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标题: 请教高手，如何从ncbi上找该启动子序列？？？ [打印本页]

作者: trl137 时间: 2011-11-9 23:05 标题: 请教高手，如何从ncbi上找该启动子序列？？？

本帖最后由细胞海洋于 2011-11-10 00:41 编辑
* N$ E# |! Z% C3 l
我很少涉及分子的东西，请教高手，如何从ncbi上找该启动子序列？？？我找了，似乎都不对

作者: daviddow 时间: 2011-11-10 01:07

可以克隆+1前述的1000bp

作者: cronos0910 时间: 2011-11-10 03:16

利用Map viewer查找启动子（Promoter）: c( z |5 D* g) R
一、打开Map viewer页面，网址为：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/index.html
在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。( I0 P2 O! V5 R* H, d9 @# [
二、点击“GO”& K3 d% h* d' }. Q! M! z
三、在步骤二的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene前面的小方框里打勾，然后点击Filter.
四、点击reference对应的"Genes seq"，出现新的页面
五、点击出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能

作者: echowdk 时间: 2011-11-10 09:18

回复 daviddow 的帖子, e- r, |7 w$ _8 J4 H$ S6 i( g
- ~) g8 _- G% Z- D, t& O
1000bp的话是不是有点短啊，有的时候看文献，貌似还要更往前一点，是不是不同的基因不一样啊。

作者: 李泽中 时间: 2011-11-10 09:56

用ensembl，很方便的

作者: yewangocean 时间: 2011-11-10 10:20

http://rulai.cshl.edu/cgi-bin/TRED/tred.cgi?process=home
这是个Transcriptional Regulatory Element Database。( ?7 T v* D% B& S4 R6 F& Y1 I
里面可以按照基因名称搜索到每个基因的启动子序列。4 \+ F! p# m1 x7 Q) T
但是也是按照通用准则，即基因前面1000-2000bp来认定的。

作者: guxi124 时间: 2011-11-10 21:31

ncbi上的转录起始位点都是机器预测的，不一定准，一般要参考一些以前做过目的基因转录调控的文献来确定一下比较可靠，如果转录起始位点的位置确定了，那么启动子一般应该在-1000以内，置于调控区就不好确定了，甚至可能出现在-30k或是3‘utr的后面。

作者: daviddow 时间: 2011-11-11 06:10

你看看这个网站，专门设置启动子http://www.panomics.com/

作者: trl137 时间: 2011-11-12 23:22

谢谢！

作者: ellapan 时间: 2011-11-13 02:18

ok 谈谈我的经验最初作为菜鸟我是直接从NCBI上直接下载启动子序列的不过这个时候一定要注意一是你的基因是反向编码还是正向编码的新手容易搞错的然后就是启动子序列的选择一般前2000bp足够了 5000bp同样可以只是在序列选择那个地方多减去你要的长度而已；二是并不是所有物种都好使的，所以你要就human 或者mouse一般没有问题；三是注意修改显示片段长度后，一定要确认显示的正确与否，因为有时候NCBI的序列没有改变。
当然现在有不同的网站也可以供你下载启动子序列，楼上的几位已经详细说了不累述。

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