复旦大学黄胜林/胡夕春/朱晓东发现转座子剪出的RNA，既是致癌推手也是疫苗靶点

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Mol Cell：复旦大学黄胜林/胡夕春/朱晓东发现转座子剪出的RNA，既是致癌推手也是疫苗靶点
* o! U: l0 u0 h8 i" E% L6 W& z1.        转座元件（TEs）( g9 i: c8 j# O6 x  U; d! H3 m
2.        TEtrans
7 a6 ?7 V0 v! z. M3.        个性化疫苗: A; ]$ S5 f3 \  `8 u6 d
来源：iNature 2026-10-30 16:36
) t5 b# O# w& q: t( z" n! I; a- J' x作者的发现不仅描绘癌症中TE转录的基因非依赖性维度，还将TEtrans确立为肿瘤特异性靶点和抗原的来源，有望用于开发癌症治疗策略，包括个性化疫苗和免疫治疗。
+ L1 l3 r/ `: H, x; ?转座元件（TEs）在肿瘤中广泛重新激活，但其重复性质限制了对转录本水平的表征。
0 g. Y) m8 n: U1 Y. F$ c2026年10月13日，复旦大学黄胜林，胡夕春和朱晓东共同通讯在Molecular Cell在线发表题为Transposable element splicing reveals a tumor-enriched class of gene-independent transcripts的研究论文。
6 h1 s& y4 W# U该研究系统研究了泛癌样本中TE衍生的剪接景观，并定义了一个剪接解析的TE衍生转录本子集，称为TEtrans，其具有肿瘤富集性和基因独立性。TEtrans在TEs内起始，在TE基因座内或基因座之间剪接，并且主要由TE序列组成。# t$ w, |$ J) N
其表达以背景依赖性方式与干性和炎症调节因子相关。功能分析鉴定出一个内源性逆转录病毒衍生的TEtrans，其通过增强拓扑异构酶I介导的DNA松弛促进结直肠癌生长。一部分TEtrans编码共享肿瘤抗原，这些抗原引发抗原特异性细胞毒性T细胞反应，而一个鼠TEtrans样转录本在体内介导抗原依赖性肿瘤控制。
7 V1 I. T! v% A6 R. b总之，TEtrans代表一个剪接解析的TE衍生致癌驱动因子和可操作肿瘤抗原来源，拓宽了癌症中TE重新激活的范围。: C& X$ `6 B! g9 {& Q

! n, Z( @3 N1 J8 j& ^/ w& v肿瘤发生被广泛认为是一个复杂过程，由遗传和表观遗传改变的积累驱动，这些改变破坏正常基因表达谱。尽管人类基因组近四分之三可被转录，但仅一小部分（约2%）RNA序列来源于蛋白质编码基因。这一差异强调探索非编码转录组的重要性，尤其是在癌症背景下，异常转录活性可促成肿瘤进展和异质性。- @% c; u% p. r1 ~2 S
转座元件（TEs）构成人类基因组约一半，是移动DNA序列，长期被视为“垃圾DNA”。正常生理条件下，TE转录受DNA甲基化、转录因子（TFs）和PIWI相互作用RNA等机制严密调控和抑制。然而在癌症中，表观遗传失调特别是广泛低甲基化导致众多沉默TEs重新激活。这种重新激活通过直接转录或调控创新促成肿瘤转录组的独特复杂性和多样性。
, F0 g6 i; f4 r& h% U, z  \TE衍生转录本在癌症中发挥双重作用：既可促进肿瘤恶性，也可作为免疫识别的潜在靶点。TE-基因嵌合转录本和TE衍生病毒蛋白可作为癌基因促进肿瘤增殖，同时产生由主要组织相容性复合体（MHC）分子呈递的表位，从而激活T细胞介导的免疫反应。1 o3 w. w( I; C6 K& k
表观遗传药物如DNA甲基转移酶抑制剂（DNMTis）和组蛋白脱乙酰酶抑制剂（HDACis）已被证明增强TE转录，导致胞质双链RNA（dsRNAs）积累，可诱导病毒模拟。尽管TE衍生转录本具有深远转化潜力，但其重复性质和复杂转录形式对准确定位和定量构成重大挑战，阻碍全面理解其在癌症中的作用。
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+ g1 Z! r9 V4 }$ V5 t图1.全文总结图（摘自Molecular Cell）
8 X& e" Y# R6 M& [- A' P当前TE转录研究常在家族水平定量TEs，掩盖具有不同基因组位置的单个TE拷贝的贡献。或者研究可能强调TE-基因嵌合转录本而低估来源于基因间区的TE衍生RNA的重要性。
+ K+ Q+ K9 Z2 [, K2 _6 [值得注意的是，最近一项研究表明，除编码和非编码基因外，L1元件可与其他TEs形成嵌合转录本并可影响染色质结构域边界，强调超越经典TE-基因融合的功能相关性。事实上，TE衍生RNA包含独立于宿主基因框架的成熟产物。它们可经历转录后加工包括5′加帽、剪接和多聚腺苷酸化，一些来源于目前注释为人类基因的原病毒位点。典型例子包括syncytin-1和suppressyn，分别在胚胎发生期间表达并介导合胞体化和病毒限制。; }1 ~& }6 x" f. w4 i+ Q
许多基因间人内源性逆转录病毒（HERV）位点已发现于正常组织中表达，尽管许多源于通读转录。值得注意的是，作者先前工作基于RNA剪接分析揭示基因间TEs的肿瘤特异性激活，产生基因非依赖性转录本，促进多种恶性肿瘤的肿瘤发生。这些发现突出TEs自主产生成熟、基因非依赖性转录本的潜力，可能促成肿瘤发生。此类转录本可能在肿瘤中广泛存在，但在位点特异性、剪接解析水平仍未被完全表征。
- l; P$ W, X8 `$ E& X0 T作者先前以连接点为中心的分析（ASJA）鉴定出传统注释常遗漏的肿瘤特异性、基因非依赖性转录本。因此作者将ASJA应用于泛癌RNA测序（RNA-seq）数据以定量TE相关剪接连接点。作者系统鉴定和分析TE转录，聚焦于从TEs起始并仅在具有高TE含量的TEs之间剪接的转录本。2 V/ O) B' G" f& N; E
这些转录本被定义为TEtrans，代表一个肿瘤富集、基因非依赖性的TE衍生转录本子集，此前研究不足。在9581个肿瘤中，作者鉴定出5361个TEtrans并表征其基因组起源、剪接模式和调控关联，同时揭示其在肿瘤促进和免疫识别中的双重作用。
* w% m2 B' Y* @2 X作者的发现不仅描绘癌症中TE转录的基因非依赖性维度，还将TEtrans确立为肿瘤特异性靶点和抗原的来源，有望用于开发癌症治疗策略，包括个性化疫苗和免疫治疗。
) F4 s! F. R+ m5 f) ~9 l参考消息：https://www.cell.com/molecular-cell/abstract/S1097-2765(26)00658-1; J* Y" J* ?2 f- q* b
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