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标题: 诺奖得主、iPS细胞之父山中伸弥论文遭质疑(ZT) [打印本页]

作者: marrowstem    时间: 2014-4-28 20:13     标题: 诺奖得主、iPS细胞之父山中伸弥论文遭质疑(ZT)

本帖最后由 marrowstem 于 2014-4-28 20:14 编辑
- N/ w; ]& ?! h9 t* J% D
# ?( O; ~9 p2 w1 c 来源:生物360 作者:koo- j% P2 Q, k9 N) `6 X, X
  [attach]60934[/attach]  
; `: R7 _0 M% m, t" O9 C4月28日下午,iPS细胞之父、京都大学教授山中伸弥在京都大学举行记者会,神情严肃。
% p4 @& \" I/ t0 R4 f2 F& H
- f) k7 g, h, ?6 Q" Q# `2 @* ?. ]* Z      诺奖得主、诱导多能干细胞(iPS细胞)之父、日本京都大学教授山中伸弥 28 日在京都大学举行记者会,就互联网上有人对自己 2000 年发表在海外学术杂志上的论文提出质疑一事称,“论文的报告内容是正确的,这毋庸置疑”。山中解释,“论文的研究结果已由多名研究人员再现,也不记得自己有违背研究伦理的行为”。
: D; n$ f0 o# Z- v  t据京都大学 iPS 细胞研究所称,2013 年 4 月山中的论文在网上受到质疑后已开始调查,收到山中提交的 5 箱实验记录。
作者: marrowstem    时间: 2014-4-28 20:29

       真的假不了、假的真不了!个人推测,iPS细胞很快会成为又一个争论的漩涡中心,但愿帅哥不会成为小日本今年第二个小保方晴子。
. I8 j( T% ]% x) {    相信相应的记者招待会还会开……
作者: marrowstem    时间: 2014-4-28 20:30

      不要是最基本的细胞生物学基础知识没学好哦?
作者: songzxj    时间: 2014-4-29 06:03

只要不是IPS出问题,其它的都是小问题。通过小宝方的事可以看出,只要你结论上没问题,细枝末节的错就错了!!!科学研究也就这么回事!!
作者: marrowstem    时间: 2014-4-29 07:11

      也存在可能结果是对的,但解释是错的哦?
作者: tpwang    时间: 2014-4-29 07:38

回复 marrowstem 的帖子
( A8 Z% S5 n" T( ]! T: w4 P
- n" x# \! ]& c+ D  ~: WiPSC“出错”的几种理论可能:
# }( O# i+ I- K! B3 p* S' {  |7 T
) F4 ^. C$ O. l! e- I1。完全是假象。这个可能性似乎不大,毕竟这么多人都按照那个模式得到了某个统一标准的结果。3 w( S! B( {. N! Y& {) c, P8 p
2。现象是真的,但意义“不真”。也就是说,仍有可能这是一个人为的现象,而非大家希望的进化来的生物机制的人工发掘。换句话说,在特定人工条件下,确实有可能看到逆转的局部现象,但这个现象的本质是什么,能到多大程度,能不能完全像我们期待的那样,在现有的结果面前,不好说吧。这个推论为真的最坏结局,就是大家穷尽了力气,最后不得不承认,理论上实践上都无法得到我们想要的结果。而是大自然的遗迹跟我们开了个无害的玩笑。
/ O/ Z! B% h4 P6 k
% x3 ]4 C& o& F% q& L/ x那么,要想证明这确实是个人类新发现的客观存在,要有一个理论的合理解释,第一步就是所谓机理,目前的机理研究还仅仅是在门外瞎摸阶段,比如跷跷板理论。其次,相关的,要能够找到大规模利用的途径,各种提高效率的尝试属于这一类努力。不得不说,还难看到可靠的数量级的提升之路。而且,到底多有效的方法就能够用来证明确实是真的,也没有概念。第三,再往后一步,如果某种意义上实现了应用,哪怕是局部的,有限的应用,换句话说看到了iPSC的再生医学临床实例,也可以先假定iPSC确有此事。治疗黄斑病类的临床实验目的在此。但其他应用,药物开发的应用不算,因为那更多是一种经济上的考量。而疾病模型,也似乎不大能算,因为也是有限的复制病理现象。5 _$ v0 y0 N, y# M
. a; O# Y7 K  ~, b
还有一种可能。iPSC的有限真实性,可能是别的隐含事物的某个“假象”。很难想象生物进化的漫长过程的奥秘就这样给彻底大白天下了。
. r* ~4 Y9 k% I2 }
3 p# [- v( m: F$ Q( y) Q# s由此来看科学研究、临床应用探索、商业忽悠,应该有个心理准备,很可能we ain't seen nothing yet。3 L1 Z+ z/ u# t
5 d. x% z# P0 J5 N! k7 j9 ^
有一天尘埃落定,回首往事,数风流人物,还看那时候的当朝?
: l3 M" c$ i! H* ]
6 b9 h3 F4 P) F  h, ?0 Z" L芸芸众生孤核默,万古销魂酿此中。
$ E* v# T' t9 v  D1 j# C) u看取人寰何事业,五洲无浪起秋风。
作者: sdwzg119    时间: 2014-4-29 08:26

