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标题: 又翻了一篇Nature Protocol (关于ips诱导的整个过程) [打印本页]

作者: huangcong1988    时间: 2011-6-10 09:06     标题: 又翻了一篇Nature Protocol (关于ips诱导的整个过程)

本帖最后由 细胞海洋 于 2014-10-24 09:51 编辑
9 u# E; G( N4 C7 {+ \
  D6 s& W- q% l$ \在此省略实验试剂和仪器设备步骤
' j- b' P$ r# @7 e* q成纤维细胞的制备
/ B) v$ ]( I3 J: b/ a8 a1.        从鼠胚胎(A,MEF)或者鼠尾尖(B,TTF)获得成纤维细胞。一般情况下,胚胎成纤维细胞能得到更多ips colonies
  g5 f8 M+ Z; oA 时间:15d
2 }: Q8 \0 |0 [(1)        通过断颈杀死怀孕13.5d的雌鼠,分离子宫并用PBS作简单清洗。
7 N7 H/ h1 ?; \# ~) m: }(2)        用镊子将胚胎从胎盘和周围被膜组织中分离开来,将胚胎的头部,内脏组织和生殖腺去除
5 z5 @# M" k7 j(3)        将胚胎移至装有fresh PBS的100-mm dish中清洗,用剪刀将剩余体躯剪碎,移至装有0.1% trypsin/0.1 mM EDTA solution (3 ml per embryo)的50-ml conical tube,37°孵育20min
9 x# Q% u; W" v) a) [- a. y0 ]! `0 l(4)        另加0.1% trypsin/0.1 mM EDTA solution (3 ml per embryo),37°孵育20min
+ y+ ^+ f8 b! u9 ]' D+ C" S(5)        加等量的FP medium (6 ml per embryo),反复吹打使组织充分分开
  {, {  x& u# d1 h: z% J. Z(6)        Keep the tissue/medium mixture still for 5 min at room temperature (20–25 °) 以去除杂质,将上清移至另一新的50-ml conical tube。200g离心5min,弃上清,使沉淀重新悬浮于新的介质中。0 h4 r; L' V. J1 O
(7)        细胞计数,在FP medium中调整为1 ×106 cells per ml。通常,一个胚胎能获得约1×107个细胞。将细胞悬浮液移至 100-mm 组织培养皿 (1 ×107 cells per dish), 37 °5% CO2 下孵育 24 h (passage 1)* q' [0 {2 j( G2 M1 z+ {2 U
(8)        第二天,用PBS清洗以移除漂浮的细胞。
& A7 h, J% D1 X- K3 j! f(9)        当细胞充分汇合时,去掉FP培养基,用PBS清洗一次,用1 ml of 0.05% trypsin and* P, l9 `( h+ O
0.53 mM EDTA 消化 5 min。脱落之后,加9 ml of FP medium并吹打使之悬浮。移至新的100-ml皿并作1:4的稀释(passage 2)。三代以内的MEFs作为ips的细胞来源,避免衰老。
* y5 t, Q* g' s( F' u0 u. B, E( m- r% y+ u( `
尾尖(B)时间:10d
/ \' [5 s! L, k. ?! z3 c! S在此略1 L+ G) B# Z. O" B
解冻 SNL cells  TIMING  0.5 h
. S1 n; @' Y, h9 X) p7 R(1)        准备9ml的SNL medium于15ml的tube中
; R. M! w& S. p6 ^. h1 i(2)        从液氮罐中取一小瓶冻SNL cells,放入37°水浴直至大部分细胞解冻(不是所有细胞)
8 j; W6 O  a' b' [8 z* Z(3)        用酒精擦拭小瓶,打开瓶盖,将细胞悬浮液移至the tube prepared in Step(1)+ T6 A7 m3 ~- C* ~; W' a/ Y$ r! M
(4)        160g 离心5 min,弃上清& l) q' K! C( H1 [5 |' E
(5)        用10 ml of SNL medium重新悬浮细胞,移至gelatin-coated 100-mm皿。37°,5% CO20 c6 Q! b7 b  \4 k& t/ e
孵育,直到达到80–90%汇合& O9 I- P3 V) L/ k8 y  K8 N; @
7 o4 g$ D. d1 G2 `: d$ B
