全球首套人体单细胞甲基化+三维基因组联合图谱重磅出炉

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Science：破译细胞身份双重密码！全球首套人体单细胞甲基化+三维基因组联合图谱重磅出炉
5 B8 }, n7 ^$ E8 @. ], m来源：生物谷原创 2026-07-29 11:23' q. J5 L4 R1 q9 l3 `' R9 z
为使图谱广泛可用，团队构建了一个交互式网页浏览器，让研究人员可以可视化研究中每种组织、细胞类型和亚型的DNA甲基化和3D染色质接触信息。; L/ z; @: ~9 Y+ d: x' T
人类所有体细胞都携带完全一致的 30 亿碱基线性 DNA 序列，但心肌、神经、胰腺、肌肉等细胞却能分化出形态、功能天差地别的细胞类型，这也是当下单细胞、表观基因组领域全网热议的核心科学谜题。
4 b6 `* j" d' b0 e# [3 m解开这套分化逻辑的关键藏在表观遗传调控体系中：DNA 上附着的甲基化学修饰、细胞核内染色质三维折叠结构两大调控系统协同作用，精准决定不同细胞里哪些基因开启、哪些永久沉默。& |3 w: ^2 V# L  ?, H7 @  l
近期发表于 Science 的重磅研究依托 NIH 4D 核组计划，由索尔克研究所、Arc 研究所联合多国科研团队完成突破性工作，首次在同一个单细胞内同步检测DNA 甲基化与三维染色质互作两种表观遗传特征，构建覆盖全身组织的单细胞联合表观图谱，填补了以往单一组学研究无法同步比对调控机制的技术空白。
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5 j8 {* Y6 `, S3 g9 s: \整套图谱数据集囊括来自人体 16 种组织的 86689 个高质量单细胞测序数据，基于双重表观信号精准划分出 35 种主要细胞大类，进一步细分出 206 种细胞亚型，完整数据集与可视化交互网页全部免费对外开放，为全球科研、AI 预测模型搭建标准化人体表观遗传基准数据库。
: w0 M3 `6 \- H: ^1 G8 }长久以来，基因组计划只解析了 DNA 线性碱基序列，无法解释相同基因序列如何衍生数百种功能细胞，核心缺失的就是叠加在 DNA 之上的两层调控信息：一是 CpG 位点结合甲基基团形成的甲基化修饰，二是染色质通过环、拓扑结构域、A/B 区室折叠形成的三维空间架构。
6 b4 y  O, j  c/ Z过去所有相关研究都只能分开检测其中一种表观特征，无法在同一细胞中直观比对两套调控系统的协同或差异规律，而本研究使用snm3C-seq技术突破这一技术瓶颈，实现单细胞核内甲基组与三维染色质互作的同步捕获，让科研人员得以直观对比两套表观标签分别如何定义细胞身份。这项成果连同另外五篇同系列 4D 核组论文同步刊登本期 Science，另有三篇配套研究发布在  Science Advances，形成系列重磅成果矩阵。. |/ V' `9 r) A1 X/ P% X
困扰全球遗传病、慢病研究的一大核心痛点是绝大多数疾病易感遗传变异都落在非编码 DNA 区域，这类片段不编码蛋白质，很难界定变异会在哪类细胞、通过何种机制干扰基因表达，而本套多组织单细胞联合图谱直接提供了破解工具。研究团队在海量单细胞数据中一共识别出 136 万余个细胞特异性差异甲基化区域（DMR），以及 283606 条细胞类型专属染色质环结构，将已知各类疾病风险变异精准锚定至对应细胞类群：血糖调控相关变异集中在内分泌胰岛细胞，房颤致病位点匹配心肌细胞，脱发相关变异定位皮肤成纤维细胞，双相情感障碍、精神分裂症风险变异则特异性富集在兴奋性、抑制性神经元内。
) l5 C! J$ s3 _, {0 o5 B索尔克研究所 Joseph Ecker 教授表示，不同细胞的染色质空间折叠模式存在巨大差异，同一遗传变异是否致病、影响哪些靶基因，完全由所在细胞的表观调控环境决定，三维基因组维度的加入，搭建起非编码变异与细胞功能之间的关键桥梁，大幅缩小疾病机制的研究范围。7 J& l. p/ a% O4 \# y