本帖最后由 sdwzg119 于 2014-4-29 08:29 编辑 2 {2 g" @7 ]6 B7 K8 R* \* C

+ [! v; N- e0 q9 N8 q回复 tpwang 的帖子; O# W+ B! I' f' Q7 y2 ?6 F; T1 K
; S2 _4 e: q- V6 P5 |  L1 }0 f
其实所谓的质疑,并不是针对iPS这个理论的,而是质疑他是不是第一个发现,或者说他当时的论文是不是有效;+ H8 f* j8 g. S- s
& H6 T& d2 z4 F& s  x! R
我认为这纯属歧视性的评论,本人虽对日本人无好感,但是事实上东方人就是被歧视;实际上山中伸弥发布论文不久之后,还有一位非常著名的干细胞专家的实验室也独立发现了iPS,但是多得荣誉就原因没有山中伸弥大了;
" a& r' \' y; R7 Y. P! {+ `; S5 N9 w0 m/ }+ E& D' v5 m! g" w5 W
对山中伸弥大的质疑一直就有,只不过随着重复出细胞的人越来越多,质疑的声音就没人听了罢了;
% [8 u; W" y8 v& i/ ~% A4 _& _# _, n8 t  t
所以,这只是荣誉之争罢了,与理论和科学关系不大;
作者: tpwang    时间: 2014-4-29 08:44

回复 sdwzg119 的帖子
+ c+ q0 b% J: j5 C$ k
& `# r* H* e: z: m( W+ e7 ^不能说所有的质疑都是针对山中本人是否第一个发现的吧,确实有对iPSC到底是什么现象本身的质疑存在。& \' I/ T6 q! B# }$ }) k% u# |

, @2 P7 E( n+ C4 e( F% n* k
作者: ppcl2    时间: 2014-4-29 08:57

质疑的是下面这一片,跟iPS嘛关系没有。/ G# Z7 G$ I+ p; S
Essential role of NAT1/p97/DAP5 in embryonic differentiation and the retinoic acid pathway.8 Y# u7 _+ Y; p! P1 x; h8 c9 ~
Yamanaka S, Zhang XY, Maeda M, Miura K, Wang S, Farese RV Jr, Iwao H, Innerarity TL.
: f! r. L7 e4 C; ^EMBO J. 2000 Oct 16;19(20):5533-41.
作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 09:05

嘻嘻,有谁知道山中伸弥的iPS理论核心到底是什么?
作者: ppcl2    时间: 2014-4-29 09:32

回复 FreeCell 的帖子
. r$ s, n# T  s8 x
0 c' X8 r) a1 Q诱导体细胞重编程。
作者: wf78365421    时间: 2014-4-29 10:15

人红是非多
作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 10:18

ppcl2 发表于 2014-4-29 09:32 " M& ?& T- o2 k+ s
回复 FreeCell 的帖子# X$ O0 J, a  d- x

5 e# O. l! S* J( |: M诱导体细胞重编程。

4 }9 S8 w0 F8 e( u4 y: _) i“细胞重编程”只是技术和手段,不是理论,& ]% |, K+ R$ ?! P, y2 Z% u
记得颁发诺贝尔奖的理由是“拨回生命时钟,改写了教科书”,到底iPS有何理论呢?
作者: wxl87    时间: 2014-4-29 10:28

