干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站
标题:
有关预测、分析CpG岛的软件
[打印本页]
作者:
exin11
时间:
2010-9-1 19:52
标题:
有关预测、分析CpG岛的软件
1、预测CPG岛的在线软件
8 d. s% p( w. V
[attach]13256[/attach]
" F, z: A1 c, U! X
& B$ r+ a0 u/ f
2、CpG岛序列分析软件。此类软件根据一定的规则对基因组DNA序列的CpG岛进行预测。CpG岛的准确预测是进行MSP和BS引物设计的基础。不过，在第一类软件中往往也包括了CpG岛的分析与预测功能。
: Z$ s$ y5 r7 e
软件：CpGPlot/CpGReport/Isochore
$ F+ I J+ [) j( r) ^
主页：
http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
7 W I8 g8 Z% T, f: V8 J/ W4 k
简介：由欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件，单凭EBI的名气，想必大家对其功能平添几分信任度吧？
. g+ `% ^. ]9 n3 j+ A5 H0 e
文献：暂缺
/ p3 O( t0 K& t' P0 e( V: b& o/ \
推荐：★★★★★
7 p) P7 E4 n4 b* |+ [- f( H
$ Z+ \8 }" [: I. Z L, o
软件：CpGProD
5 Y. p$ v% U9 T* V7 t5 N
主页：
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html
( f! x4 N% m% i7 q# W4 Q, m
简介：CpGProD也是一款专门针对哺乳动物基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
" n& q X! y1 v5 p7 y- E
文献：暂缺
" x, }. s8 s: ?( \( U
推荐：★★★★☆
" d5 E6 _4 V& k' s
& L* S+ X3 w/ ^- K
软件：CpG Island Searcher
, x1 L- H' Q/ M
主页：
http://www.cpgislands.com/
；
http://cpgislands.usc.edu/
5 m4 z" \ u- A- X
简介：基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
6 _" r& ^# n! z( Y' Z! I
文献：Takai D, Jones PA. The CpG island searcher: a new WWW resource. In Silico Biol. 2003;3(3):235-40 (PMID: 12954087)
0 ~9 \0 R% \* T3 V; w
推荐：★★★★☆
0 s" ^/ C9 q; a/ t" r" }
6 D- v& @8 u8 R
软件：CpG Prediction ：
http://www.ualberta.ca/~stothard/jaascript/cpg_islands.html
& \: R4 b3 i) S: s
. i/ G: `( F" H( O
软件：CPG island 2：
http://inn.weizmann.ac.il/EMBOSS/
，工具很多，cpg岛工具cpgplot肯定有，自己慢慢找
作者:
ghfmaster
时间:
2011-3-3 11:22
请教老师：
分析序列后获得的三个图片如何分析？怎样得知是否有CpG岛？
作者:
ghfmaster
时间:
2011-3-3 11:24
是欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件分析获得的图片
欢迎光临 干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站 (http://www.stemcell8.cn/)
Powered by Discuz! X1.5