- u: [# z! E0 u" @% k3 |/ V4 |" |) ]研究最颠覆传统认知的核心发现，是 DNA 甲基化与三维染色质两套表观标签并非始终同步、统一描述细胞状态，二者经常出现特征错配，这也是此前单一组学研究极易造成细胞分型偏差的关键原因。& K% ^& b/ [# g- O
在骨骼肌细胞中存在大量特殊肌纤维亚群，从三维染色质折叠模式看属于成熟分化肌细胞，但全基因组甲基化修饰却保留肌肉干细胞的分子特征，反向的 “成熟甲基化+干细胞三维结构” 细胞几乎不存在；施万细胞、胎盘滋养层细胞内也观测到同类两套表观信号不同步的细胞亚群。- `* I- N2 S6 n( j- O% e; W
团队给出合理解释：细胞分化、状态转换过程中，三维染色质空间结构会率先完成重编程，DNA 甲基化修饰的更新滞后于空间构象改变，两套调控系统拥有完全不同的动态变化时间尺度。
% e" U: ^* N$ t9 [* T" k这一结论直接刷新学界对细胞分型标准的认知，未来界定细胞亚型、追踪组织内细胞动态转化，不能只依靠单一表观标记，必须结合甲基化与三维基因组双重证据。同时研究修正了过往片面认知，过去学界普遍认为非 CG 甲基化（mCH）仅大量存在于神经元与胚胎干细胞，本图谱证实肌肉、胰腺、免疫细胞等绝大多数人体细胞都携带低水平但具备细胞身份辨识度的非 CG 甲基化修饰，拓宽了非 CG 甲基化的生物学功能边界。# t! {5 S6 C7 W. h+ f% f6 [0 s# {
Arc 研究所 Jingtian Zhou 博士提出，两类表观特征的分型差异可用来识别成体组织、肿瘤内部正在发生细胞命运转换的中间态细胞，为癌症演化、组织损伤修复机制研究提供全新观测维度。
! f$ V5 T: x' Y  Q) B# g; b为方便全球科研人员、AI 算法开发者使用海量多组学原始数据，研究团队搭建专属交互式在线可视化平台，使用者可自由调取 16 种组织、所有细胞亚型的甲基化图谱与染色质互作三维信号，底层 1950 亿条甲基化测序读数、180 亿条染色质互作原始数据全部开放下载。5 v. h3 T4 h& f: \
当下人工智能预测遗传变异功能成为生命科学热门赛道，这套带精准细胞分型标注的高质量基准数据集，恰好补齐 AI 模型训练缺少人体原生单细胞多表观标签的短板。同期配套由 Bing Ren 团队主导的姊妹研究就依托本图谱数据库，推翻长期公认的生物学观点：人脑小胶质细胞并非胚胎起源、终身存续，人在 50 至 75 岁衰老阶段，大脑常驻小胶质会持续被外周血液单核细胞替换更新，这一颠覆性结论正是依托跨组织甲基化特征比对得出。/ }/ N; O' b' K
整套人体单细胞双重表观图谱只是 4D 核组计划阶段性成果，该计划的终极目标是加入 “时间” 第四维度，解析发育、衰老、患病过程中甲基化与染色质三维结构的动态演变规律。本次静态跨组织基准图谱为后续纵向时序研究提供标准化对照模板，后续围绕衰老、神经退行性疾病、肿瘤、自身免疫病的多维度动态表观研究，都将以本数据集作为参照标尺，推动精准医学、遗传疾病机制解析迈入全新阶段。（生物谷Bioon.com）
) w1 H8 u8 U& N- _0 @! q! {. W参考文献：
; d/ W- V9 H5 A! w* f* MJingtian Zhou et al, Human body single-cell atlas of three-dimensional genome organization and DNA methylation, Science (2026). DOI: 10.1126/science.adx0673.: B& b# H: k& `" n
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