有人说是质疑IPS了吗?
作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 10:47

回复 wxl87 的帖子
5 j, ^; l: `/ Q8 C' o- W
, i" M6 Q, i" o* A  p3 n不管有没有iPS技术,全能干细胞都在那里
作者: cyperus    时间: 2014-4-29 11:06

下面给大家看看日本方面的报道。以下文字来自日经新闻。
  S2 @4 Z$ e& i/ Q* n* D+ vhttp://news.tbs.co.jp/newseye/tbs_newseye2187740.html
7 z& W; i# Z  a( t
  V  \/ k( S  y6 {iPS細胞の作成でノーベル賞を受賞した京都大学の山中伸弥教授。14年前に発表した論文に不正があるのではないかとインターネット上で指摘されたことについて緊急の会見を開き、「論文の内容が正しいことに疑いはない」と説明しました。
& m0 x4 a3 }4 y8 i
2 D7 t' |( d/ f9 v7 ]3 X$ U  「日本の研究に対する信頼が揺らいでいる状況で、このようなご報告をしなければならないことを心よりおわび申し上げます」(京都大学 iPS細胞研究所 山中伸弥 教授)
) I. A+ N% C7 m
1 B' h3 N, s. c  [! M9 H+ C- U! { 問題が指摘されたのは山中教授が2000年にドイツの学術誌に投稿した論文です。「2つの画像データが似ていて、コピーしたのではないか」などとインターネット上で指摘されていました。
! `# v. l5 s% Z: _  z' p1 a
+ d& _# j, J; j, T これを受けてiPS細胞研究所が1年かけて調査をした結果、「データに切り貼りした痕跡はない。論文の内容が再現されていることが確認できる」などとして、「論文が正しいことに疑いはない」と結論付けました。/ n* H5 g- `7 l: _

3 R% A# e' o3 Y7 y* m 「論文の報告内容については一点の曇りもございません。全て現在も再現している研究であり、細胞も複数の細胞株を寄託し、どなたでも使っていただける状態です」(京都大学 iPS細胞研究所 山中伸弥 教授)- C3 q: J' P- {; r7 Z3 [
$ q. p2 n1 a5 M. V+ ?) f* |
 この論文は山中教授と複数の協力者により行われた研究。山中教授は段ボール5箱分の実験ノートを提出しましたが、論文に使われている元データが記載された協力者のノートや資料は保管されていませんでした。% ^* Z: e/ G$ `
0 @, J4 e9 B2 l7 z2 o
 「論文に使っている生データが 資料から発見できないことは研究者として、心より反省しおわび申し上げます」(京都大学 iPS細胞研究所 山中伸弥 教授)6 z* l9 r" e% L& ^8 f$ J/ G
: b' ^6 ^$ m7 \0 W7 z
 専門家は・・・
# J# x  u2 `) r5 G( v# e 「山中教授の不正はないと思う 。基本的には彼(山中教授)のノートにきっちりと裏付けられていれば大きな問題はないと思う」(東京大学 医科学研究所 上昌広 特任教授)
* H7 G- F2 M" C4 ?5 k3 ~$ ~4 x+ h4 m
 さらに上教授は、アメリカの医療の研究開発の司令塔の役割を果たしているNIH=国立衛生研究所を例に出し、次のように指摘しました。7 z, r* F+ k& k! j* f, t0 F

- q% Y1 y1 ~. U 「アメリカのNIH(=国立衛生研究所)の研究不正の時効は6年間。14年前のノートが、一部の人のがなかったのは特に不自然ではない」(東京大学医科学研究所 上昌広 特任教授)
$ [# Q. M% r, d0 \) V(28日22:41)
1 R/ q3 V$ V# l# I
作者: cyperus    时间: 2014-4-29 11:08

