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标题: 请教大家一个关于甲基化的问题 [打印本页]

作者: thinktank 时间: 2015-6-10 11:08 标题: 请教大家一个关于甲基化的问题

大家好，请教大家一个问题，比如说我要研究一段启动子（包含CG位点）上特定位点甲基化状态与否与转录活性的关系的话，怎么获得这种特定位点甲基化和非甲基化的的序列？谢谢大家！！

作者: weiyepan 时间: 2015-6-10 13:08

测定甲基化与否可以使用二代测序，或者用化学修饰去甲基化然后做DNA足迹。1 |0 `) p u% N/ R4 U$ _+ H
如果研究甲基化对转录的影响可以参考这个文献用TALE-TET1的方法：
Targeted DNA demethylation and activation of endogenous genes using programmable TALE-TET1 fusion proteins: K% L5 I- } C
Nat Biotechnol. 2013 Dec;31(12):1137-42. doi: 10.1038/nbt.2726. Epub 2013 Oct 9- C4 p; w; u6 r5 {2 I0 c

作者: watchen198891 时间: 2015-6-10 13:14

不好意思手滑点错了

作者: 芦苇浅 时间: 2015-6-10 16:59

我认为你可以直接在细胞系里边建立检测转录活性的系统，比如在你要研究的启动子后边插入GFP。因为甲基化是针对whole genome的，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态。你可以使用NEB的M.SssI甲基化酶将CpG 位点都甲基化处理。

作者: thinktank 时间: 2015-6-10 18:40

回复芦苇浅的帖子( y# w6 Z% B3 p }, M4 B% K! h

"体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态",我也是意识到这个问题，所以想请教你们相关问题，谢谢啊！

作者: thinktank 时间: 2015-6-10 18:41

回复 weiyepan 的帖子
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我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

作者: thinktank 时间: 2015-6-10 18:41

回复 weiyepan 的帖子
+ B) ^! R) w) X' B
我的意思是，体外研究的话很难得到位点特异性的甲基化状态对转录的影响，先看看这篇文章，谢谢！

作者: yuanyecat 时间: 2015-6-14 13:46

你可以通过Pyrosequencing来测定甲基化

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