Nature子刊：新甲基化测序法揭示RNA水平中m6A的复杂作用

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Nature子刊：新甲基化测序法揭示RNA水平中m6A的复杂作用
- W. ]7 t0 `4 ]1 k; i5 T来源：测序中国 / 作者： / 2016-07-09
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& a7 o$ \1 G" o( J3 e) CN6-methyladenosine (m6A) 是很多真核mRNAs和长非编码RNAs中一种常见的内部修饰，能影响RNA的调控作用，涉及生物节律、减数分裂和干细胞发育在内的各种细胞功能的控制。有研究显示，m6A在转录后调控中起到重要作用，能动态修饰“读”、“写”和“擦除”蛋白。目前，主要的m6A分析方法为m6A-Seq或MeRIP-Seq，但该方法无法在大规模的转录组上确定m6A的精确位置。
8 _) \( \. _5 O5 T: e& G. `为更好地研究m6A在表观转录组中的作用，哈佛医学院的Cosmas Giallourakis研究组和加州大学洛杉矶分校的Yi Xing研究组等处的研究人员开发了一种名为m6A-level and isoform-characterization sequencing (m6A-lAic-seq)的甲基化测序方法。m6A-LAIC-seq能区分甲基化与非甲基化转录本。与已有的m6A-seq不同，新方法在anti-m6A免疫沉淀反应（RIP）前不打断RNA片段，而是在RIP后通过测序方法获得完整转录本，其中包括了m6A阳性和阴性的部分。新方法允许量化m6A，同时分离并测序得到完整转录本，有助于研究人员对每个基因的不同异构体进行甲基化和非甲基化研究。该方法发表在7月5日的《Nature Methods》杂志上。9 K  S  {$ Q0 J
研究人员在对RNA异构体研究时，发现单个基因经过甲基化或非甲基化修饰的转录本在串联可选择性多聚腺苷酸化( alternative polyadenylation , APA)位点上出现明显差异。值得注意的是，有测序结果显示，经过甲基化修饰的转录本由于结合了最近的APA位点，导致3′端未翻译区缩短；而未经过甲基化修饰的转录本更倾向于结合距离较远的APA位点。
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图1、m6A与 3′-UTR 之间的不同联系
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图2、受甲基化与非甲基化的影响，APA在不同miRNA以及 RBP中的差别
/ g+ ?. G) K4 `* C  Q7 a与已有的5mC, m1A等多种甲基化修饰，以及转录后修饰“假尿嘧啶化” (pseudouridylation)研究相比，该研究结果指出，更加异质和复杂的RNA异构体研究是转录组表观组学的核心部分之一。新方法m6A-LAIC-seq将m6A的修饰和3′-UTR长度相结合，为人类转录组分析与分类提供了新的视角，有助于研究人员从转录组水平对m6A修饰有更新的认识。6 G2 Q6 r8 g. y# L0 ~

, l/ L, I3 q* j. p" q& C0 X参考文献：m6A-LAIC-seq reveals the census and complexity of the m6A epitranscriptome. Nature Methods (2016) doi:10.1038/nmeth.3898" a0 [. O" b* |4 U/ e$ F
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