添附山中老师当年的论文
作者: Tivah    时间: 2014-4-29 11:11

本帖最后由 Tivah 于 2014-4-29 11:16 编辑 ' a6 W: l1 t' c3 _& {
; K, _& _- R: k  x$ I
[quote]tpwang 发表于 2014-4-29 07:38 1 m- K. ^+ H) ^, b6 f. T. R
回复 marrowstem 的帖子: A. H( T( C9 t  I3 \
  v/ z) v1 ~. r/ H
8 L! b; V3 J% q3 P+ Y0 j
出错的是之前的paper不是iPS。不过你说的“目前的机理研究还仅仅是在门外瞎摸阶段,比如跷跷板理论。其次,相关的,要能够找到大规模利用的途径,各种提高效率的尝试属于这一类努力。”2 u! H* V+ t, R6 Y% P9 ]: X+ K

3 N: w: o+ V( L这么直白,哈哈。机理不都在自圆其说么,谁挑自己不喜欢的硬钉子碰了去。至于提高效率……鼠我先不说(尤其是直接彻底敲掉基因的),人的话,前期培养1个月+诱导iPS 1个月+挑克隆纯化1个周+诱导分化,体系扩增2-3个月,大规模玩下来也太浪漫了。(我没做过人的,只是凭感觉说说,只是到现在连稍微固定的criteria都没啊)能扩大到工业规模生产的哺乳动物细胞系,也就那么几个。
9 h5 u+ A8 w; o0 f5 p; g. F4 {* R( H+ L- c* `# ^  V( |1 A9 t
至于疾病模型,我也不好说什么,毕竟癌症初始筛药也是用的离体细胞系。不准是不准,从lab到bench绝大部分都被腰斩了,可是我不清楚有没有特别好的方法。也许做结构的能提高精确度,但我不很了解。至于iPS,我觉得在前期提供指导方面是有一些用的,毕竟不提SCNT的话,在能获得帕金森等疾病患者的病理组织类似的细胞上有些用处(虽然这是两三年前的老生常谈),筛药也许不靠谱,作用是有的。只是太把它当回事满口称赞就是另一回事了。Yamanaka最近的review我不怎么喜欢就是这个原因。1 a" i( L1 R) y, c, L
' z( M1 g2 J' A' @
至于你说的iPS是不是“假象”,我不大考虑这些。我只关心这个细胞有什么用,就好像单倍体ES一样,我不在乎“它产生的机理”(没人会玩这个吧),但是能用就行。我不喜欢的是现在iPS无论在临床还是基础研究上都有那么点鸡肋。
作者: Tivah    时间: 2014-4-29 11:29

回复 marrowstem 的帖子( B4 M* V% D4 s6 s

9 r( t% S. n. M  U0 p4 `这个很常见吧……先看到phenotype再提出concept,很多时候是phenotype-driven research。弄得跟先打赢了再演讲一样,赢得话语权就可以说。我昨天还不得不看了一篇很不喜欢的paper,里边列举了一大堆phenotype,最后结论导出这个基因是“oncogene”。。。。这是在玩啊。还13年的paper呢。1 ], H4 @) l3 ^" y5 }" E2 l- Q
( A1 \# F0 g/ l( c
什么时候能弄到跟物理一样,提个假说于是花上几百万美元造个仪器来证实或证伪这个假说……好吧我做一下梦。有些-omic相关的生物信息学和数学模型分析之后再加上点实验的paper有些喜欢。不过希望做得更强力点。我有时随便看看Science和Nature上那些做细胞开关的,看起来挺有趣,看下去看不懂-_-||
作者: sdwzg119    时间: 2014-4-29 11:37

本帖最后由 sdwzg119 于 2014-4-29 11:38 编辑 9 s9 h5 {$ w. t8 r
6 a/ q; Y% O! C/ W
回复 FreeCell 的帖子6 q# ~; H: d1 B2 M7 D
5 a5 T) F3 ]4 W6 X# o5 y. _+ B. G, o
我认为:其实从山中伸弥获得诺贝尔奖的时候就能看出来了,当时的奖励的是整个细胞核重新编程研究领域,就是很长时间已经就摸索,含有完全基因的细胞是否能回到全能型的时刻;
! B8 y  g2 l2 i  M& L! w- Z1 z$ r! X5 @% \/ }; p
而iPS技术呢,正是一个让人震惊的发现,震惊之处在于可以用如此简要的方法使体细胞恢复全能性。我认为iPS的意义就在这里,就是获得全能性出乎意料的简单。
7 s7 y2 `. H! `" z+ Z& S/ y2 S7 z* ]