CRITICAL STEP  不要让细胞过度汇合,否则会影响它们作为feeder的效果。
( k* g1 ^! d* N( ?9 H  a1 q7 q7 W1 m, w- f: N1 `6 \% O- l8 z
SNL cells的传代 time:0.5h* F  _4 z5 p. H( c
(1)        弃培养液,用PBS清洗细胞一次
' h/ O+ [* l6 A# x8 }  Z& R(2)        吸出PBS,加入0.5 ml per dish of 0.25% trypsin/1 mM EDTA,室温下孵育1min
1 O5 E' L! X6 W( m(3)        加4.5 ml 的 SNL medium,吹打数次使细胞成为单层细胞
* B% ?# I/ Q! H1 h( J(4)        通过加入SNL medium调整细胞悬浮液为160ml,移至gelatin-coated dishes (10 ml per 10-cm dish)。This splits the cells 1:16。37 °, 5% CO2孵育直至细胞80–90%汇合。This should happen 3–4 d after passage
# C5 J- o3 ~5 ?8 i1 C0 _2 n) D5 J& W# B$ ]
Mitomycin C-inactivation of SNL cells  TIMING  3 h  i+ u  d. H% M6 ?
(1)        直接加0.3ml  0.4 mg ml–1 mitomycin C solution 到the culture medium of SNL dish,swirl it briefly(短暂地),37 °, 5% CO2孵育2.25 h。The final concentration of mitomycin C will be 12 微g ml–1" C2 U9 p) w& l
(2)        孵育后,吸出所有的mitomycin C-containing medium,用10ml的PBS清洗细胞两次。
  u+ g! r3 n/ j+ |- E(3)        吸出PBS,加0.5 ml of 0.25% trypsin/1 mM EDTA,摇晃使cover the entire surface,然后室温下静置1min
; B" T1 P3 D% p7 O$ b4 J8 I$ P7 k(4)        加5ml SNL medium中和trypsin,反复吹打使细胞成为单层。Pool the cell suspension into a 50-ml tube ,细胞计数。Seed the cells on gelatin-coated dishes (1 × 106 cells per 100-mm tissue culture dish, or 1.5 ×105 cells per well of 6-well plate)5 A+ }' V  k4 h* d9 y
(5)        细胞之间不应该有太大间隙。They should become ready for usage by the next day.
, R% T$ x) X4 T& T% G! SPAUSE POINT
) L# \! D* @! A7 [The mitomycin C-treated SNL dishes 在用之前 can be left for 最多一周" h( w2 y2 S# y+ a) r1 N- _' \1 Z
) M3 t8 p1 L' U+ B
解冻 Plat-E cells  TIMING 0.5 h(与解冻 SNL cells操作基本一样)4 t$ ]2 B( k( _  e2 Z' G
(1)        准备9ml的FP medium于15ml的tube中2 `' }7 O5 w3 h% M( w
(2)        从液氮罐中取一小瓶冻Plat-E cells,放入37°水浴直至大部分细胞解冻(不是所有细胞)
8 J# {* J+ M  w4 L(3)        用酒精擦拭小瓶,打开瓶盖,将细胞悬浮液移至the tube prepared in Step(1)
7 b) y, U# b6 T# t3 ~5 Y4 r6 _) n(4)        160g 离心5 min,弃上清
6 \# \- E. M+ ?# C+ S0 z! Z(5)        用10 ml of FP medium重新悬浮细胞,移至gelatin-coated 100-mm 皿。37°5% CO2孵育( a5 ]" F, g0 S1 m1 F# d0 z
(6)        第二天,用新的培养基(添加了1 微g ml–1的puromycin和10 微g ml–1 的blastcidin S)替换原来的培养基。继续37 °, 5% CO2 孵育直至它们 80–90% 汇合) m7 N. M( v) q# @) a

