基因启动子甲基化状态分析

huangcong1988

做基因启动子区域甲基化状态分析：1.在NCBI上找到了该基因的CDS，然后如何找该基因的启动子，怎样预测该区域甲基化状态？2.用亚硫酸盐处理以后，我采用测序的方法确定该基因启动子区域甲基化位点，那么，怎么设计引物？3.模板为什么要用基因组DNA？

houliming

用CDS比对这个物种的基因组  把整个基因的全序列找到    如果启动子没有公认，可以用软件预测，然后用甲基化软件设计引物和测序后的分析，软件在网上下载，很多。模板不用基因组DNA用什么呀？你就是分析某个阶段某个基因启动子甲基化状态，肯定要用这个时期的DNA。处理后扩出来，转化，测序。还有一点亚硫酸盐处理要处理充分，不然后面软件分析结果的时候没结果，就悲剧了！:lol

huangcong1988

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不错啊，猴猴！是CDS还是RNA呢？我现在困惑的是，找到这个基因的序列以后，怎么预测这个基因的启动子区域甲基化状态？还有，找到这个基因以后，怎么找这个基因的启动子区？启动子区CpG岛是有预测网站的

houliming

都可以去比对找一下！找到这段序列只能用软件预测启动子区了，用几个软件都预测一下，看看结果的一致性，还有启动子区甲基化状态是不能预测的，只能预测CpG位点，看有几个CpG位点，甲基化状态是你做出实验用软件分析算出来的百分比！给你几个网站：% j. ]2 a2 M3 |0 ~
CpG Island Searcher   http://ccnt.hsc.usc.edu/cpgislands2/cpg.aspx
  v: I' L: s7 Z" h( R结果分析：http://quma.cdb.riken.jp/5 @5 [+ `3 G2 X; n/ y# u4 j2 u
甲基化处理及CpG岛分析MethPrimer - Li Lab, UCSF   http://www.urogene.org/methprimer/index1.html

Helena110

houliming 发表于 2012-5-4 21:16
  L& M4 N) M% I1 Q1 C都可以去比对找一下！找到这段序列只能用软件预测启动子区了，用几个软件都预测一下，看看结果的一致性，还 ...

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