作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 11:47

Japan's Latest Stem Cell Apology
2 D: }( B) u, h0 A9 ^! y( }
# i& g- |) U2 G, _$ P9 Y
/ z' e% h* l. C$ P1 {# u( k
[size=1.1em]28 April 2014 2:15 pm
) W; t# R: w9 e' F3 t' j* [
. U6 ^& k. Z% ~) h  J* m. ~+ C

3 ?( }7 [! N1 c; u5 y+ |  |* h[size=1.1em]2 Comments2 |" B' W) u4 l' d# k

Wikimedia/National Institutes of Health

Shinya Yamanaka

0 h: ~% k& L' {! `0 S! W+ A

$ Q* N% _% T# N3 `

9 V9 P  m2 R" ?, _4 p/ M

Nobel Prize winner Shinya Yamanaka today joined a growing crowd of Japanese stem cell scientists who have held press conferences in recent weeks to apologize for mistakes in published papers. Yamanaka discovered in 2006 a way to reprogram adult cells into embryolike ones, called induced pluripotent stem (iPS) cells, a find that has revolutionized the stem cell field. He# A- a/ }& j5 N" E- R+ Y6 T
was honored in 2012: F* u% ?! P- G  K0 O
with the Nobel Prize in physiology or medicine and is one of Japan’s most famous researchers. The iPS cell research is not in question, but a frenzy of anonymous bloggers searching for flaws in prominent researchers’ papers did find fault with one of his older publications.

At a press conference today, he said that a paper published in 2000 contains an image that may be incorrect. Anonymous online posts first raised questions about the image, and Kyoto University has investigated the paper at Yamanaka’s request,7 C4 s! r# B$ c9 m  }
The Wall Street Journal
2 m: J& a. d9 c$ B8 I6 m; E* r1 ureports
. The university found no problems with the paper’s conclusions, but Yamanaka says he no longer has the records needed to verify the image, because the experiment was done by collaborators. He said he will take it as a lesson on the importance of taking and preserving "proper notes that can be presented at any time."


7 }" t$ Y5 K: T' [$ j- p

Apparently# Q1 q6 z7 V  d7 B8 Y
fighting back tears2 A6 ]" n' j/ w7 O+ i& u0 }" V+ a
(video in Japanese), Yamanaka told the press conference, "Under recent circumstances, when confidence in the trustworthiness of Japan's research has been shaken, this kind of announcement must be made. I apologize from the bottom of my heart."  He then stood and made a ritual bow of apology.

Yamanaka was referring to a recent string of public apologies by stem cell scientists in Japan, triggered by two high-profile papers published earlier this year that claim to have found an alternate way to reprogram adult cells into embryolike ones—called STAP (stimulus-triggered acquisition of pluripotency) cells. Other labs have not been able to replicate that work, and an investigating committee
& P$ j) e- `0 K+ Jfound evidence of misconduct
  Q4 L. z1 ~4 C, I" Eby lead author Haruko Obokata. The leaders of the RIKEN institute where Obokata works,/ K1 P6 h* d* g$ K+ B" x5 E
several- |; j7 X  V) n' O4 x3 Y
of Obokata’s
0 j- O- ]  D: U* A. _% sco-authors,: K7 p5 b, b4 x% i, g
and Obokata herself, y7 Q: X& G4 O  u/ J
have all publicly apologized for the mistakes and the confusion they have caused. Last week, the saga% m2 p) |, K/ `0 i- a
took a new twist3 c! }( _2 m% E$ E7 J
when the chair of the investigating committee, Shunsuke Ishii, resigned after evidence surfaced of problems in publications he had co-authored. (An investigation is ongoing.) He apologized as well.

Yamanaka was not involved in the STAP cell research. His reprogramming methods were quickly replicated by other scientists and are now widely used around the world.

With reporting by Dennis Normile.

