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标题: 21bp的shRNA序列转换成19bp的shRNA或者siRNA序列 [打印本页]

作者: yeya 时间: 2015-4-1 00:07 标题: 21bp的shRNA序列转换成19bp的shRNA或者siRNA序列

求教各位了，如题。
我有已经确认针对靶基因knockdown效率很高的shRNA序列，长度是21bp，最初是用够构建pLKO.1慢病毒载体的。
但是现在我想通过瞬转19bp的siRNA方式来敲低该基因表达，或者构建19bp的shRNA序列的pSUPER载体，然后通过电转方式敲低该基因表达。那么我可以直接通过删减上面的shRNA序列来做完19bp的siRNA或者shRNA序列吗？) v; _: Y2 C3 w* w
如果可以，有哪些在线工具可以用？有没有相关的参考文献？

作者: weiyepan 时间: 2015-4-1 10:22

19bp不进入DICER途径，效率比较低。如果硬是要设计，可以参考这个文献。

附件: BTN_A_05392RV01_O_4582a.pdf (2015-4-1 10:18, 552.16 KB) / 下载次数 5
http://www.stemcell8.cn/forum.php?mod=attachment&aid=NjgzODN8MGE5ZDY5NTd8MTc0NzYyOTIyNnww

作者: yuanyecat 时间: 2015-4-1 14:44

不行，因为删减之后可能会出现新的错配什么的，所以必须重新设计，即使删减也要有用软件检验的

作者: iamzhangxiaoyu 时间: 2015-4-9 17:16

如果有21bp的sirna，不知道能不能转变成shrna来用，如果可以应该要去掉最后面两个T吧。。。。

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