oct4 基因在普通细胞中表达吗

jefferson

是做的什么PCR，这些基因在HDF细胞中是不表达的，或者，表达量相当低，普通PCR或者RT-PCR应该都难以检测的到。6 V& }2 e2 l4 z. P

2 \7 y$ x. N2 V( o- V' k, r5 d但在一些Paper里，在做ips的鉴定时，用Q-PCR检测多潜能性基因的表达量时，有的是用HDF作为参比的。就是说，扩增HDF细胞中的这些基因，包括OCT4,NANOG等作为标准，其结果定义为1。这样的话，说明在HDF细胞中是可以扩增到的，但我扩了两次，量太低或者没扩出来。

jefferson

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( {. `1 z  x% v: j
: k1 p" W7 p. M$ z% m很有可能确实是表达的，尤其是在胎儿的细胞里。% Y2 R- i: {, {! E
% h, a1 B4 g) n
想起来以前做过一次RT-PCR，在成人HDF细胞中也扩出了NANOG。
5 s6 ~) v* c( q5 ~' x# z# A3 w$ f0 O  q5 u. k
是否是这些基因在成体细胞也表达，但量较低而已？

jefferson

由于来源于胎儿的HDF，细胞污染是应该考虑的一个问题。
$ [4 W  k# H7 B9 |2 n( X
1 B% a# ]5 d$ w此外，有文献报道，OCT4, NANOG, 以及另一种多潜能性基因Stella都存在假基因。OCT4有6种假基因，NANOG有10种。此外，有文献报道NANOG基因在成体组织中也有表达。因此利用RT-PCR检测的时候，引物设计就很重要了，要避免假基因对结果产生的干扰。所以出现这种情况，应该是所用的引物扩出了假基因。6 L' N) D  S; w" v& Z
+ |6 w: B+ j: D2 h; S2 t$ `8 B
附两篇相关的文献以供参考，希望对你有帮助。  ?  {. _) M! g) Y* ^9 C4 C

" j- |  m6 @, k+ p1. Multiple retropseudogenes from pluripotent cell-specific gene expression indicates a potential signature for novel gene identification. J Biol Chem. 2005 Feb 25;280(8):6265-8. Epub 2005 Jan 6./ R, `3 g' \, T  ]6 D
' c+ f( K( l& L
2. Identification, cloning and expression analysis of the pluripotency promoting Nanog genes in mouse and human。Dev Dyn. 2004 May;230(1):187-98.

jefferson

fanmihu1987 发表于 2012-3-28 16:04
0 S0 C: Z. }! p) {& P: P" E回复 jefferson 的帖子, Q6 n* f. [8 d" _+ I& l

- J0 Z% B+ l/ p+ U) Y7 ^: p& Y# g谢谢您的回答，还想请教细胞污染指的是什么？

; D; c3 T7 {  _- m1 ?- W不知道你的胎儿HDF是自己分离的，还是细胞株0 Z# Q5 }- ]$ d# ~2 w0 i, h

* A  @8 k" |& D$ R; q由于OCT4在干细胞或者生殖系细胞中都高表达，NANOG在一些成体组织中也有表达，因此如果是自己分离的胎儿HDF，有可能一起分离到了出HDF之外的其他组织细胞，而这些细胞或有可能就表达OCT4或NANOG。( S7 V9 A7 q. h

; f0 {) l4 ~& B( P" _6 v不过个人认为，RT-PCR引物设计不当，扩增出假基因的可能性很大，建议看下那两篇文献。