! |/ P, @7 Z0 B9 r( I$ ]# W

$ j2 S- o( h! F: @' z4 ~# U' o
7 x) |2 o2 [3 J/ r5 |8 m

作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 11:52

回复 sdwzg119 的帖子& m! ]( E& V$ K% L3 R0 W

1 _9 V- R2 H, q嗯,山中伸弥就像瞎子扎针一样,在全身扎遍碰巧有一根针扎中了穴位,自己也没明白怎么回事就成了名人。
作者: marrowstem    时间: 2014-4-29 11:54

       个人认为要完全验证细胞重编程理论的正确性,体细胞的返老还童,还需薛定谔那只猫的帮助,以及单细胞水平操作技术的成熟。
作者: FreeCell    时间: 2014-4-29 13:09

回复 marrowstem 的帖子' i5 z6 f9 z- W
, K) J/ t9 j* k
在建立出完善的“细胞重编程数学模型”之前,验证只是玩闹
作者: ppcl2    时间: 2014-4-29 14:18

回复 sdwzg119 的帖子5 b6 a- |) B! [9 D: m' w# D; X
  C  i/ h3 i2 Q' j
你这个概念是错误的!1 u- J8 e! n+ e, ]
iPS技术确实一个让人震惊的发现,震惊之处在于可以用简单的方法使已分化的体细胞恢复多能性而不是全能性。多能性和全能性的关键区别在于iPS不能分化出胚外组织(同样ES也是多能性而不是全能性干细胞)!& w; C* G" k3 ]; W# \3 {+ K# w. f
至今仍然没有使分化的动物细胞恢复全能性的方法,STAP细胞的炒作目的就是出于使分化的动物细胞恢复全能性,从而获得超越iPS的昏动效应,但问题关键就失败在恢复全能性上。目前看来,改进的酸化处理方法,得到类iPS样多能细胞应该问题不大,但恢复全能性就几乎没有希望了。
作者: stwgch1987    时间: 2014-4-29 19:53

看了某些神人的回复,我只想说:你们是羡慕嫉妒恨吧
作者: marrowstem    时间: 2014-4-29 20:18

本帖最后由 marrowstem 于 2014-4-29 20:30 编辑 ( A) t! _! B) R" m; I

. E, s% E+ H2 v, R+ d% u( U       2006年,Yamanaka发表那篇石破天惊的paper时,确实感到具有震撼力,实现了体细胞水平的返老还童。但后来随着他发现的那四个转录因子的一个个被其他科学家拿掉,也能得到iPS细胞,直至后来的零基因也行、蛋白分子也可以、小分子化合物也行、改变物理环境也能得到干性多潜能细胞。心里就有一种感觉:这个细胞重编程理论一定有什么不对头的地方,还有转分化,各种体细胞之间可以跨系变来变去的,有点太随便了。/ n- Z  @  J6 r5 k% X/ S
      此就好像一个理论,开始有四个基因作为桌子的脚支撑,稳稳地可具可信度;后来三个基因啦,也行啊,三个脚也是可以支撑的;但随后两个脚、一个脚啦,就有点看起来悬了,最后竟发展到一只脚也不要了,空中悬浮也行,就感觉不对头,细胞重编程理论变成了没有支撑点的空中理论。
4 L( b. ^# z7 [* T. }    我想这其中和背后肯定是有什么东西搞错了,至于错在哪里,个人认为在所谓的诱导过程中并没有什么多潜能细胞被诱导出来,而只是扩增了体内原本就存在的多潜能细胞。& ?# P  D/ {3 {6 G3 \
   当然干细胞生物学目前还处于一个灰箱状态,绝大多数的东西都是说不清、道不明的,这一点有点象物理学中的量子理论,个人认为从某些角度看:干性效应(stemness)与量子效应是一样一样的。: i5 q* G% _& T' {, w& ~
     
