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标题: 一个基因有多个转录本怎么设计引物？ [打印本页]

作者: ind6562 时间: 2012-9-2 12:07 标题: 一个基因有多个转录本怎么设计引物？

在NCBI上查到我的目的基因有多个transcript variant ，我要做realtime PCR检测该基因的表达变化，请问大家设计引物时应该怎样设计？是每个转录本各设计一个引物呢，还是只设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物呢？第二种方式对所有基因都可行吗（即是说一定可以设计出这样的引物吗）？请指教，谢谢！

作者: jhu132llh 时间: 2012-9-2 12:33

只要P那个你需要的转录本的表达量就可以了吧3 @- Z2 E$ e7 ?; y$ K* K- z6 @- O
其他的转录本和你没有多大关系呀

作者: ind6562 时间: 2012-9-2 12:41

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不知道哪个转录本有用啊。。。感觉是每个都有用

作者: jhu132llh 时间: 2012-9-2 18:27

回复 ind6562 的帖子$ }" x+ a4 B) `' X. h1 o
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最好是先确定哪些转录本对你有用再设计引物
设计引物的时候最好是针对特异的转录本设计引物，只检测他的转录才有意义

作者: chentian820 时间: 2012-9-3 08:26

针对转录本的共有区域进行设计即可。如果要看各个转录本的表达量，就分开设计。但得提醒你的是，有的基因会有多个转录本，其中一些是可以翻译出蛋白的，而另一些是非编码的。如果出现这种情况就得分开设计。万一分开设计不可行的话，就得做western。

作者: lxy07 时间: 2012-9-3 08:37

你要是想看某个基因的整体表达情况，就要让所有的转录本都表达，设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物，我就是这么做的。

作者: wang3033 时间: 2012-9-3 08:50

一般剪接都发生在基因的中后部区域，你可以设计扩增基因的5’端区域，只要100-200bp即可，
这部分是所有转录本的共有区域。

作者: safflower 时间: 2012-9-3 08:56

设计一个具有同源序列、能扩增出所有转录本的引物。即先比对各个转录本的同源序列，再利用同源序列设计引物。在你不清楚哪个转录本有用的情况下，这是最好的方法。

作者: mzaq2006 时间: 2012-12-10 23:01

回复 chentian820 的帖子1 r5 C% ?9 a- a n ?# S2 k

如何判断一个基因的转录本是翻译蛋白的，而其他转录本是不翻译出蛋白呢？还有就是，每个基因的转录本应该都是NM开头的，而且这些NM开头的转录本不都有一个CDS吗，难道有这个区域也有可能不翻译蛋白吗？

作者: mzaq2006 时间: 2012-12-10 23:08

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你好，你说的5端区域具体是指5UTR吗？一个基因有多个转录本，这些转录本序列不都是mRNA吗，不是都已经经过可变剪接了吗？我只要在同源区任意位置设计出合适的引物不就可以了吗？希望能得到你的解答，谢谢。

作者: embryonic12 时间: 2012-12-11 19:07

回复 jhu132llh 的帖子+ `# Q* A! P6 f |5 ]1 l9 \& k
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请教一下，如何找到某个转录本特有的区域呢？谢谢！

作者: wnavy200299 时间: 2012-12-11 22:48

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一般来说，一个基因存在多个转录本是很正常的，但是这些转录本之间的区别主要是由于不同的剪接方式引起的。就像坛友们说的，主要发生在基因mRNA的中后区（3‘端），你要想扩增出所有转录本就需要在5’端下手，当然也可以借助align比对一下，看看究竟5'端的哪些区域为“通用序列”。这要做要是一两个基因还可以承受，要是十几二十对，谁也受不了。我的做法一般是选NCBI中所有转录本中第一个转录本，一般认为这个序列是该基因的通用序列，也是最主要的序列，设计引物是也可以参照开始说的。另外，你也可以通过文章中确定细胞中你的蛋白主要是多大分子量，主要表达哪个蛋白来进一步确定。个人意见，仅供参考。Good Luck！

作者: killjap 时间: 2012-12-26 15:38

据我理解，所谓数个转录本，一般指的是mRNA的选择性剪接。一般情况下，在不同的的组织中，会表达的转录本不同。但是一般一种细胞常常只表达一种转录本。! _5 p! }/ v4 L4 W& m0 H
所以，楼主可以有两种选择：: ~, e. J& V# D6 g
1、看看你选择的细胞表达哪一种（搜文献），针对它设计引物；
2、看看有没有在所有转录本中都出现的核酸序列，如果有，那就设计针对这些序列的引物，通吃！

作者: mzaq2006 时间: 2013-1-8 21:54

一般不都是在同源区设计引物吗，因为有的转录本之间的序列相差不大，根本没有可以针对特定转录本设计引物的。

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