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标题:
有关预测、分析CpG岛的软件
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作者:
exin11
时间:
2010-9-1 19:52
标题:
有关预测、分析CpG岛的软件
1、预测CPG岛的在线软件
" S/ A& e* _0 r3 ~
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7 ]. c( F& L) A$ X
- A3 W8 h5 e$ ~; g8 N
2、CpG岛序列分析软件。此类软件根据一定的规则对基因组DNA序列的CpG岛进行预测。CpG岛的准确预测是进行MSP和BS引物设计的基础。不过，在第一类软件中往往也包括了CpG岛的分析与预测功能。
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软件：CpGPlot/CpGReport/Isochore
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主页：
http://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/
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简介：由欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件，单凭EBI的名气，想必大家对其功能平添几分信任度吧？
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文献：暂缺
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推荐：★★★★★
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/ b h* }0 Z1 N+ y0 c9 T& P
软件：CpGProD
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主页：
http://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.html
2 m3 e4 z# g, ~" H1 @' d. E
简介：CpGProD也是一款专门针对哺乳动物基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
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文献：暂缺
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推荐：★★★★☆
e! h, W8 Q: a i: P
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软件：CpG Island Searcher
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主页：
http://www.cpgislands.com/
；
http://cpgislands.usc.edu/
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简介：基因组DNA序列CpG岛进行分析的在线软件，其特点和功能类似于上述介绍的EBI网站的相关软件。
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文献：Takai D, Jones PA. The CpG island searcher: a new WWW resource. In Silico Biol. 2003;3(3):235-40 (PMID: 12954087)
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推荐：★★★★☆
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软件：CpG Prediction ：
http://www.ualberta.ca/~stothard/jaascript/cpg_islands.html
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软件：CPG island 2：
http://inn.weizmann.ac.il/EMBOSS/
，工具很多，cpg岛工具cpgplot肯定有，自己慢慢找
作者:
ghfmaster
时间:
2011-3-3 11:22
请教老师：
分析序列后获得的三个图片如何分析？怎样得知是否有CpG岛？
作者:
ghfmaster
时间:
2011-3-3 11:24
是欧洲EBI网站提供的基因组DNA序列CpG岛分析软件分析获得的图片
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