拷贝数变异的定义？

heiguzi1988

请问中度重复序列（SINE、LINE）和CNV（拷贝数变异）的定义区别是什么呢？

yxc

    中度重复序列) f5 A6 q; J3 T' e6 L4 f4 h- L- S2 b
英文名称：0 P  X$ N/ ]7 H( L! r: M' h
    moderately repetitive sequence- x4 q0 x7 g8 F3 I$ U! i& M
定义：
+ Y3 W: M  d3 P1 ^1 m7 E    基因组中有10个到几千个拷贝的DNA序列。重复单元的平均长度约300bp。2 V/ X4 Q1 ?. M1 g* J
   中度重复序列(moderately repetitive sequence )一般是非编码序列，有十个到几百个拷贝，如 rRNA基因和 tRNA 基因等。这类重复序列的平均长度大约为 300bp ，往往构成序列家族，常以回文序列形式出现在基因组的许多位置上，有些同单一序列间隔排列。大部分中度重复序列与基因表达的调控有关，包括开启或关闭基因的活性，调控 DNA 复制的起始，促进或终止转录等，它们可能是与 DNA复制和转录的起始、终止等有关的酶和蛋白质因子的识别位点。$ l: D( e- \+ {2 c* U( S6 H
      散在重复序列是与串联重复序列的组织形式不同的另一类重复序列，是散在方式分布于基因组内的散在重复序列。这类DNA序列一般都是中度重复序列。根据重复序列的长度可以分为短分散重复序列(short interspersed nuclear elements，或short interspersed repeated sequences，SINEs)，长度在500 bp以下，在人基因组中的重复贝数达10万以上。重复序列单元长度在1 000 bp以上的称为长散在重复序列(longinterspersed nuclear elements或long interspered repeated sequences，LINEs)，在人基因组中有上万份拷贝。人类基因组中所有SINE之间的平均距离约为2．2 kb。在结构基因内部，结构基因之间和基因簇内，以及内含子中都有SINEs，但在结构基因的编码区内中还没有发现。9 ]' O" `, X( x  H- L- y7 s2 K
　　散在重复序列是转座序列，但基因组中多数的SINE和LINE都存在启动子区的缺失，使转座所需的酶无法编码；或者是一端的反向重复序列缺失，使酶无法识别。
0 C! I0 E. C& c0 y1 L5 r+ h1 m  r$ [* c6 j: `
     基因拷贝数变异（copy number variations, CNVs）是指DNA片段大小范围从kb到Mb的亚微观突变。“拷贝数变异”（CNVs）和“单核苷酸多态性”（SNPs）是人类表型变异的两个重要潜在来源。理论上，拷贝数变异遗传也是符合孟德尔定理的，因为其实也算一种等位基因

phdyhm

SINE、LINE主要是片段大小的差别，但是是正常存在的重复序列
8 M2 G% ]9 c, w# iSINE——较短，一般在300-500 bp以下) H+ p: p4 U4 h5 S0 k, g
LINE——较长，一般超过1000bp
8 i' z' P" L4 x3 G" B& ]CNV的定义有所不同，强调的是突变和变异的重复序列，
6 j7 I( N, ]) N, V- QCNV——更长，数个Kb以上，CNV的范围更大。

phdyhm

+ [# S! M" s; A( O7 F+ R+ M) x: _, z9 d% v5 K  L3 A$ M6 O5 ?& l: N9 I
不好意思，网页反应慢，发重了

huangcong1988

CNV与SNP有点像，现在研究认为拷贝数变异与疾病相关，但是像SNP一样，单个碱基变异或者拷贝数变异是否能够决定某种疾病，现在还没有定论

heiguzi1988

回复 phdyhm 的帖子8 E0 }8 i5 G0 {  K/ ~" d. j2 q
' L8 N+ q# |% M/ K1 t
请问突变的重复是什么意思？比如一片段是1K，里面有正常的SNP T，还有一个是突变SNP C。以此为例能说清楚怎么样才称之为有CNV呢？谢谢！！！！

langziforever

我个人的理解，那些重复序列也应该属于CNV的一种，只是他们在基因组中以固定的单元存在，而且以大量拷贝存在，对基因组进化或功能具有一定的作用，从CNV的定义来讲，这些应该属于一种CNV，只是二者属于不同的领域里不同的概念，比如中度重复序列一般都是在遗传学或分子遗传学里，作为一种功能元件存在及进行定义的。而CNV则是在基因组学，更多的关注是一些在群体中的概念，所以，一般CNV、SNP都属于基因组水平群体多态性的一种，近几年关注，是因为发现，这些变异或多态性和一些形状比如疾病是密切相关的，所以，研究者通过对群体中基因组的检测来揭示一些引起疾病的CNV或SNPs，至于楼上说“单个碱基变异或者拷贝数变异是否能够决定某种疾病，现在还没有定论”，我并不认同，因为现在已经有很多的证据证明SNP或CNV就是引起一些疾病的主因，或者大幅提高患病的风险。另外，值得注意的是，SNP和CNV是群体遗传学的概念，所以，每个人中SNP和CNV的状态都是以reference为基准的！不知道我是否回答了你的问题。

langziforever

至于以片段大小来区分CNV和其他重复序列也是没依据的，目前之所以鉴定的CNV都是比较大的片段，比如1kb以上，主要是受限于基因组测序技术或者检测成本的限制，并不是说小的片段就不是CNV，而是小了检测起来比较困难，所以，关注度不高！