请教这是什么图片

zhaoyan1983

只知道这做的是关于iPS甲基化的，但具体是什么不清楚，有几个问题请指教：
" ~& p3 |3 \% `. l7 }1.那一个个的实心圈和空心圈代表什么？
- k  k$ q3 _7 u8 \2.那些数字代表什么？为什么出现的是这些数字而不是别的数字？是碱基的位置吗？
/ Z4 {' a) G/ t( W3.这个图是怎样做出来的？用的什么软件吗？6 W: v# m: b7 v' ^2 @0 ^3 x
4.图中反应出了什么含义？

瑟瑟狼

! N( b: c# R) u/ `  W; [( L5 h6 R7 |, X
1.实心标记该位点被甲基化，不表达了，空心表示未被甲基化，或者去甲基化，可以表达
! t/ Z0 @- x% ?9 x2.数字指的是在起始密码子之前的碱基位点，可以理解为碱基位置。这个我是问同行的，我不做测序，解释不清。. ?+ V: d8 G0 i- O
3.这个图据说使用基因芯片做出来的。只是个结果的反映，具体的做测序的知道，大概就是一堆测序仪，外加一堆服务器算出来的结果，呵呵。。。
% ?. T6 T5 C5 l4.含义：9 X1 w% x: q. E) R5 ?& k
读图方法，以nanog为例，下边的五个数字代表五个碱基位点；每个数字（位点）下的圆圈数，比如， hes-1 细胞的 nanog -1168下的9个圈，代表这个位点被检测了9次；全部都是空心，说明全部未被甲基化，或者说去甲基化的概率为100%；以此来计算去甲基化率；
3 Q. k1 N! a, t8 b- [" P% I! d- g
一般认为一个碱基位点被甲基化之后便不能被表达。。。
& f. B; K' o" Z! M% y8 Q9 B/ q+ [- y8 \, W
如图可以看出，nanog基因在hes-1活性高于ips-imr90，但是差别不大，这个ips-imr90的nanog基因去甲基化率可以算出来，约90%；imr90中nanog几乎完全被甲基化，表达量低；# X4 B7 d! c7 h

: p- u4 k. Q! W
; b; S5 ~" T0 d6 Z& K& e, y我也比较水，希望各位牛人批评指正。。。

zhaoyan1983

有几个问题，请指教：
, O) q7 Y- s; W) P9 v) E; `' V1.为什么同一个位点要被检测9次？是做的重复实验还是检测了不同的指标？, C9 e! q' \- ^
2.为什么选择某几个位点？例如Nanog为什么选择-1168、-1143、-1069这几个位点而不选择其它的位点？这几个位点是怎样被确定出来的？# K( x0 O8 A" f
3.为什么同一个位点对应的9个圈，有的空心，有的实心？如果是同一位点的话不是应该要么被甲基化了，要么没被甲基化吗？怎么会出现9个结果？

zhaoyan1983

回复 2# 瑟瑟狼
; }4 d. a( t; i" T; H
% ~9 D- d# C4 R$ e0 ?4 o& {有几个问题，请指教：- J" [  g( i7 Q9 D! D
1.为什么同一个位点要被检测9次？是做的重复实验还是检测了不同的指标？; m& P7 }/ g, d" h: U0 d! q7 I
2.为什么选择某几个位点？例如Nanog为什么选择-1168、-1143、-1069这几个位点而不选择其它的位点？这几个位点是怎样被确定出来的？
; T1 m& d7 H$ x( D: g5 j* w9 J9 h3.为什么同一个位点对应的9个圈，有的空心，有的实心？如果是同一位点的话不是应该要么被甲基化了，要么没被甲基化吗？怎么会出现9个结果？

瑟瑟狼

呵呵。。。问题好多，其实我也很水
& |5 x( ~9 |9 ]) z$ J
. u/ g# l( a4 U# y5 E% K等我请教一下同行，共同学习
2 T7 E/ l$ o7 @我认识几个做测序的，你等一下，明天给答案。。。

瑟瑟狼

悲剧啊。。。国庆人都在放假，找不到人问。。。$ i" s' h9 {' k+ W- C5 J- ]& s
; r* N) t' }3 n0 x0 n
你把这个问题发到表观遗传学专区吧。。。那里关于DNA甲基化的牛人可能会比较多

supergama

1、一个位点最好是能重复10次以上，这10次表示挑取的10个克隆。" _/ K9 G7 V2 f
2、数字所指示的位点是CpG岛的位点。
" }# W/ |3 {; C* l! S3、因为提取的不是单个细胞，所以甲基化不同步，最后的数据是甲基化的程度。

ellapan

呵呵 小子我妄自菲薄就上来冒个泡吧   y) X6 j; Q$ a4 v) m/ _
首先就是甲基化相关位点（其实就是目的序列）的选择，这个话题听来复杂其实只要就是一句话:CpG位点在目的基因的分布分析，一般来说是选择调控区和第一外显子区域，然后根据你试验的方法不同就会涉及到引物设计的不同了。 这些我就不详细说明了 这些知识大家都可以查的到 只补充一点：引物设计时若是新手就不要吝惜钱财多设计几对吧
+ e! K" n$ ?7 |0 a3 M1 h以上的话应该可以回复有关“碱基位点选择”的吧! i* _' W( C# H. Y+ D
再有就是测序之后有关单碱基位点的不同 这就更容易解释啦 如果你是单细胞水平检测甲基化而且对应唯一结果的话 而我们的技术国内而言一般都是多细胞水平了 这样来看检测CpG位点的甲基化只是看一个变化趋势了

大猪小猪落玉盘

2 L7 L1 ]2 b3 o5 j0 x: {

' ]! L$ o  O- P, x! n, J' b楼主只所以提出以上问题，主要有以下原因，也算是建议，希望你有所提高：+ T+ p/ x& g4 J8 L  Q
1、那一个个的实心圈和空心圈代表什么？
  _& N* E+ [5 k2 _: w1 Y这个问题问的很有意思：因为你给的图上已经标明了：methylation and unmethylation! m- z. m1 h2 M# j5 `5 `
2、那些数字代表什么？为什么出现的是这些数字而不是别的数字？是碱基的位置吗？" . L# g. {8 v" R; n- |" e
这个问题，你自己都猜对了，为什么不相信自己呢？1 v( ^" s4 n% D7 m+ k" H3 V; E4 r/ ]) |3 V
后面两个问题才是关键，应该表扬！不过你的问题大家基本都回答了，我就不浪费了！
( B- i0 f4 z3 F1 r1 u+ l不过，建议你先下载几篇相关中文看看，弄明白了再搞软件分析和引物设计等问题！