干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站

标题: 高GC和复杂二级结构为什么可能会导致PCR失败？ [打印本页]

作者: heiguzi1988 时间: 2011-11-23 22:20 标题: 高GC和复杂二级结构为什么可能会导致PCR失败？

原理分别是什么？谢谢！

作者: zxcv12345 时间: 2011-11-24 06:45

回复 heiguzi1988 的帖子

高GC造成DNA双链打不开，造成PCR失败

作者: w343989328 时间: 2011-11-24 09:06

高GC使DNA双链结合力过大，变性不足无法形成单链。
复杂二级结构使引物无法结合母链。

作者: meister 时间: 2011-11-24 10:00

A-T 双键，G-C三键，键能高，ＤＮＡ结合紧密。5 g5 U- d, h# t. R7 K+ R& G
复杂的二级结构你指的是什么？

作者: cronos0910 时间: 2011-11-25 11:40

G-C3个氢键，使DNA更稳定，在高温下也不容易形成单股，嗜高温的archaea就含有高比例的G-C$ w7 O4 w/ [- d" s) L

但是G-C跟二级结构无关7 w( | r: @$ i3 X8 T3 ~2 l
/ A& p7 S9 B" h" w& E
二级结构有折叠性使DNA分子更为稳定，在高温时，只会使部分打开，而造成PCR无法进行

作者: phdyhm 时间: 2011-11-26 11:56

这是很正常的事情，G-C三键，键能较A-T 双键更高，二级机构的情况就更复杂了，包括不仅通过折叠使分子变得稳定，也可与周围形成其他的键，所以高GC和复杂二级结构很可能导致PCR失败。
我曾经就进行过一次PCR,必须加DMOS（注意，微毒，戴手套），可以使复杂二级结构打开，效果还不错。而且这种产物转化时也要高温加热，这还是打电话问人家生物公司问来的密不外传的经验。

欢迎光临干细胞之家 - 中国干细胞行业门户第一站 (http://www.stemcell8.cn/)