: 2010-11-23 07:38

谢谢 正需要

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作者: sa565fsa54fs    时间: 2011-2-28 20:55

还得继续努力，都看不到啊

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作者: zhangyan813    时间: 2011-8-4 17:37

感谢您的分享

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作者: minori    时间: 2011-9-20 00:02

看不了啊

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作者: vivipet    时间: 2012-6-29 10:39

我注册了还是下不了：（

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作者: Damon-Salvatore    时间: 2015-5-29 19:24

thanks for sharing

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作者: bluesuns    时间: 2015-6-9 12:27

给我一个女人，我可以创造一个民族；给我一瓶酒，我可以带领他们征服全世界 。。。。。。。。。  

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作者: 兔兔    时间: 2015-8-6 16:01

干细胞治疗  

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作者: 剑啸寒    时间: 2015-8-13 12:52

顶你一下，好贴要顶！  

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作者: 大小年    时间: 2015-8-24 10:43

支持你一下下。。  

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作者: aakkaa    时间: 2015-8-31 13:53

问渠哪得清如许，为有源头活水来。  

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作者: haha3245    时间: 2015-9-18 08:34

干细胞存储  

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作者: beautylive    时间: 2015-10-1 19:42

几头雾水…  

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作者: 兔兔    时间: 2015-10-8 12:27

真是有你的！  

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作者: tuanzi    时间: 2015-11-7 18:18

我在顶贴~！~  

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作者: marysyq    时间: 2015-12-8 21:11

回答了那么多，没有加分了，郁闷。。  

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作者: beautylive    时间: 2015-12-10 12:05

一定要回贴，因为我是文明人哦  

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作者: 兔兔    时间: 2015-12-12 09:52

继续查找干细胞研究资料

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作者: 杏花    时间: 2015-12-14 15:35

楼主good  

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作者: 命运的宠儿    时间: 2015-12-28 08:43

我好想升级  

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作者: 昕昕    时间: 2016-1-6 13:43

表观遗传学

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作者: s06806    时间: 2016-1-18 10:54

这个贴好像之前没见过  

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作者: s06806    时间: 2016-1-24 09:47

顶一个先  

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作者: 123456zsz    时间: 2016-1-28 14:54

干细胞治疗糖尿病  

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作者: 剑啸寒    时间: 2016-3-1 12:43

挤在北京，给首都添麻烦了……  

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作者: 狂奔的蜗牛    时间: 2016-3-8 21:43

看完了这么强的文章，我想说点什么，但是又不知道说什么好，想来想去只想  

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作者: bluesuns    时间: 2016-3-16 21:25

哎 怎么说那~~  

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作者: xuguofeng    时间: 2016-3-17 19:42

昨晚多几分钟的准备，今天少几小时的麻烦。  

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作者: txxxtyq    时间: 2016-3-23 21:43

间充质干细胞

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作者: pengzy    时间: 2016-5-7 14:27

干细胞美容

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作者: 丸子    时间: 2016-5-14 19:08

加油站加油  

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作者: youngcell    时间: 2016-5-15 23:18

青春就像卫生纸。看着挺多的，用着用着就不够了。  

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作者: 陈晴    时间: 2016-5-24 16:24

慢慢来，呵呵  

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作者: heart10    时间: 2016-5-26 12:01

有空一起交流一下  

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作者: dataeook    时间: 2016-8-3 11:19

声明一下：本人看贴和回贴的规则，好贴必看，精华贴必回。  

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作者: pcr    时间: 2016-8-6 00:01

(*^__^*) 嘻嘻……  

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作者: txxxtyq    时间: 2016-8-8 02:53

嘿嘿  

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作者: pcr    时间: 2016-8-17 18:09

顶你一下，好贴要顶！  

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作者: 石头111    时间: 2016-8-26 17:12

说的不错  

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作者: alwaysniu    时间: 2016-9-13 19:05

今天没事来逛逛，看了一下，感觉相当的不错。  

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作者: 蝶澈    时间: 2016-9-20 15:43

既然来了，就留个脚印  

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作者: 初夏洒脱    时间: 2016-10-13 23:27

是楼主原创吗  

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作者: 黄山    时间: 2016-10-27 15:01

初来乍到，请多多关照。。。  

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作者: 三星    时间: 2016-11-24 09:02

