求 将彩色的染色体图片转化为灰白并抠出重排的软件？

Yorkshining

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, a9 j9 ?$ ]" s+ W( j+ p  w
    在做小鼠相关细胞的核型分析，看文章上将原始的染色体抠出并按标准的小鼠染色体图谱重新配对排布，不知道哪款软件可以实现将左图转变成右图的形式,同时大家有没有小鼠染色体的标准图谱啊？

2011-12-3 20:21 上传

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dxb1985

不同品系小鼠的核型不太一样，你给的上图是直接用吉姆萨染色，下图是G带分析的结果，可以用photoshop把染色体挖出来，排一下

sunyucheng

AI、ASI等染色体核型核型分析软件

genedu

楼主做的核型染色非常好。核型对于我来说才刚刚做，但是一直做不好。
( r! `1 l2 U& p/ {/ M看到您的图之后，不觉眼前一亮' u3 _, z7 @* d
能否将您的protocal共享一下，多谢！

Yorkshining

回复 genedu 的帖子! L* U' L, d0 D, G' Z# g* A

& M. @) n: q  M; i  F" i1 细胞的收获  M7 @" \7 W+ Y/ b) K% L9 K( J
        秋水仙素处理：在5ml培养液中加入50μl的10μg/ml的秋水仙素（工作浓度为0.1μg/ml），以抑制中期分裂的细胞(中期细胞形态最典型)，在37℃，5%CO2，100%湿度继续培养3.5~4h，直至细胞核中有圆形发亮的球形为止。（约占细胞总量的10%）
& k2 \& m% I6 i# c        细胞的消化和收获：将细胞培养液转移到15ml离心管中，然后用PBS（37℃温浴）洗涤培养瓶中的贴壁细胞，洗涤2遍。再加0.25%胰酶+0.02%EDTA消化，3min左右，加入细胞培养液终止消化，用弯头吸管轻轻吹打细胞生长面，然后将细胞悬液转移到上述的15ml离心管中，1000rpm×10min离心，弃去上清液，留大约0.5ml。
8 M9 Q- V3 V2 M% k5 e* E8 M# c2 细胞固定0 ?2 f6 g' s" X& t% P
低渗：加入预热（37℃）的0.075M kCL溶液至5ml，于37℃水浴低渗处理25min；（低渗处理是凭借反渗透作用使细胞膨胀染色体铺展，同时可使粘附于染色体的核仁物质散开，以便能在一个平面上观察所有染色体形态。）
# C4 _8 D2 ?& W        预固定：低渗结束后加入0.5ml固定液（甲醇：冰乙酸=3：1，现用现配），短暂吸打混匀后，迅速离心（1000rpm×10min），弃去上清液，留少许液体。
$ q; @0 j8 z/ |9 ]        固定：加入4ml固定液，室温固定20min，期间吹打均匀几次，固定后，1000rpm×8min离心，弃去上清液，留少许液体。重复2遍【或者：加4ml固定液，吸打均匀后置于4℃冰箱内过夜，从4℃取出固定的细胞，1000rpm×8min，留取少许液体（约0.5ml）后弃去上清液，加入4ml固定液，悬浮细胞，室温固定25min，1000rpm×8min，留少许，弃去上清液】+ E( m. j% x, q
        滴片：将离心后的细胞悬浮开（轻轻吹开），以10~30cm高度滴到冰水（0-4℃）预冷、倾斜45°左右的玻璃载玻片上，并迅速将滴上的细胞吹开，在酒精灯上轻轻过2-3遍，细胞面朝上，在吸水纸上吸去多余的液体，细胞面朝上，在室温下晾干，约需要10-15min；
& W0 C& N! Y# I8 t' e# z        染色：细胞面朝下，扣在染色玻璃板上，在玻片的一面打入用PBS（1：10）稀释的吉姆萨染色液，避免打入气泡，染色15min，染色后，用镊子捏去玻片，细胞面朝上，在无细胞的玻片上端用装有蒸馏水的洗瓶冲洗，使水流过有细胞的区域；; t9 K* u+ y/ ^( K- r% P
观察：将片子立在吸水纸上干燥，10-15min后显微镜下观察。* ~( E, n; K1 t; y
5 ~- f+ R# f" t, n' r2 B& p
        应注意：5 \( {% X: l+ k2 \
事先应37℃水浴预热kCL溶液；2 a6 \  e, |8 j7 F' L
低渗后加入0.5ml固定液至离心的时间要尽量短，以避免细胞破裂，大量丢失；+ w9 E, M) \4 M( n" X
培养的细胞沉淀块再次悬浮时，要吸打均匀，不应该有块状细胞沉淀；
' k; Y1 W: f8 O固定期间吸打细胞要轻柔；
" u- ~1 L3 k( e" ], Y/ l# a& P用吸管吸收固定液，以防腐蚀枪；
; a' w* ^8 d6 I( r& ^操作期间要戴手套。" h9 u$ X) y4 f9 j

Yorkshining

回复 Yorkshining 的帖子; m4 w% y# ?4 ~
9 X, z7 C# }" Z7 _: V- u3 }
还有细胞状态一定要好，否则核型也不容易做出来，载玻片一定要处理干净，否则影响观察！

genedu

回复 Yorkshining 的帖子* D7 y* G# t5 _& t
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小弟拜谢

w343989328

好吧。。我用是的美图秀秀扣出来。。操作比PS简单。。然后用PS测量长度。。注意下比例就可以了。。

w343989328

Yorkshining 发表于 2011-12-4 19:58 & J) x. X7 C$ Z0 e0 d+ ~4 y
回复 genedu 的帖子- J5 c/ d" h! h8 ?% x6 x
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1 细胞的收获

! J6 Q2 u4 j) o7 i9 P这个有什么好加分的。。都是复制的。。

Yorkshining

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' ^! l, e6 Q  }/ }3 Z0 c回复 w343989328 的帖子
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3 X/ |; W$ ^/ w8 o& k/ s5 l    是复制的啊，但这是我实验室一直沿用的Protocol，是我从我们老师那拿来，这份资料我不敢说独一无二，至少我没在网上找到过，或许是我孤陋寡闻，但至少这是我们实验室前辈经验的总结，我在这分享一下难道没有意义么；复制的前提是得有东西可以复制，这份资料我知道坛里也有人传过类似的资料，那也是我们实验室的人传上去的，但并不全，我复制过来了，就可以让楼上少花点时间去查询少走弯路，楼上如果做不出来可以再交流，至少对此Protocol我已经很有经验了，我觉得可以解决楼上的问题，总比没有实践经验就瞎复制，搞不好以讹传讹，这样没有意义么，对此你有意见？