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标题: 请问国内哪家公司的microRNA筛选芯片比较好 [打印本页]

作者: alioli 时间: 2010-11-18 16:32 标题: 请问国内哪家公司的microRNA筛选芯片比较好

最近需要做细胞的microRNA筛选，想向有经验的老师和朋友请教一下国内哪家公司的microRNA芯片比较好，谢谢大家

作者: siyue13 时间: 2010-11-18 20:14

MiRNA芯片
Exiqon
microRNA人，小鼠，大鼠芯片
* 覆盖miRBase 数据库人，小鼠，大鼠三物种全部microRNA，人（约847条），小鼠（约609条），大鼠（约351条）
* 覆盖与上述三物种相关的所有病毒的microRNA! |+ O+ G- `, i; J7 a( N  T6 m
* 428个Exiqon特有的miRPlusTM捕获探针，提供miRBase 数据库之外的microRNA预测信息。miRPlusTM捕获探针对microRNA预测的准确性高，在现有的miRBase 数据库中，有30%的microRNA与miRPlusTM探针所预测的序列一致
* 芯片内超过1700个miRNA捕获探针，并且每个探针重复4次- c9 d, w; g) q$ Z  J# V
* 8个阴性对照探针，26个小核RNA阳性对照探针

microRNA全物种芯片
* 覆盖的miRBase数据库内除人，大鼠，小鼠及其相关病毒之外的全部物种（包括脊椎动物，无脊椎动物，植物，病毒等）的所有microRNA
* 芯片内超过2500个miRNA捕获探针，并且每个探针重复4次0 D( L, ~7 x5 a* H. B+ e: _, b) a. N
* 8个阴性对照，26个小核RNA阳性对照探针: Q9 S# K& o7 H6 l3 M3 @

联川
100% Sanger microRNA 14.0版探针信息 . W/ r! V* e& X4 Y; E) J' _
全球首家提供最新Sanger 14.0版microRNA微阵列检测服务。我们的标准microRNA微阵列芯片可对最新版数据库报道的包括人、大鼠、小鼠、斑马鱼、鸡、猪、水稻、玉米、拟南芥、病毒等在内的所有单个物种或是同类物种组，如哺乳动物、植物等，microRNA进行检测，并提供完整的数据分析。

高度灵活的探针序列
基于创新的&micro

araflo® 芯片合成技术（原位合成），我们能够完全按照您的要求进行阵列合成。在我们的标准 microRNA微阵列上，您可以免费添加100条定制序列探针（长度≤25nt）。我们也提供完全定制微阵列服务，满足您进行预测序列验证，新型small RNA发现等研究的需求。 # K/ X$ j8 N' c& R. ^. P1 v& j2 e" d( j

微流体微阵列平台  , y/ d4 S. @2 f
创新的μParaflo® 技术将高通量并联合成技术，微流体技术以及数字光化学合成定制阵列技术融为一体。凭借此项技术，我们可提供双色标记微阵列芯片（2个样品/芯片）和单色标记微阵列芯片（1个样品/芯片）以满足您不同的研究需求。不仅如此，运用这一领先的微阵列平台，我们可为您提供相比于传统点样阵列更为可靠更为优异的实验结果。 8 E, O& F3 n* g$ |
  @+ i: x- {$ J2 G. V
严格的质量控制标准 / C! c5 D) T+ u* R' [
运用μParaflo® 技术进行原位合成芯片，可确保合成高质量的探针，并可进行高严谨性的过程控制。运用此项技术获取的微阵列实验数据是高度可信并且是可重复的。您可采用Real-time PCR和Northern Blot进行验证。

高质量的数据结果
我们的阵列平台性能优异，噪音信号被控制在极低的水平，因而可揭示出样品中真实的生物学差异。我们服务的客户已发表了大量的高水平文章。截至目前，客户已发表73篇论文，其中Nature4篇，Science1篇。

高效经济的“一站式”解决方案
全方位的microRNA表达谱分析服务包括从总RNA到数据报告的一站式服务，为你节省大量的时间、精力和实验材料。' p6 f) U2 P8 Z/ {: j' V
2 d, Z: q5 j% q' C" }" i3 Y
--------------------------------------------------------------------------------4 M, |6 y6 x) [9 ~$ Q+ F2 B

2009年3月9日，Sanger microRNA数据库(miRBase)升级至14.0版。) @! }% R" c4 o+ B" G) C

2009年9月15日，Sanger microRNA序列数据库(miRBase)升级至14.0版。随着1580条新的成熟miR和miR*序列的加入，miRBase数据库中收录的microRNA序列信息已超过10,000条。新版本共收录10,581条成熟miRNA序列信息，通过验证的microRNA发夹前体从9,539条增至10,883条，共涵盖115个物种。

