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标题: PDF电子书：Yeast Systems Biology [打印本页]

作者: zsg 时间: 2013-5-6 12:34 标题: PDF电子书：Yeast Systems Biology

本帖最后由细胞海洋于 2013-5-7 09:32 编辑 0 V4 e0 Q/ w$ w% B: b9 T* ?

Yeast Systems Biology
Methods and Protocols
Edited by- s+ c$ f5 F$ V; u/ x- h, |
Juan I. Castrillo

Contents" d5 c) r* C0 U( n, l/ g! \
Preface . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . v0 L  o4 E8 r$ x2 s+ s
Contributors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . xi
SECTION I: YEAST SYSTEMS BIOLOGY8 K$ w0 T9 f" H  I
1. Yeast Systems Biology: The Challenge of Eukaryotic Complexity . . . . . . . . . 3$ P% M# Q+ z' D7 }# y
Juan I. Castrillo and Stephen G. Oliver
SECTION II: EXPERIMENTAL SYSTEMS BIOLOGY: HIGH-THROUGHPUT GENOME-WIDE* C" a7 i  v! \6 p! w, y
AND MOLECULAR STUDIES
2. Saccharomyces cerevisiae: Gene Annotation and Genome Variability, State4 {$ F6 G0 t1 C+ I6 Z
of the Art Through Comparative Genomics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 310 M* J) P9 v4 Y: C; i4 E
Ed Louis; H2 a+ e3 a, q$ q- m8 Q& J
3. Genome-Wide Measurement of Histone H3 Replacement Dynamics in Yeast . . 41
Oliver J. Rando7 d" T- T0 J* o$ `+ t, w( h
4. Genome-Wide Approaches to Studying Yeast Chromatin Modifications . . . . . 61
Dustin E. Schones, Kairong Cui, and Suresh Cuddapah
5. Absolute and Relative Quantification of mRNA Expression (Transcript Analysis) . 73
Andrew Hayes, Bharat M. Rash, and Leo A.H. Zeef
6. Enrichment of Unstable Non-coding RNAs and Their Genome-Wide
Identification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 875 H9 X, o& N; e) u% ?) A4 z
Helen Neil and Alain Jacquier
7. Genome-Wide Transcriptome Analysis in Yeast Using High-Density
Tiling Arrays . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
Lior David, Sandra Clauder-Münster, and Lars M. Steinmetz" j! \! E7 ~; s0 `
8. RNA Sequencing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125- h9 N! I* Y( e) t4 n2 L! Z
Karl Waern, Ugrappa Nagalakshmi, and Michael Snyder
9. Polyadenylation State Microarray (PASTA) Analysis . . . . . . . . . . . . . . . 133
Traude H. Beilharz and Thomas Preiss4 l# k4 \5 U( c8 o
10. Enabling Technologies for Yeast Proteome Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . 149/ [- f0 S6 x, S4 I  a
Johanna Rees and Kathryn Lilley
11. Protein Turnover Methods in Single-Celled Organisms: Dynamic SILAC . . . . 179
Amy J. Claydon and Robert J. Beynon0 M" \# w0 p: E
12. Protein–Protein Interactions and Networks: Forward and Reverse Edgetics . . . 197. }( j) D6 Z) J: j* i$ S) ^
Benoit Charloteaux, Quan Zhong, Matija Dreze, Michael E. Cusick,
David E. Hill, and Marc Vidal" q1 A3 L( |; G/ ]7 o  l
13. Use of Proteome Arrays to Globally Identify Substrates for E3
Ubiquitin Ligases . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2153 h; I5 |4 [8 [) p. e/ x
Avinash Persaud and Daniela Rotin
14. Fit-for-Purpose Quenching and Extraction Protocols for Metabolic
Profiling of Yeast Using Chromatography-Mass Spectrometry Platforms . . . . . 225
Catherine L. Winder and Warwick B. Dunn; Q7 E' R: w9 C4 X7 x" s& x1 ?" v