5 z" |0 T& d+ C$ v) ^Plat-E cells传代  TIMING  0.5h
" o# g) G% w, q(1)        吸出PBS,加入4 ml per dish of 0.05% trypsin/0.53 mM EDTA,室温下孵育1min。轻拍,使细胞从培养皿上分离下来,用10 ml FP medium使细胞重新悬浮,转移至15ml tube中。180g离心5min,吸出上清
4 j( O0 m' U. `6 ~3 J! ^1 c; Z(2)        加入适当体积的FP medium,反复吹打,使细胞成为单层,Seed them to new 100-ml dishes at 1:4–1:6 dilution。细胞应该在2-3天内汇合  a- v. u/ g" ~2 {3 n
Day 1: retrovirus production; Plat-E preparation   TIMING 1 h, T8 |! `8 c1 \; u: r( s
(1)        用PBS清洗细胞,加入4 ml 的0.05% trypsin/0.53 mM EDTA,室温下孵育1min1 ?& y8 l3 [; @* o7 U4 T
(2)        之后,加 10 ml FP medium 到 the Plat-E dish,轻轻吹打使细胞悬浮,将细胞悬浮液移至50ml tube。FP culture medium used in this period contains neither puromycin nor blasticidin S9 C' U3 `! l2 o1 L) C
(3)        180g离心5min3 `, i1 l$ F0 N2 t  l! x
(4)        弃上清,用手指轻拍以打散沉淀细胞,用适量的FP medium 使细胞重新悬浮
5 n7 ]. _/ i4 k8 W$ h! G; l& r3 ]& g(5)        细胞计数,用FP medium将细胞浓度调整为8 ×105 cells per ml
) P/ N% B2 [8 M% w* R(6)        Seed cells at 8 ×106 cells (10 ml) per 100-mm culture dish, and 孵育过夜at 37 °, 5% CO2
: g; w1 }1 ~7 v' QDay 2: retrovirus production; transfection into Plat-E cells   TIMING 1 h2 Z' B" k- U3 N4 a6 N. p
(1)        移 0.3 ml DMEM into a 1.5-ml tube
' I: b5 A% C3 [- F3 {& q+ M: f4 r(2)        在(1)中的tube 中加入27微升的Fugene 6 transfection reagent,用手指轻拍混匀,室温下孵育5min
$ g7 h% B6 ~' I, T(3)        加入9 微克 of pMXs plasmid DNA (encoding Oct3/4, Sox2, Klf4 and c-Myc)到Fugene 6/DMEM-containing tube(drop-by-drop),用手指轻拍混匀,孵育15min" Z/ J* O+ c3 n$ p
(4)        逐滴将DNA/Fugene 6 complex 加到 Plat-E dish中,37 °, 5% CO2孵育过夜& }' P, \% N/ v' I! U