新增microRNA序列主要集中在以下物种：9 g5 L# I0 V  b; ~0 a- k; g

1. 模式生物－Homo sapiens (人，新增15条，共721条)，Mus musculus (小鼠，新增32条，共579条)，Rattus norvegicus (大鼠，新增39，共286条)，Danio rerio (斑马鱼，新增24条，共360条)，Drosophila melanogaster (黑腹果蝇，新增5条，共152条)，Bombyx mori (家蚕，新增36条，共91条)，Caenorhabditis elegans (秀丽隐杆线虫，新增19条，共174条)，Arabidopsis thaliana (拟南芥，新增3条，共190条)
4 L+ M) K4 Q+ w4 O+ d3 i7 z* c
2. 重要的农业作物(共新增280条miR序列)：Arabidopsis thaliana (拟南芥)，Glycine max (大豆)，Oryza sativa (水稻)，Zea mays (玉米)，Sorghum bicolor (高粱)，Medicago truncatula (蒺藜苜蓿)

3. 病毒(新增30条miR序列)

除此之外，新版microRNA数据库第一次报道了10个物种的microRNA信息，它们是：Equus caballus (野马)，Daphnia pulex (蚤状溞)，Phaseolus vulgaris (菜豆)，Malus domestica (苹果)，Brachypodium distachyon (二穗短柄草)，Aquilegia coerulea (洛矶山耧斗菜)，Populus euphratica (胡杨)，Herpes B virus (乙型疱疹病毒)， Infectious laryngotracheitis virus (传染性喉气管炎病毒)，Herpesvirus of turkeys (火鸡疱疹病毒)。2 g. |5 d1 X% }. ?; x' D5 T8 g
9 W6 J! g, [, f0 k3 l
Affymetrix
Affymetrix miRNA芯片在一张芯片上覆盖了多个物种，包括拟南芥、水稻、玉米等重要植物模式生物，序列信息源于sanger miRNA数据库v11.0及小分子RNA, g7 C" r/ T# s- Q  v+ [& }

安捷伦2 ~$ Y% s" Z; b5 J* L
Agilent microRNA芯片技术特点
! H, c$ A( K% @/ n  V3 ~
1、唯一能区分成熟miRNA和miRNA前体的芯片平台；
2、无需分离miRNA，直接用Total RNA 进行实验；3 L. t# P/ d$ d  s: v' D
3、只需100ng的Total RNA 即可用来进行标记实验(不含质检所消耗的量)，避免了分离、富集、放大等过程带来的影响；
4、样品适用范围广：组织、血清、血浆、FFPE、冰冻切片组织、脱落细胞等均可进行实验；
5、高特异性：特殊的专利探针设计能区别一个碱基的差异； ( W2 K+ d1 ]- a! K) e! i
6、高灵敏度：检测丰度跨4个log，最高可达6个log，只要存在6000个拷贝的分子就可以检出；
7、数据来源于Sanger 13.0版本，并方便及时更新；
8、人、大鼠、小鼠之外的物种，可以方便的通过earray进行个性化定制。

Illumina
Illumina microRNA表达谱基因芯片特点：
*样本量低：单次反应仅需200ng总RNA；; |7 x0 ?$ I+ [( V
*高通量：一次可进行12个样本或者96个样本的芯片试验；2 l- U. o. m/ K  K4 y
*最低检出限度：1*104分子；$ i6 p2 {- l8 _( t( F, l: F0 u- i
*表达差异检测范围：≤1.3倍；* s) i/ o0 b  C6 |8 W
*通量范围：〉2.5logs；( s/ |3 _# ?8 @( D3 R- _! b' ]
*重复性指标：R2≥0.97。6 Z: b3 R) D: L$ o
                                 人microRNA基因芯片                                                 小鼠microRNA基因芯片
microRNA 基因数量          1146个基因                                                                656个基因9 V( t! }7 p( N9 ^6 A  g
信息来源                         sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release             sanger miRBase,V 12.0.Febraury 2007 release
样本数量                         12或96个样本                                                             12或96个样本
芯片重复性                      ≥97%                                                                      ≥97%

作者: siyue13 时间: 2010-11-18 20:17

我正在做miRNA芯片，想了解什么，联系我9 v" L4 y/ T% a/ L% l
QQ7844286

作者: siyue13 时间: 2010-11-18 20:18

头痛呢，郁闷

作者: alioli 时间: 2010-11-18 20:29

多谢了，上面提到的这些芯片应该都是很可靠的吧。
麻烦再问一下，“Illumina microRNA表达谱基因芯片的样本数量为12或96个样”，是说一张芯片测12或96个样本吗？

作者: siyue13 时间: 2010-11-18 20:38

是的，目前96样本的好像停产了，12样本的还能做。
其实，miRNA现在都流行测序

作者: siyue13 时间: 2010-11-18 20:42

左边是12样本的，右边是96样本的，中间的不知道是什么。

图片附件: MI.jpg (2010-11-18 20:41, 10.42 KB) / 下载次数 123
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