怎样找一个基因的promoter？

eley

怎样找一个基因的promoter？
- j2 _1 I/ A' k0 P6 j5 d越详细越好，谢谢各位了~~

yylhxylong

Ensemble Genome Bronwer7 j9 \! z. [& w3 Z7 m% M) |* V
大概是这个名字~~去里面搜一段你要的gene的序列 然后去找gene sequence  在设置里面改成显示上游3000bp  默认的是600左右吧   

bioaizhiying

一般认为转录起始位点上游2000和下游200bp，是启动子研究克隆的部分。
- p8 J2 V% P  z) j$ p  O二楼说到的ensemble数据库，此数据库会给出你第一外显子，以及第一外显子前600bp。用着600bp在ensemble中blast，然后设定显示的范围，就可以找到你所要的启动子片段。7 `. l' [2 Z! m* J- K+ Y6 K
最好先参照已有的的文献，看看人家是否已经定义转录起始位点。有得话要按照统一标准来。没有的话，要结合ncbi和ensemble数据库来来确定转录起始位点，进而找到你的启动子序列。

星移龙一

我这有一篇说明  论坛上看见的   你可以借鉴下。

frankieisme

网址：http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear
( G( \) L1 s; ?6 k/ M; C& L! x5 {6 l  z" c) B& y
在Genome里选择物种，比如human，search里输入你的基因名PTEN，点击Go' T" _. ^, C' S
（2）出现新的页面，看到“Known Gene Names”下面的PTEN了吧，点它' k, \2 w2 M! O) F0 i  Z8 D9 F' R
（3）又回到了和（1）类似的页面，此时，点击sequence
2 C% M" L3 K7 Q3 u（4）出现一个新的页面，选中promoter，同时可以输入数值修改具体的序列区域，比如Promoter including 2000 bases upstream and 100 downstream，即表示启动子-2000～＋100区域2 m+ [7 ~4 |. N8 c  F) M6 I
（5）点击“get sequence”，出现页面中最上面的序列“>uc001kfb.1 (promoter 2000 100) PTEN - phosphatase and tensin homolog”就是你要的人PTEN启动子-2000～＋100区域的序列了
4 D# B; h( k9 P6 U5 ~, Y. F
8 f4 s& G" C) X2 E8 ]4 [) [& X4 _9 Z" x/ A% z0 n/ Z4 q4 y

lxm5668

学习了！谢谢！

he_liang

刚接触分子生物学，学习了，谢谢分享！

a2782953

学习了，谢谢！

vegetax4132

学习了   谢谢

279042256

谢谢，学习了