15. The Automated Cell: Compound and Environment Screening System1 L( Y+ n+ M0 K# u& T+ J1 |
(ACCESS) for Chemogenomic Screening . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 239
Michael Proctor, Malene L. Urbanus, Eula L. Fung,
Daniel F. Jaramillo, Ronald W. Davis, Corey Nislow,7 ]" A5 ]& R4 P0 o( P9 k) S2 w3 a
and Guri Giaever' e  `; K2 F1 @* k
16. Competition Experiments Coupled with High-Throughput Analyses for
Functional Genomics Studies in Yeast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 271% d8 ~1 d1 Z. A1 V
Daniela Delneri, j3 o( r4 v7 C  E2 }" ]
17. Fluorescence Fluctuation Spectroscopy and Imaging Methods for- L) y1 H- m4 K8 ^5 A4 w3 ~5 `
Examination of Dynamic Protein Interactions in Yeast . . . . . . . . . . . . . . 283
Brian D. Slaughter, Jay R. Unruh, and Rong Li
18. Nutritional Control of Cell Growth via TOR Signaling in Budding Yeast . . . . . 307/ E9 B! m: K1 y( J
Yuehua Wei and X.F. Steven Zheng" t3 Z) z" h7 y$ z# C) ^6 U9 f" W
SECTION III: COMPUTATIONAL SYSTEMS BIOLOGY: COMPUTATIONAL STUDIES, X& K( K4 ]! j  b$ c
AND ANALYSES
19. Computational Yeast Systems Biology: A Case Study for the MAP
Kinase Cascade . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3230 `2 A. W: V0 ?4 {; U9 H( D  W% n
Edda Klipp
20. Standards, Tools, and Databases for the Analysis of Yeast ‘Omics Data . . . . . . 3458 |* h9 [4 G0 r. d( a5 G' p
Axel Kowald and Christoph Wierling9 J& H  Y7 [5 M0 A, d0 Q$ ]
21. A Computational Method to Search for DNA Structural Motifs in
Functional Genomic Elements . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3670 o1 N2 U6 ^: V# n" V
Stephen C.J. Parker, Aaron Harlap, and Thomas D. Tullius
22. High-Throughput Analyses and Curation of Protein Interactions in Yeast . . . . 381
Shoshana J. Wodak, Jim Vlasblom, and Shuye Pu
23. Noise in Biological Systems: Pros, Cons, and Mechanisms of Control . . . . . . 407
Yitzhak Pilpel1 q* u* E! t2 S" N( y4 r
24. Genome-Scale Integrative Data Analysis and Modeling of Dynamic
Processes in Yeast . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 427! p' E+ j: F8 V  a4 ~8 {
Jean-Marc Schwartz and Claire Gaugain: F& z0 [$ @3 y6 A& v- E
25. Genome-Scale Metabolic Models of Saccharomyces cerevisiae . . . . . . . . . . . 445: ]' ?# o: c) e, q
Intawat Nookaew, Roberto Olivares-Hernández, Sakarindr2 [+ }9 C/ N5 [9 F- q* S
Bhumiratana, and Jens Nielsen1 [, F6 g0 t* M: j( a" R
26. Representation, Simulation, and Hypothesis Generation in Graph
and Logical Models of Biological Networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 465
Ken Whelan, Oliver Ray, and Ross D. King- K+ h- w* Y$ ]$ o5 {+ y3 @0 ~
27. Use of Genome-Scale Metabolic Models in Evolutionary Systems Biology . . . . 4835 ^% y% X4 ?) l' J+ ]
Balázs Papp, Balázs Szappanos, and Richard A. Notebaart
SECTION IV: YEAST SYSTEMS BIOLOGY IN PRACTICE: SACCHAROMYCES CEREVISIAE- u* W$ i8 f' \- `& i+ b
AS A TOOL FOR MAMMALIAN STUDIES
28. Contributions of Saccharomyces cerevisiae to Understanding Mammalian
Gene Function and Therapy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 501
Nianshu Zhang and Elizabeth Bilsland
Subject Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 525

