拷贝数变异的定义？

heiguzi1988

请问中度重复序列（SINE、LINE）和CNV（拷贝数变异）的定义区别是什么呢？

yxc

    中度重复序列
( g4 o5 _, t+ }英文名称：
) S5 s/ u6 I  h    moderately repetitive sequence7 J! m3 @8 `) c" q5 r$ P
定义：* @3 J" a+ u) J1 W6 |
    基因组中有10个到几千个拷贝的DNA序列。重复单元的平均长度约300bp。
* R0 u1 q3 `" N3 [1 T9 }   中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列，有十个到几百个拷贝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。这类重复序列的平均长度大约为 300bp ，往往构成序列家族，常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上，有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列与基因表达的调控有关，包括开启或关闭基因的活性，调控 DNA 复制的起始，促进或终止转录等，它们可能是与 DNA复制和转录的起始、终止等有关的酶和蛋白质因子的识别位点。
% H& m7 h: U" n" A  A6 k" G! y      散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列，是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。这类DNA序列一般都是中度重复序列。根据重复序列的长度可以分为短分散重复序列(short interspersed nuclear elements，或short interspersed repeated sequences，SINEs)，长度在500 bp以下，在人基因组中的重复贝数达10万以上。重复序列单元长度在1 000 bp以上的称为长散在重复序列(longinterspersed nuclear elements或long interspered repeated sequences，LINEs)，在人基因组中有上万份拷贝。人类基因组中所有SINE之间的平均距离约为2．2 kb。在结构基因内部，结构基因之间和基因簇内，以及内含子中都有SINEs，但在结构基因的编码区内中还没有发现。5 Y3 e% H* ~7 f- F' u5 B
　　散在重复序列是转座序列，但基因组中多数的SINE和LINE都存在启动子区的缺失，使转座所需的酶无法编码；或者是一端的反向重复序列缺失，使酶无法识别。
8 `2 J* [" t! x8 O
6 u8 o2 V) a0 K2 q, t8 e8 `     基因拷贝数变异（copy number variations, CNVs）是指DNA片段大小范围从kb到Mb的亚微观突变。“拷贝数变异”（CNVs）和“单核苷酸多态性”（SNPs）是人类表型变异的两个重要潜在来源。理论上，拷贝数变异遗传也是符合孟德尔定理的，因为其实也算一种等位基因

phdyhm

SINE、LINE主要是片段大小的差别，但是是正常存在的重复序列2 b$ u& {# K; Q1 H+ g
SINE——较短，一般在300-500 bp以下9 E9 o& f9 K8 b
LINE——较长，一般超过1000bp& u) ?6 E/ _" T
CNV的定义有所不同，强调的是突变和变异的重复序列，
) l" Q; Y! M" N# m: j" q- NCNV——更长，数个Kb以上，CNV的范围更大。

phdyhm

: K: X4 w4 t8 V5 s( B; A$ f3 j

; j( a& c- x. m不好意思，网页反应慢，发重了

huangcong1988

CNV与SNP有点像，现在研究认为拷贝数变异与疾病相关，但是像SNP一样，单个碱基变异或者拷贝数变异是否能够决定某种疾病，现在还没有定论

heiguzi1988

回复 phdyhm 的帖子' w* u+ Y* S$ j3 U

9 x4 A1 Y. h+ C请问突变的重复是什么意思？比如一片段是1K，里面有正常的SNP T，还有一个是突变SNP C。以此为例能说清楚怎么样才称之为有CNV呢？谢谢！！！！

langziforever

我个人的理解，那些重复序列也应该属于CNV的一种，只是他们在基因组中以固定的单元存在，而且以大量拷贝存在，对基因组进化或功能具有一定的作用，从CNV的定义来讲，这些应该属于一种CNV，只是二者属于不同的领域里不同的概念，比如中度重复序列一般都是在遗传学或分子遗传学里，作为一种功能元件存在及进行定义的。而CNV则是在基因组学，更多的关注是一些在群体中的概念，所以，一般CNV、SNP都属于基因组水平群体多态性的一种，近几年关注，是因为发现，这些变异或多态性和一些形状比如疾病是密切相关的，所以，研究者通过对群体中基因组的检测来揭示一些引起疾病的CNV或SNPs，至于楼上说“单个碱基变异或者拷贝数变异是否能够决定某种疾病，现在还没有定论”，我并不认同，因为现在已经有很多的证据证明SNP或CNV就是引起一些疾病的主因，或者大幅提高患病的风险。另外，值得注意的是，SNP和CNV是群体遗传学的概念，所以，每个人中SNP和CNV的状态都是以reference为基准的！不知道我是否回答了你的问题。

langziforever

至于以片段大小来区分CNV和其他重复序列也是没依据的，目前之所以鉴定的CNV都是比较大的片段，比如1kb以上，主要是受限于基因组测序技术或者检测成本的限制，并不是说小的片段就不是CNV，而是小了检测起来比较困难，所以，关注度不高！