Cell子刊：曹彬/鄢秋龙合作构建全球最大口腔-气道病毒基因组目录

yinfuhua

Cell子刊：曹彬/鄢秋龙合作构建全球最大口腔-气道病毒基因组目录，揭示病毒组与呼吸道健康的密切关联2 j" X. E( y/ ?/ A/ o8 M
1.        上呼吸消化道病毒
9 g" v6 y1 T6 e3 X3 L2.        OAVGC（口腔和气道病毒基因组目录）
: n( u' R; o4 J3.        噬菌体
& W8 e- _: \8 \; W1 C) B1 j来源：iNature 2026-09-08 13:39) Y2 o/ R, l, `$ l. b& Y7 ], T
OAVGC为研究口腔-气道病毒组的生态学和临床关联提供了前所未有的基因组和功能资源，揭示了其对呼吸健康的潜在影响及预测未来感染的能力。7 I# s% R6 j. u" l3 T
上呼吸消化道病毒群落是人类微生物生态系统的重要组成部分，但由于缺乏栖息地特异性的参考资源，其特征仍未得到充分表征。
: e0 K, j! d9 y( O1 M( d/ R2026年9月2日，中国医学科学院曹彬、首都医科大学鄢秋龙在Med在线发表题为The human oral and airway viral genome catalog from metagenomes enables virome characterization informing respiratory health的研究论文。
  ^  _* c( M: @该研究整合了来自全球123项研究的近2万份宏基因组数据，并新测序了超过2600份样本，构建了名为OAVGC（口腔和气道病毒基因组目录） 的庞大参考数据库，系统揭示了该生态位病毒的多样性、功能潜力及其与呼吸道疾病及健康指标的关联。% @6 B; M# A/ s/ L. q- I8 i( g
. f0 @7 t0 J4 _& g1 H- m7 ]
口腔是定植于下呼吸道的微生物的主要储库，在口腔和气道生态位之间形成一个连续的生态轴，与宿主健康密切相关。在此背景下，噬菌体是微生物生态系统的重要组成部分。9 C& f" `" _+ q2 `" R+ Z( Z
通过溶原转换和转导，噬菌体促进遗传交换并塑造细菌种群动态，最终影响微生物群落结构和功能。此外，由于噬菌体对细菌宿主具有高度特异性且固有毒性低，它们已成为治疗口腔和呼吸道细菌感染的有前景的治疗模式。( t/ ?" g" e& }+ E/ T
尽管对口腔和气道病毒组的兴趣日益增长，但若干挑战仍阻碍着深入研究。主要障碍之一是这些生态位中病毒生物量相对较低。虽然人类粪便每克含有至少10⁹个病毒颗粒，但口咽部每毫升含有约10⁶–10⁸个病毒颗粒，肺部病毒载量更低。此外，口腔和气道样本常被大量人类DNA污染，进一步降低了宏基因组数据集中病毒序列的回收比例，并限制了下游基因组重建。" {" k4 [5 F9 _' N- c
1 B; o3 e9 h# ~8 t8 x% ]6 G
机理模式图（图源自Med ）
4 _$ B) K9 h1 D9 O) }在该研究中，研究人员组装了22,670个全球来源的口腔和气道宏基因组，创建了广泛的口腔和气道病毒基因组目录（OAVGC），包含141,459个高质量病毒基因组（完整度≥90%），涵盖68,708个病毒操作分类单元（vOTUs）。其中约一半的病毒和病毒科是此前未被描述的，独立的跨队列检测和PCR实验为其存在提供了额外支持。
8 _$ \: p! U9 G在多个呼吸道感染队列中，病毒组表现出趋同的多样性降低和组成特征。在前瞻性队列中，基线气道病毒组与宿主肺功能和老年健康评分相关。基于病毒组的机器学习分类器在预测未来上呼吸道感染发生方面展现出长达12个月的预测潜力，在预测分析中优于基于细菌组的模型。
& Q' O1 _/ v( n8 M1 l总之，OAVGC为研究口腔-气道病毒组的生态学和临床关联提供了前所未有的基因组和功能资源，揭示了其对呼吸健康的潜在影响及预测未来感染的能力。# e. U" K# w9 w9 |$ y
参考消息：https://www.cell.com/med/fulltext/S2666-6340(26)00272-2
8 e' K4 s# V6 M% `* {% S2 f& Y
6 I8 v! t8 W* ]- m! y