深度测序

liuhuijing

请教：对miRNA进行深度测序会得到关于miRNA的哪些结果。我也看了一些网上的东西，但还是不太清楚

liuhuijing

“Solexa测序技术可以提供一套全新独特的，适用于各个物种的小RNA深度鉴定与定量分析研究平台。通过大量的平行测序，研究人员可以发掘、鉴定并定量出任何物种全基因组水平的小RNA图谱（序列信息和频率分布）。应用这种低成本快速测定数百万标签序列的新方法，可以发现一些全新的小RNA基因。”
- d0 y) a3 x9 ~  F7 l* T小RNA图谱能得出什么结论吗？

langziforever

回复 liuhuijing 的帖子7 h; ?3 Y9 d2 F4 Z7 N" y& M
* f: i" X& W: F# ~
你看的这些都是某些测序公司的广告词啦！总体上来讲，对于一个物种的小RNA测序就是为了鉴定这些小RNA的序列，如果包含链特异性信息的话最后会告诉你，都有哪些小RNA，他们的序列是如何，在基因组的位置以及是哪条链上的。而这些只所以要用现在高通量测序的方法来做，一个很大的原因是，比较高效因此也就比较便宜，由于以solexa（当然现在是illumina hiseq2000的了）为代表的测序技术，一次可产生的测序量很大，所以，通过深度测序，可以排除大部分细胞内由于mRNA随即断裂产生的小片段RNA的背景干扰，以达到有效鉴定的目的，当然这些结果的得出还取决于实验和信息分析的软件，曾经听说某某公司给人家做了几次小RNA测序，仅仅得到3条小RNA序列，还不能保证对错！

liuhuijing

回复 langziforever 的帖子
# N# k8 S7 D0 b; t  o# u( u
* x' D0 l, C# D  H( l非常感谢

kosmos.y

个人觉得意义不大，因为miRNA的序列短，而且识别困难，组装起来能拿到确实是miRNA，你自己也要进一步验证，而且估计最后分析出来的候选miRNA数目很多

liuhuijing

回复 kosmos.y 的帖子- Q1 {0 x; G2 g3 t' b# N) D
$ ]- `/ i  P; O: J3 f) U
还没真正开始做，只是自己在查一些资料，不知有什么好资料推荐没有？

liuhuijing

回复 kosmos.y 的帖子
  k% |# S/ N# i+ n* H/ G* z" k. M+ o) }) x: c& u1 M) L+ ^, C
一般来讲，如果要进行 microRNA测序的话。公司希望我们能将microRNA分离出来，单独测序。