作者: tpwang    时间: 2014-4-30 07:24

回复 marrowstem 的帖子
, r4 I) W) ]+ f3 \' u0 l
  v2 R2 [" x6 Y4 w4 d我很认同。
  e# `7 u; _) C. h8 e( g3 ?" r- b2 s; h( S* b
理论物理学家在干细胞领域发表新理论与数学模型之日,便是重编程盖棺定论之时。
- H9 ?( O* ^" x4 V. G3 ^6 j, Y. D$ K. ?4 B
而实现不了单细胞操作,干细胞应用本质上还是掷色子。
$ @& G5 ^' x. {2 n# \% c+ m) y
- [7 U5 E% P# O3 v! ?; A8 C也许永远只能靠一定程度有效地掷色子。人与自身的博弈。
作者: 孤野知—少帅    时间: 2014-4-30 09:09

      看了各位的评论,同意一些人的看法,同时也对一些人的看法不是很理解。由于知识面不广,之前对于iPSC以及转分化等仅是理解成细胞命运的转变,这大概也是仅看papers的结果,不过我想大概应是这样,的确是由一种细胞转变成了另一种细胞。Waddington经典Epigenetic landscape对于细胞命运诠释假说以及基因决定说,均表明一个细胞最终成为或界定为什么类型的细胞决定于它的基因表达谱。转入OSKM,起始其几乎全是多能性相关基因的靶基因转录,使靶基因逐渐表达,从而开始了重编程之路,这里面很重要的一点也是细胞的表观重编程,在后续的研究中将OSKM逐步替换掉,或全用小分子,都是致力于改变细胞的表观概况,使其向着多能性(iPS)趋近也证明了这一点。所有的这个过程中并没有加入抑制体细胞基因表达、抑制体细胞表观概况的因子,但是重编程的首要一步却是发生了体细胞特性的消失,这些是否能说明我们只要加强多能性相关特性的凸显,分化相关特性就会自动削弱,达到一种干性将分化特性“干掉”的状态。转分化也是如此,增强A细胞特性,“干掉”B细胞特性,从而实现命运的转变。可能是错误的,也请各抒己见。- j( u4 r& f+ o6 _
      而对于iPSC的猜疑,我想我们是不是对于iPSC存在一种定义上的误区:iPSC可替代ESC,无所不能。完全将iPSC作为ESC的一个理想替代几乎是不可能的,而真正的iPSC应该是一种独立于ESC的状态,即它理应是不能替代ESC的、存在难以消除的种种局限的多能性细胞,这也可能是山中等人的错误引导,无限夸大iPSC的功能,实者是一种利益的趋势。
; g  D8 K$ l0 C4 s      另外,关于物理和数学模型对于iPSC的机理阐述,由于知识浅薄,不懂。想请对这方面有见地的前辈能上传一两篇物理和数学模型对于细胞学(干细胞最好)研究的文章,学习一下。
作者: Tivah    时间: 2014-4-30 09:37

回复 sdwzg119 的帖子" M6 O; g- l2 q. J  y" ~* O8 I* G
2 R. T3 p0 ^3 p& T# y- ~' g  c+ v
"而iPS技术呢,正是一个让人震惊的发现,震惊之处在于可以用如此简要的方法使体细胞恢复全能性。我认为iPS的意义就在这里,就是获得全能性出乎意料的简单。"5 O  p/ X2 h# B6 v% ~0 a- K3 q

1 ?% w, N8 ~) W9 ]. u9 G4 T- |同意。奖给的是整个领域。他是代表人之一。3 B- h( i% O7 r) [4 D% r% L
; ~, I# i* F, T! ]6 I# j/ n( M
小保当时能引起那么大轰动,也是有原因的。不过现在就不说她的。——让我铺上MEF之后用干冰蒸汽蒸一下,于是MEF感觉冷,收缩了抱团了于是iPS了~(忽略我)
作者: Tivah    时间: 2014-4-30 09:57

本帖最后由 Tivah 于 2014-4-30 10:01 编辑 $ |' `& c# \0 ~, P# H& G* h, t
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回复 tpwang 的帖子& F. {4 s- f  {$ o  ^: V' G

