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标题: q-PCR时引物设计问题 [打印本页]

作者: 如来的观音    时间: 2012-5-29 10:00     标题: q-PCR时引物设计问题

据说,实时定量引物设计时产物长度最好控制在80-150bp间较为合适,有这种说法吗?
作者: 不倒翁    时间: 2012-5-29 12:39

是的 Rules:
& V) j6 Y4 U4 ^5 N1.        Amplicon size should be ranged from 90bp to 180bp;, f8 \; v+ ]6 `( q; K2 `
2.        Oligo length should be ranged from 17 to 20bp, normally;
1 T9 P2 T( N- ^9 X3.        Ideally, the TM value should be 60℃, but 59℃ to 61℃ is acceptable;
7 b: t! Q6 H; G; {5 f, o4.        The TM value of one pair primers should not be different at more than 1℃
' }% n: ]' L: S# E# Y5 _. l# i' U. ?; n' w5.        GC content should be 45% to 55%" f; t* }; y% l( q' `
6.        The oligo designed should be located in different exons.
3 J5 h# o4 H' @$ K4 r
作者: 不倒翁    时间: 2012-5-29 12:40

是的 Rules:; A# ?4 P" Z3 Z/ y0 Z8 p
1.        Amplicon size should be ranged from 90bp to 180bp;: G- H; }% T* w. r' `) @
2.        Oligo length should be ranged from 17 to 20bp, normally;
( F4 L3 e: Y" K, O) y4 Z3.        Ideally, the TM value should be 60℃, but 59℃ to 61℃ is acceptable;
& f# e0 G# G: r5 V* j1 b/ V4.        The TM value of one pair primers should not be different at more than 1℃
. Q2 I! t0 l4 t5.        GC content should be 45% to 55%
! E' @0 G# p- ]0 B  R6.        The oligo designed should be located in different exons.3 W8 T5 ]" u& _8 B& ?- A

作者: miRNA    时间: 2012-5-29 13:48

现在公司的酶都很NB,所以,可以将范围扩大到80-250,有同学用400,他说也可以...
" p# P. j& J6 F7 U祝你好运...
作者: casc007    时间: 2012-5-29 13:54

用SYBR等不饱和染料时是这样的,用饱和染料就无所谓了,但是也还是建议越小越好,体系比较好把握
作者: casc007    时间: 2012-5-29 14:06

回复 miRNA 的帖子
7 r- \0 F$ l/ A7 c; d/ P8 [
+ Q: h1 ^4 w, t$ K$ L+ b这个大小决定因素不在于酶,而是染料
作者: daviddow    时间: 2012-5-30 00:49

shi
作者: lazyworm    时间: 2012-5-30 08:16

应该是不超过250bp,我刚开始做时用了个500多的竟然p出来了,不过还是小一点的好P。当然设计引物时也不能太小,如果和引物二聚体差不多大的话不好区分。
作者: nankou2008    时间: 2012-6-1 09:49

这个是有的 主要是为了扩增曲线好看稳定 太大的话, n0 ]4 ]- _6 P) n! W3 k6 e
仪器公司工程师有过介绍的
, n, X- K. k' H' E# E& `我们当时说是70-250bp
作者: 刘艳85    时间: 2012-6-1 16:19

最好是这个片段长度,若是太长也可以批出,但是可能有的结果就不那么可靠了吧
作者: 刘艳85    时间: 2012-6-1 16:19

最好是这个片段长度,若是太长也可以批出,但是可能有的结果就不那么可靠了吧




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