作者: zhanglei1414 时间: 2013-5-7 21:43

不回复不让看啊

作者: haha3245 时间: 2015-6-10 18:54

表观遗传学

作者: 123456zsz 时间: 2015-6-15 21:18

看贴回复是好习惯

作者: marysyq 时间: 2015-6-25 15:54

嘿嘿

作者: 命运的宠儿 时间: 2015-6-26 07:54

干细胞与动物克隆

作者: 兔兔 时间: 2015-6-27 19:43

原来这样也可以

作者: xuguofeng 时间: 2015-7-22 00:21

干细胞之家

作者: 依旧随遇而安 时间: 2015-7-31 10:54

你加油吧

作者: 榴榴莲 时间: 2015-9-10 13:53

好帖，有才

作者: yukun 时间: 2015-9-10 22:08

回复一下

作者: tempo 时间: 2015-9-16 12:27

哎怎么说那~~

作者: biobio 时间: 2015-9-30 20:31

一定要回贴，因为我是文明人哦

作者: 橙味绿茶 时间: 2015-10-1 12:43

希望大家都有好运

作者: 石头111 时间: 2015-10-2 21:02

每天早上起床都要看一遍“福布斯”富翁排行榜，如果上面没有我的名字，我就去上班……

作者: 命运的宠儿 时间: 2015-11-12 10:10

干细胞产业是朝阳产业

作者: 昕昕 时间: 2015-11-26 14:54

心脏干细胞

作者: beautylive 时间: 2015-12-1 09:10

这个贴不错！！！！！

作者: nauticus 时间: 2015-12-3 22:43

顶．支持，路过．．．．．

作者: 榴榴莲 时间: 2015-12-6 10:21

回答了那么多，没有加分了，郁闷。。

作者: nauticus 时间: 2015-12-23 21:23

初来乍到，请多多关照。。。

作者: 红旗 时间: 2016-1-6 22:43

原来是这样

作者: haha3245 时间: 2016-1-7 15:10

看贴回复是好习惯

作者: s06806 时间: 2016-1-25 17:52

昨晚多几分钟的准备，今天少几小时的麻烦。

作者: tuanzi 时间: 2016-2-5 09:43

怎么就没人拜我为偶像那?? ~

作者: syt7000 时间: 2016-2-18 16:16

希望大家帮我把这个帖发给你身边的人，谢谢！

作者: popobird 时间: 2016-3-20 07:54

文笔流畅，修辞得体，深得魏晋诸朝遗风，更将唐风宋骨发扬得入木三分，能在有生之年看见楼主的这个帖子。实在是我三生之幸啊。

作者: 风云动 时间: 2016-3-20 09:43

心脏干细胞

作者: ringsing 时间: 2016-3-30 09:35

我帮你喝喝

作者: 小倔驴 时间: 2016-4-9 20:35

我的妈呀，爱死你了

作者: youngcell 时间: 2016-5-8 17:18

声明一下：本人看贴和回贴的规则，好贴必看，精华贴必回。

作者: 小倔驴 时间: 2016-5-9 12:43

昨晚多几分钟的准备，今天少几小时的麻烦。

作者: dd赤焰 时间: 2016-5-15 14:25

孜孜不倦，吾等楷模 …………

作者: qibaobao 时间: 2016-6-19 22:53

顶你一下，好贴要顶！

作者: netlover 时间: 2016-8-28 17:18

你加油吧

作者: lab2010 时间: 2016-9-15 12:15

好好帖很好帖确实好帖少见的好帖

作者: www1202000 时间: 2016-9-16 16:35

顶顶更健康，越顶吃的越香。

作者: ringsing 时间: 2016-10-25 14:01

文笔流畅，修辞得体，深得魏晋诸朝遗风，更将唐风宋骨发扬得入木三分，能在有生之年看见楼主的这个帖子。实在是我三生之幸啊。

作者: 大小年 时间: 2016-10-29 15:42

世界上那些最容易的事情中，拖延时间最不费力。

作者: 舒思 时间: 2016-11-3 21:08

做对的事情比把事情做对重要。

作者: ikiss 时间: 2017-1-21 13:16

干细胞我这辈子就是看好你

作者: aliyun 时间: 2017-1-22 09:17

先顶后看

作者: dongmei 时间: 2017-2-4 00:16

干细胞治疗

作者: wq90 时间: 2017-3-6 00:35

每天都会来干细胞之家看看

作者: immail 时间: 2017-3-11 00:53

不错，看看。

作者: dmof 时间: 2017-4-11 03:34

一定要回贴，因为我是文明人哦

作者: 3344555 时间: 2017-4-12 02:07

我来了~~~~~~~~~ 闪人~~~~~~~~~~~~~~~~

作者: 依旧随遇而安 时间: 2017-5-2 21:40

端粒酶研究

作者: 生物小菜鸟 时间: 2017-5-16 04:05

正好你开咯这样的帖