$ r. f) w$ s# c" C上帝自己就在掷色子。或者说是因为人自身的局限使人无法获得超越光速的信息,所以我们眼中的上帝只能是在掷色子。
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但我认为Yamanaka研究的意义,就好像我们接到第一个课题,雄心壮志开始做,做到最后,发了paper时才发现自己走了多少弯路。但那个过程是必须的。没有这个过程,我们很难了解这么深。包括一些灌水的文章,我们总得有点什么能让新人进入这个领域,过分要求“动机纯洁”意义不大。
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拿物理上经典的分光实验来说吧,当时之所以得出“人的观测影响量子行为”的假设,就在于给出了一个类似于“力是维持物体运动的原因”的先入为主的假设——人可以在”瞬间”获得信息。但这是不可能的。(或者说,对于“人”来说,是不可能的。)这个理论在最初支持了“人择原理”的发展,但后来,(弱)人择原理的发展并不受限于分光实验在这点上的瑕疵。总得有先驱吧,否则这种苛责就真的带了点《热风》的味道。4 C1 w8 E# G) _8 m
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也许现在的paper有些人做的东西,就好像是日心说提出之前在发展“本轮均轮”的理论;但是我觉得最重要的是,在日心说终于浮出水面时,不会受到过分的苛责与质疑。
作者: FreeCell    时间: 2014-4-30 10:22

yamanaka需要面对几个基本问题:
/ f2 b4 U6 j# b5 x' C  E* qwhat——什么是iPSC,即明确定义iPSC的内涵与外延,四因子转基因诱导是iPSC,四小分子诱导还是iPSC吗?9 M6 R6 s! k5 E3 l' m: g  E" T. a+ M
where——iPSC从哪来,成纤维细胞转基因变过来的,还是MEF中原本就存在的干细胞被激活和富集?) w8 \) H' G+ W5 f- O
when——什么情况下iPSC可以逆转生命时钟?0 `: q+ C$ R5 C" [8 _# O. s
who——哪些细胞具备被重编程的条件?6 r/ D( y- l: E  Q
how——细胞重编程到底经历了那些过程?这些过程是随机的还是有规律的?0 n+ J3 ^% l* I9 y& n
why——以上问题的机理是什么?
作者: chips100    时间: 2014-4-30 11:10

大家在说什么?. q; v% D, _- o* |$ Y
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1. 最开始楼主说yamanaka被质疑,原来是2000年的一篇文章被质疑了,跟ipsc无关,出这个事是为了抹黑他吗?出于他在ipsc的权威地位,现在质疑他,是说明这个领域发展到瓶颈了吗?0 U1 Z3 R& I" Z4 e' c6 ~0 }

( Q3 S; W0 U' {" U3 I; c2. 后面开始讨论ipsc的发展方向,以及本质问题,涉及到整个干细胞领域了。良好的界定ipsc和其他的干细胞,全能性和多能性的获得以及维持,分化,如果都解决了,那干细胞的根本问题也就解决了,这本不是ipsc能够承载的。如果ipsc连全能性都还没有,那去解决干细胞的问题本身就是有缺陷的。- f; P) ?% ?' W
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3. 再之后的讨论涉及到建模问题。用物理和数学方法对任何领域进行归纳总结是现代科学的基础。对于生物学或者医学采用这样的方法可能会非常复杂,毕竟引入生命体进行人择也是物理发展的一个阶段。
作者: marrowstem    时间: 2014-4-30 12:01

        这个题目讨论到这里,我想大家还是尽量的就事论事。Yamanka此次高调出来召开记者招待会,还眼含泪水、并深深地鞠躬道歉,我想还是有他很大的委屈在里面,但感觉他又似乎缺少了点自信,虽然他上交了满满五箱的实验记录。
作者: FreeCell    时间: 2014-4-30 12:26

黄禹奚哭了,小保方睛子哭了,山中申弥哭了...; }2 M8 K! T; B
tear drops are totipotent?
作者: Tivah    时间: 2014-4-30 12:32

回复 chips100 的帖子+ f/ u2 V+ q$ X' ^5 j

9 i' L' s+ A9 F0 e6 o: P恩,可能会非常复杂,不过既然是建模,选择什么省略什么要看建模人。相信会有令人振奋的消息的。今年PNAS上Physics模块里不是有篇用chemical cell来验证图灵1952年那篇chemical basis of morphogenesis吗?我特别喜欢那个(虽然看得模模糊糊,并且连figure都是看第二遍才看懂的)。




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