请教这是什么图片

zhaoyan1983

只知道这做的是关于iPS甲基化的，但具体是什么不清楚，有几个问题请指教：
. X' a( L; b7 f1.那一个个的实心圈和空心圈代表什么？
' \+ |. }9 ]9 w1 S4 q6 U- `/ _2.那些数字代表什么？为什么出现的是这些数字而不是别的数字？是碱基的位置吗？
( H0 ?0 v. t) X! i" C* `3.这个图是怎样做出来的？用的什么软件吗？0 [% J% R, R. z
4.图中反应出了什么含义？

瑟瑟狼

4 V, `& l4 a0 H6 I
: {: J' }2 T: q! N2 ~# B1.实心标记该位点被甲基化，不表达了，空心表示未被甲基化，或者去甲基化，可以表达0 d+ h- F# W) Q( b5 @  i! h
2.数字指的是在起始密码子之前的碱基位点，可以理解为碱基位置。这个我是问同行的，我不做测序，解释不清。& Z/ r! ]; b' Z( W; @* L
3.这个图据说使用基因芯片做出来的。只是个结果的反映，具体的做测序的知道，大概就是一堆测序仪，外加一堆服务器算出来的结果，呵呵。。。
; V9 C3 w) j2 G4 d% V  g4.含义：6 D0 V0 j+ y8 b5 r4 M
读图方法，以nanog为例，下边的五个数字代表五个碱基位点；每个数字（位点）下的圆圈数，比如， hes-1 细胞的 nanog -1168下的9个圈，代表这个位点被检测了9次；全部都是空心，说明全部未被甲基化，或者说去甲基化的概率为100%；以此来计算去甲基化率；
& O8 O" \+ _2 u1 e4 b% s8 Q# E+ v0 ]' J" S! D
一般认为一个碱基位点被甲基化之后便不能被表达。。。
; z" c6 U5 w& G0 a
/ [' X! ^& T+ F, {如图可以看出，nanog基因在hes-1活性高于ips-imr90，但是差别不大，这个ips-imr90的nanog基因去甲基化率可以算出来，约90%；imr90中nanog几乎完全被甲基化，表达量低；
" K5 {# G0 ^* l* _, t, O( m+ z" N5 C* o% D; l' Q/ j9 t7 c2 n

$ Y, b& K) [( T) G" W$ i+ z我也比较水，希望各位牛人批评指正。。。

zhaoyan1983

有几个问题，请指教：
3 Y; ?- i0 }6 S( h1.为什么同一个位点要被检测9次？是做的重复实验还是检测了不同的指标？
4 s* k& W9 e. S2.为什么选择某几个位点？例如Nanog为什么选择-1168、-1143、-1069这几个位点而不选择其它的位点？这几个位点是怎样被确定出来的？3 r) P0 H0 H/ |0 L0 `  p" i" U
3.为什么同一个位点对应的9个圈，有的空心，有的实心？如果是同一位点的话不是应该要么被甲基化了，要么没被甲基化吗？怎么会出现9个结果？

zhaoyan1983

回复 2# 瑟瑟狼
/ x# ]' g& |; ?4 x" \) r0 P# [" X4 |
有几个问题，请指教：) e. H* ?3 b- ]* {( _- }
1.为什么同一个位点要被检测9次？是做的重复实验还是检测了不同的指标？: w$ B* Q+ g, T1 I; E9 k8 `- M5 b0 U
2.为什么选择某几个位点？例如Nanog为什么选择-1168、-1143、-1069这几个位点而不选择其它的位点？这几个位点是怎样被确定出来的？" r8 A0 s2 i) Q' o
3.为什么同一个位点对应的9个圈，有的空心，有的实心？如果是同一位点的话不是应该要么被甲基化了，要么没被甲基化吗？怎么会出现9个结果？

瑟瑟狼

呵呵。。。问题好多，其实我也很水6 B  E9 X; K6 N! J) M- L( V# J
, g' Q$ w0 u0 F" R4 x+ z- E; T
等我请教一下同行，共同学习
$ L/ X6 Z% [% E+ ~2 H5 t1 b我认识几个做测序的，你等一下，明天给答案。。。

瑟瑟狼

悲剧啊。。。国庆人都在放假，找不到人问。。。
, o) Q$ c7 p# L! |# {+ p
8 H' f! R( U' s+ ]& b6 b3 X& n你把这个问题发到表观遗传学专区吧。。。那里关于DNA甲基化的牛人可能会比较多

supergama

1、一个位点最好是能重复10次以上，这10次表示挑取的10个克隆。
; n! W  l3 }1 |; y& f( V2 ?4 A% y2、数字所指示的位点是CpG岛的位点。2 u  Q$ \3 Z( J
3、因为提取的不是单个细胞，所以甲基化不同步，最后的数据是甲基化的程度。

ellapan

呵呵 小子我妄自菲薄就上来冒个泡吧
; u( Q) B2 P' D5 s, N首先就是甲基化相关位点（其实就是目的序列）的选择，这个话题听来复杂其实只要就是一句话:CpG位点在目的基因的分布分析，一般来说是选择调控区和第一外显子区域，然后根据你试验的方法不同就会涉及到引物设计的不同了。 这些我就不详细说明了 这些知识大家都可以查的到 只补充一点：引物设计时若是新手就不要吝惜钱财多设计几对吧
3 @9 J; N6 q" [, x; E以上的话应该可以回复有关“碱基位点选择”的吧
( x6 d3 _9 _- J1 E. p再有就是测序之后有关单碱基位点的不同 这就更容易解释啦 如果你是单细胞水平检测甲基化而且对应唯一结果的话 而我们的技术国内而言一般都是多细胞水平了 这样来看检测CpG位点的甲基化只是看一个变化趋势了

大猪小猪落玉盘

: Z' N6 {, k+ ?% F6 z8 m
) {/ Y% G5 l* b
楼主只所以提出以上问题，主要有以下原因，也算是建议，希望你有所提高：
; D2 n5 s; }; k0 W1、那一个个的实心圈和空心圈代表什么？2 p. E9 \2 G4 o" J# P
这个问题问的很有意思：因为你给的图上已经标明了：methylation and unmethylation1 a5 Q7 D- n9 m% c
2、那些数字代表什么？为什么出现的是这些数字而不是别的数字？是碱基的位置吗？" / |1 N: n$ u* L7 [2 f) M
这个问题，你自己都猜对了，为什么不相信自己呢？, v8 A7 Z9 \6 L7 E- U( q3 r  P* I9 D
后面两个问题才是关键，应该表扬！不过你的问题大家基本都回答了，我就不浪费了！! G/ y8 y- k8 N2 {5 w
不过，建议你先下载几篇相关中文看看，弄明白了再搞软件分析和引物设计等问题！