请教小鼠胚胎干细胞ChIP超声条件

LuXK

大家好，小弟最近在做小鼠胚胎干细胞的ChIP-seq实验，但是超声之后的片段偏大，虽然琼脂糖凝胶检测主带在100-500bp，但Agilent 2100检测主峰在2500bp左右，100-500bp的片段比例很少。我们用的超声仪器是SCIENTZ-IID，超声条件是60%功率，超声开1s关1s为一次，15次作为一个循环，之后冰上冷却一会进行第二个循环，共8个循环。protocol用的是Richard Young实验室2006年的Nature protocol。请问大家关于超声条件有什么建议？做过小鼠胚胎干细胞ChIP-seq实验的大神请多指教，非常感谢。

gscao

这个条件需要自己摸，Agilent 2100检测主峰在2500bp左右说明还可以加大超声强度或者时间，例如，超声开5s/次，每次放冰上冷却，多做几个循环再检测。1s一次，时间很短，很难控制。