求助引物，谢谢了

zhaonicholas

各位战友，最近要做实时定量PCR（Sybr Green Assay荧光染料法）检测一部分神经元和施旺细胞的标志物表达情况，但是找了很久的文献都没有找到合适的引物，要么是cross dimer太大，要么是GC含量太高，都不合适，而且之前我做半定量PCR的时候 合成的引物也不是很好，还望高手能赐教，说一些找引物的经验和诀窍之类的，谢谢了。

hndxws

没有找到报道的合适的引物的话，可以直接软件设计。我们用beacon designer，设计的引物验证基本上都是好用的，很少有比较差的

希望之光

我用的是这个网站的http://www.idtdna.com/sessionTimeout.aspx，里边有QPCR引物设计服务挺好用的，还可以有的挑选

romanyuo

还可以查文献，照他们设计的引物设计，还有生物信息学，看看有没有匹配的通用引物。

safflower

寻求设计realtime引物的方法有多种，推荐如下：8 a2 S7 E' B0 u. f; H2 i% k, M6 v
1.利用免费在线软件设计，如http://www.idtdna.com/Home/Home.aspx，利用目地基因的CDS序列进行设计，此软件一般一次性给出5对引物，挑选时注意选择扩增片段为100bp左右的，一般选2对就行了。
% M3 {# O9 N  S4 v2.查找相关文献，此文献应当是影响因子较高的，直接引用别人的序列进行扩增。
+ M5 l# ?8 q) s/ R3.购买商业软件设计，方法同上。0 J; P+ g8 ?1 o; W2 J+ c8 a
4.请引物合成公司帮忙设计与合成，当然花费会高些。
3 K- C1 r5 k3 w, S" _% G% \5.根据CDS序列依照引物设计原则自行设计。% p/ M3 w9 U% `! X* h

86964109

多设计几对试一下就好了，有时候看起来参数不是那么完美的引物真正做实验也并非想象中那么差

zhaonicholas

回复 希望之光 的帖子
' s# s. z# W1 E4 F- }
& t2 w8 q6 t, Q) m. Y. q- ]非常感谢

zhaonicholas

回复 safflower 的帖子7 G5 b- \6 e$ f/ O: @3 Y! x& m5 F

2 F; R, S( A2 n' W) ]设计引物的时候有个问题 就是我在NCBI中输入我要的基因的名字，出来很多突变体，都不知道该选择哪个？这个怎么解决呢？谢谢了

zhaonicholas

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. W5 \3 Q% U7 t8 h/ G# |
+ ^8 H* d8 P) D. ^- t' s, w查找倒是找到了 其它参数倒是还不错 但是那引物的cross dimer的值太大一般都是超过30了，不知道这样的引物能不能用啊？

zhaonicholas

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+ i8 ?$ _3 w$ w5 }6 M4 ?& _; h; Q( J2 {7 r3 B# f; x
请问我做到这一步之后又该怎么操作呢？谢谢了