2 _; |( y) I- @关键步骤
) ~* B1 R" d. f4 S! dAlso transfect with a suitable control;we use pMXs retroviral vector GFP to monitor transfection efficiency。We routinely obtain efficiency >80%. High-efficient transfection is crucial for iPS cell induction
8 }+ v! |9 E3 \( L4 p7 D- x! r' O2 E
Day 3: retrovirus production (continued)   TIMING 0.5 h* @$ c9 F8 L2 U7 C6 c* l
吸出transfection reagent–containing medium,加入10ml新的FP培养基,return the cells to the incubator
9 O& _# `2 @) H' Z1 ?Preparation of fibroblasts  TIMING 1 h
# m2 n7 r  q; X# X(1)        培养MEF或TTF(passage< 3)至约90%汇合in 10-cm dishes(约2×106 cells per dish)
% ~2 H9 A" @, M  V(2)        吸出培养基,用10ml的PBS清洗
8 T( B( U' q$ r; u' k(3)        弃PBS,加1 ml per dish of 0.05% trypsin/0.53 mM EDTA,37°孵育10min! L, ^& T3 C( {& o2 X
(4)        加9ml培养基,使细胞悬浮且为单层,移至50ml tube中% X9 H3 S; K, q3 \( V
(5)        细胞计数,调整细胞浓度为8×104 cells per ml。移10ml细胞悬浮液至有mitomycin C-inactivated SNL cells的100-mm dish (use puromycin-resistant feeder cells for NanogGFP-IRES-Puro)。37 °, 5% CO2孵育过夜。
* i. s" X. n5 `; SDay 4: retroviral infection   TIMING 0.5 h
2 {2 ^! W; K/ b* ?/ E(1)        用灭过的10-ml一次性注射器收集 medium from the Plat-E dish,通过 0.45-mm孔径大小的醋酸纤维素过滤器过滤,后移至15ml tube 。  A6 V$ u* o" _" \3 t
(2)        加5 微升的 8 mg ml–1 polybrene solution 到 the 10-ml filtrated virus-containing medium,轻轻的反复吹打使之混匀,The final concentration of polybrene will be 4微g ml–18 q: B- |: O! v* |* w9 C
(3)        Make a mixture of equal parts of the medium containing Oct-3/4-, Sox2-, Klf4- and c-Myc-retroviruses.
- [2 k; B. u6 o1 Z% _# z" N0 w# @关键步骤
0 s6 X; m- B: RRetroviruses should be used freshly.不要冷冻,否则您将不会获得ips细胞。Retrovirus滴度对于ips细胞产生相当重要,The freeze/thaw step 降低病毒滴度
! \* s  s  \. ?! _: [6 w# `# d( D& w5 J; L
(4)        从fibroblast dish中吸出medium,加入10 ml of the polybrene/virus-containing medium。37 °, 5% CO2孵育4h或者过夜
% o9 Q2 S$ }3 [3 a; a
1 V! P/ R. b5 vDay 5 and 6  TIMING  5 min each day
5 `) Z+ b9 x# [3 l4 a: a24或者48h之后,从fibroblast dish中吸出 medium,加入10ml新鲜PBS
' k  m+ R9 t4 B4 t3 r$ hDay 7   TIMING  5 min! r" J( K6 H5 |, e/ Z9 I3 a
弃培养基,加入10 ml ES medium,For Fbx15βgeo/βgeo selection, the medium should be supplemented with 0.3 mg ml–1 of G418
" N. M9 H8 j" Q; ~, JDay 8–10   TIMING 5 min each day
! H. P% M3 U: i1 V& E每天更换培养基(分别在24,48,72h后)% \: y! O/ y. S, z! g7 `, S: {
Day 11   TIMING 5 min# z: O7 l1 [3 \
For NanogGFP-IRES-Puro selection, add puromycin to the medium at the final concentration of 1.5 mg ml–1
" P/ p' S" c% j9 L& |Day 12   TIMING 约5 min each day0 U8 H. W! ]4 Y
每天换液,直至colony  becomes big enough to be picked up. Colonies should first become visible approximately 病毒转染1周后. They should become large enough to be picked up around day 20(TROUBLESHOOTING 1)
' P" T- ^7 w# C9 K- x- {Counting the colonies: 结晶紫染色   TIMING 1 d8 B6 u7 W; K6 ~3 R; ^
(1)        colonies收集后,完全吸出PBS,加入5ml甲醇固定剩余细胞,室温下孵育1min# m4 {" T" i' X( S; P
(2)        Wash the dishes twice with water.
5 S, i$ w2 o2 w2 t# W(3)        加 5 ml 0.1% 结晶紫溶液到皿中,室温下孵育5min+ D  [5 [) n3 N
(4)        Wash the dishes with water
2 [: U9 u& Y2 U+ V* `(5)        Photograph the dishes and count the number of colonies.
5 i" s: K  r* F. X& F0 \
: U/ m1 d" j  @9 T9 DExpansion of iPS cells  TIMING 1 h
% R; N0 l: e# f: ^(1)        弃培养基,用1ml PBS清洗细胞" G' B3 e6 N4 U5 B8 S6 B5 c/ h
(2)        彻底remove PBS,加 0.1 ml 0.25% trypsin/1 mM EDTA , 37 °孵育10 min' R# A- ]( s( s6 y3 d7 F+ H, c
(3)        加0.4 ml ES medium ,反复吹打细胞至成为单层, }4 A- O! t8 p" E
(4)        将细胞悬浮液移至 a well of 6-well plate,加1.5 ml ES medium,37 °, 5% CO2孵育直至达到80–90%汇合in 6-well plates。At this point, prepare frozen stock of the cells, as follows(TROUBLESHOOTING 2)
: n' l1 K$ W3 }9 N1 hPreparation of freeze stock   TIMING 1 h5 D& @0 i. x5 I
(1)        弃培养基,用2ml PBS清洗9 W; S- a/ g4 _0 {
(2)        彻底remove PBS,加入0.3 ml 0.25% trypsin/1 mM EDTA , 37 °孵育10 min
+ I- `% y6 I9 q& J9 e(3)        加2ml ES medium ,反复吹打细胞至成为单层
9 O+ Z+ m3 ~% X3 @, I. L% W, B7 I(4)        将细胞悬浮液移至15ml tube,细胞计数,160g离心5min
+ \, N; i2 ]- f$ Q% B2 c" ^(5)        弃上清,用ES重新悬浮细胞至2×106 cells per ml
* }2 C  e6 @( V2 c% B(6)        Prepare 2×freezing medium (20% DMSO in ES medium) and 小份分装(每小瓶0.5 ml)
" P; t" R9 l1 X( `) R+ ^3 V8 a(7)        加0.5ml细胞悬浮液到freeze vials(冻存小瓶)中,轻轻混匀
  e3 c2 H0 S0 z5 d- f, b(8)        Put the vials in a cell-freezing container and keep it at –80 °overnight (TROUBLESHOOTING 3)
/ X2 o" H/ m6 F( L, G: ^8 TPAUSE POINT
$ }1 P& T# T# o; g: TFor long-term storage, keep frozen cells in the gas phase of a liquid nitrogen tank.
. ?, s: }6 |6 J
作者: sunny2829    时间: 2011-6-10 09:19