支持你就顶你  

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作者: 天蓝色    时间: 2016-12-2 18:27

很有吸引力  

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作者: immail    时间: 2016-12-18 17:01

dc-cik nk  

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作者: haha3245    时间: 2017-1-6 18:07

干细胞研究人员的天堂

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作者: pengzy    时间: 2017-1-8 20:18

一个人最大的破产是绝望，最大的资产是希望。  

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作者: dogcat    时间: 2017-1-17 06:36

转基因动物

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作者: heart10    时间: 2017-1-20 09:54

不要等到人人都说你丑时才发现自己真的丑。  

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作者: pengzy    时间: 2017-2-19 17:41

帮你顶，人还是厚道点好  

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作者: 修复者    时间: 2017-3-3 23:55

顶的就是你  

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作者: 刘先生    时间: 2017-3-18 21:33

干细胞治疗糖尿病  

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作者: pengzy    时间: 2017-3-19 05:19

@,@..是什么意思呀？  

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作者: haha3245    时间: 2017-3-22 20:59

哈哈,有意思~顶顶 ，继续顶顶。继续顶哦  

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作者: 知足常乐    时间: 2017-3-25 14:43

支持~~  

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作者: 天蓝色    时间: 2017-4-10 02:53

顶的就是你  

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作者: 命运的宠儿    时间: 2017-5-13 23:24

呵呵 哪天得看看 `~~~~  

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作者: 三星    时间: 2017-5-30 18:10

嘿嘿  

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作者: pcr    时间: 2017-5-31 18:13

顶你一下.  

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作者: ringsing    时间: 2017-6-17 02:54

我该不会是最后一个顶的吧  

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作者: 3344555    时间: 2017-6-17 18:39

宁愿选择放弃，不要放弃选择。  

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作者: 碧湖冷月    时间: 2017-6-20 17:54

哈哈,顶你了哦.  

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作者: 咕咚123    时间: 2017-7-8 05:40

HOHO~~~~~~  

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作者: 大小年    时间: 2017-7-12 18:03

人气还要再提高  

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作者: kaikai    时间: 2017-7-20 11:01

青春就像卫生纸。看着挺多的，用着用着就不够了。  

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作者: yunshu    时间: 2017-7-25 05:08

慢慢来，呵呵  

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作者: dogcat    时间: 2017-8-11 21:54

看看..  

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作者: tuanzi    时间: 2017-8-29 05:46

干细胞研究重在基础

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作者: biodj    时间: 2017-9-16 04:48

谢谢分享  

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作者: 糊涂小蜗牛    时间: 2017-9-19 19:04

世界上那些最容易的事情中，拖延时间最不费力。  

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作者: 苹果天堂    时间: 2017-9-30 17:38

顶下再看  

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作者: 若天涯    时间: 2017-11-18 22:35

支持一下吧  

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作者: 3344555    时间: 2017-11-26 08:34

这贴？不回都不行啊  

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作者: 小丑的哭泣    时间: 2017-11-30 15:10

生殖干细胞

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作者: popobird    时间: 2017-12-8 01:27

先顶后看  

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作者: 杏花    时间: 2017-12-28 09:54

每天早上起床都要看一遍“福布斯”富翁排行榜，如果上面没有我的名字，我就去上班……  

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作者: 多来咪    时间: 2018-1-16 18:16

真是汗啊  我的家财好少啊  加油  

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作者: heart10    时间: 2018-1-27 16:15

免疫细胞治疗  

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作者: nosoho    时间: 2018-2-16 00:24

不错，感谢楼主

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作者: 王者之道    时间: 2018-3-1 04:28

是楼主原创吗  

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作者: 苹果天堂    时间: 2018-4-11 21:43

我帮你 喝喝  

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作者: 蝶澈    时间: 2018-4-12 07:50

说的真有道理啊！

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作者: Kuo    时间: 2018-5-2 10:35

不错，感谢楼主

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作者: pcr    时间: 2018-5-11 00:56

我毫不犹豫地把楼主的这个帖子收藏了  

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作者: 橙味绿茶    时间: 2018-5-18 05:33

厉害！强~~~~没的说了！  

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作者: popobird    时间: 2018-5-29 07:10

一个人最大的破产是绝望，最大的资产是希望。  

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