作者: 化药所 时间: 2017-5-24 10:34

干细胞抗衰老

作者: www1202000 时间: 2017-6-16 09:42

我回不回呢考虑再三还是不回了吧 ^_^

作者: syt7000 时间: 2017-7-15 20:53

太棒了！

作者: dogcat 时间: 2017-8-1 08:54

真是佩服得六体投地啊

作者: happyboy 时间: 2017-8-13 06:41

活着，以死的姿态……

作者: SCISCI 时间: 2017-8-14 12:25

哈哈,这么多的人都回了,我敢不回吗?赶快回一个,很好的,我喜欢

作者: doors 时间: 2017-9-3 16:27

不看白不看，看也不白看

作者: 安安 时间: 2017-9-22 01:23

帮你项项吧

作者: 若天涯 时间: 2017-9-27 14:13

不对，就是碗是铁的，里边没饭你吃啥去？

作者: biopxl 时间: 2017-9-27 23:59

给我一个女人，我可以创造一个民族；给我一瓶酒，我可以带领他们征服全世界。。。。。。。。。

作者: nosoho 时间: 2017-10-10 14:21

我在顶贴~！~

作者: 舒思 时间: 2017-10-22 09:10

要不我崇拜你?行吗?

作者: 舒思 时间: 2017-11-26 00:50

间充质干细胞

作者: alwaysniu 时间: 2017-12-13 23:06

先看看怎么样！

作者: ikiss 时间: 2017-12-15 15:51

细胞治疗行业

作者: frogsays 时间: 2018-1-16 23:24

很好！很强大！

作者: 甘泉 时间: 2018-2-19 20:42

我在顶贴~！~

作者: 甘泉 时间: 2018-3-3 19:51

不错，感谢楼主

作者: aakkaa 时间: 2018-3-4 22:42

慢慢来，呵呵

作者: whyboy 时间: 2018-3-5 03:55

每天都会来干细胞之家看看

作者: HongHong 时间: 2018-3-15 15:35

这个贴不错！！！！！

作者: 狂奔的蜗牛 时间: 2018-3-22 20:16

不错，支持下

作者: 知足常乐 时间: 2018-4-1 09:14

不错!

作者: 生科院 时间: 2018-4-7 06:52

支持你就顶你

作者: 123456zsz 时间: 2018-4-17 08:10

真是天底下好事多多

作者: nosoho 时间: 2018-4-26 18:15

真的有么

作者: tuting 时间: 2018-5-2 13:01

干细胞从业人员

作者: 天蓝色 时间: 2018-5-3 06:01

干细胞疾病模型

作者: 坛中酒 时间: 2018-5-17 08:35

干细胞研究人员的天堂

作者: 依旧随遇而安 时间: 2018-5-22 07:26

干细胞治疗

作者: 我心飞翔 时间: 2018-5-24 18:03

严重支持！

作者: dataeook 时间: 2018-6-6 11:10

人气还要再提高

作者: 红旗 时间: 2018-6-7 01:46

不错，看看。

作者: 123456zsz 时间: 2018-6-12 05:35

今天的干细胞研究资料更新很多呀

作者: 兔兔 时间: 2018-7-20 19:59

这贴？不回都不行啊

作者: 旅美学者 时间: 2018-7-26 08:27

彪悍的人生不需要解释。

作者: aakkaa 时间: 2018-8-13 23:29

鉴定完毕.!

作者: 快乐小郎 时间: 2018-8-22 15:54

太棒了！

作者: ikiss 时间: 2018-8-28 22:08

这贴？不回都不行啊

作者: 狂奔的蜗牛 时间: 2018-9-22 00:30

这贴？不回都不行啊

作者: highlight 时间: 2018-9-22 15:54

彪悍的人生不需要解释。

作者: 风云动 时间: 2018-9-30 21:14

老大,我好崇拜你哟

作者: dongmei 时间: 2018-10-10 16:01

宁愿选择放弃，不要放弃选择。

作者: chinagalaxy 时间: 2018-10-19 02:31

哈哈,有意思~顶顶，继续顶顶。继续顶哦

作者: doors 时间: 2018-11-6 22:35

原来是这样

作者: 小敏 时间: 2018-11-9 00:52

端粒酶研究

作者: IPS干细胞 时间: 2018-11-12 07:13

回帖是种美德.

作者: 昕昕 时间: 2018-11-28 23:13

一个有信念者所开发出的力量，大于99个只有兴趣者。

作者: changfeng 时间: 2018-12-10 03:16

哈哈,有意思~顶顶，继续顶顶。继续顶哦

作者: heart10 时间: 2018-12-21 09:18

干细胞研究非常有前途

作者: www1202000 时间: 2018-12-31 22:27

留个脚印```````

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