什么时候的呀??; C5 b7 ?! k6 y  r' b

作者: huangcong1988    时间: 2011-6-10 09:29

回复 sunny2829 的帖子
+ |. L4 N7 S5 ]% }' L+ `8 L" j
9 |+ g$ c3 l6 h8 [* R2 u这个有点老咯,07年的,不过很经典,其实现在做方法都差不多,只是在原来的基础上改进
作者: 前途似锦    时间: 2011-6-10 23:29

0.1% trypsin/0.1 mM EDTA solution (3 ml per embryo)  太多了吧  我10来个胚胎就加1-2ml  
作者: huangcong1988    时间: 2011-6-11 15:01

回复 前途似锦 的帖子4 f' Z; D9 A, @5 q5 g

3 l, }) ^0 g# g1 t, V6 Y5 t6 G呵呵,这个是07年Nature Procotol上的,直接翻的,所以可能实际操作时量可以酌情调整,呵呵,而且小鼠胚胎大小也不是固定的,酶活性也不定,所以有时候可以适当增减,是吧?
作者: midautumn    时间: 2011-6-16 10:40

我是新人,想要学习iPS细胞的培养。有些问题想要请教一下。3 r' c  g9 _+ H- b% b
这里提到了三个细胞系,MEF是用于诱导iPS的吗?那Plat-E cells 转染慢病毒又是为了什么的?另外SNL细胞作饲养层细胞,是不是也能用MEF作饲养层细胞呢?1 D$ r+ r% I2 q$ A9 `
新人求教,问题可能小白的点,烦请各位帮忙解答一下吧!
作者: midautumn    时间: 2011-6-16 10:40

