请教ITS引物的设计方法

manyuping

我想扩增猕猴桃的ITS1区域，请问我要如何设计引物？包括引物设计模板序列的查找、找到序列之后该如何设计等问题，我都不清楚。。。。。所以向各位高手求教了！在这里先谢谢了。。。。。

lixiaodong

ribosomal DNA一般是保守的，可以根据已知的植物基因组序列据此设计引物或简并引物，PCR出ITS。很多软件都可设计primer。MIT的primers3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/)也很好用，设计的引物成功率很高。之后就可克隆测序，分析目标序列的进化树位置等信息了（你是想作类似分析吧）。