我是新人,想要学习iPS细胞的培养。有些问题想要请教一下。: A1 f% R: m; b& Z& H; n
这里提到了三个细胞系,MEF是用于诱导iPS的吗?那Plat-E cells 转染慢病毒又是为了什么的?另外SNL细胞作饲养层细胞,是不是也能用MEF作饲养层细胞呢?
  O" g% t7 l2 ^* ~4 f8 E$ j新人求教,问题可能小白的点,烦请各位帮忙解答一下吧!
作者: huangcong1988    时间: 2011-6-16 11:39

回复 midautumn 的帖子
# W2 l( W3 t# s) Q2 T7 n
% x! x3 t" G$ L5 J呵呵,其实刚开始都有很多疑问,我也是7 s. F) T" i! P/ b; r$ m5 @* S
首先,MEF是作为ips诱导的原材料,MEF和TTF都是% B/ z: ~" `' f% J* r) i  P: z
然后,PLaT-E cell用来收集慢病毒的,因为构建好的慢病毒载体要包装,用慢病毒感染PLaT-E以后收集上清,用来感染MEF,诱导ips产生
3 J5 v1 a! K% W% J) [+ y最后,SNL作为饲养层,有它的特性,你可以网上查查饲养层细胞的性质,很多的,它就是在诱导ips过程中作为一种培养基质的性质
作者: midautumn    时间: 2011-6-16 15:55

回复 huangcong1988 的帖子, A2 w1 [+ Q! W/ m0 E9 H: w
/ g% t( ~/ _2 c! A+ `
太感谢啦!!
作者: huangcong1988    时间: 2011-6-16 20:28

回复 midautumn 的帖子
/ F2 r+ R; v# w* d+ v1 v/ C, U0 A% L
没事,相互帮助嘛
作者: always_wp    时间: 2011-7-3 15:02

回复 huangcong1988 的帖子
0 v% ]( r7 S* f8 |9 i9 |2 [% J2 ?/ P# H/ M, I
你好,想问问“3)加入9 微克 of pMXs plasmid DNA (encoding Oct3/4, Sox2, Klf4 and c-Myc)到Fugene 6/DMEM-containing tube(drop-by-drop),用手指轻拍混匀,孵育15min* ^0 Z9 `0 m% U
”是四种质粒分别用培养皿的platE包毒,还是只用一个培养皿的platE 包装4种病毒呢
  U3 I4 w' }! P# Q; m+ M/ V8 o
作者: huangcong1988    时间: 2011-7-3 15:25

回复 always_wp 的帖子
' f5 ^$ t" J) [' r' K0 w3 e& {
1 o. J! }$ u- ~; Z; J- K分别啊,一个皿全部包4个毒,SO CRAZY!呵呵:)
作者: always_wp    时间: 2011-7-3 22:43

回复 huangcong1988 的帖子1 O( U' {! a# G; s
1 U% s& C$ Z7 ]; m- t
多谢啊~!!
作者: 超级小葵    时间: 2011-11-10 16:58

真好
作者: lyc100612    时间: 2011-11-11 14:00

楼主翻译得很好,但是我建议大家还是要习惯于看英文原文。
作者: majing217    时间: 2011-11-14 10:46

谢谢
作者: taurus12    时间: 2012-4-5 15:34

mark一下。。。
作者: vikimei    时间: 2014-10-22 12:53

回复 huangcong1988 的帖子' p/ w; i) V, ?. d& W7 @2 |1 j

& [4 d2 F! B8 A& u. _诱导ips所用的MEF细胞密度多少合适呀,这个步骤说的8 ×106是不是有点多呀,我做一次六孔板2  ×105就太密了,
作者: 细胞海洋    时间: 2014-10-23 09:59

回复 vikimei 的帖子' b# L6 Y" S' s; p* k

5 g5 G5 E1 G- R2 m) D$ v建议你发新帖提问
作者: vikimei    时间: 2014-10-23 11:24

回复 细胞海洋 的帖子
" B6 \7 T9 n9 k$ T/ h/ I$ e* C2 h6 P/ g! K/ E4 K4 E  S
谢谢
% b' p4 y4 u6 o  [9 X6 E' U
作者: ceshishua    时间: 2014-10-23 17:59

好贵啊!我们新人缺钱啊~




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