非编码RNA怎么查？

embryonic12

请教各位高手，如果想查找某一种组织、细胞中特异性的非编码RNA，怎么做呢？5 ~8 X5 T3 p/ U! Q: m
谢谢！

素心无痕

  非编码RNA是指不编码蛋白质的RNA。其中包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等多种已知功能的 RNA，还包括未知功能的RNA。这些RNA的共同特点是都能从基因组上转录而来，但是不翻译成蛋白，在RNA 水平上就能行使各自的生物学功能了。非编码RNA 从长度上来划分可以分为3类：小于50 nt，包括microRNA，siRNA，piRNA；50 nt到500 nt，包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA，SLRNA，SRPRNA 等等；大于500 nt，包括长的mRNA-like 的非编码RNA，长的不带polyA 尾巴的非编码RNA等等。
7 U. @2 o4 A) R- O; l: p( h非编码RNA的工作主要分为两个方面，一是大规模的鉴定新的非编码RNA，二是通过各种方法研究非编码RNA的功能。大规模鉴定非编码RNA的方法可以分为用理论预测和实验发现两种。前者主要借助计算机，从已有的非编码RNA中提取特征信息，然后以特征信息做全基因组搜索，比较成功的预测软件有：预测snoRNA 的snoScan和snoGPS，预测tRNA 的tRNAScan，预测microRNA 的mirScan，另外如RNAz，RNAmotif 等也都是很好的非编码RNA预测工具。理论预测方法简便快捷，但是最终的确定还是依赖于实验，因此理论预测与实验验证通常是相辅相成的。0 y8 A: T" c& j$ v
另外一种广泛使用的非编码RNA 检测技术，是2000 年以后发展起来的全基因组tiling 芯片技术，这种技术的核心在于构建高密度的覆盖全基因组的芯片，生产这种芯片的主要有affymetrix 公司和agilent 公司，这种技术的优点在于不用构建cDNA 文库，更不用做克隆，只要有分离纯化的非编码RNA就可以检测，操作简单，成本很低，可以检测到大量低丰度的非编码RNA，这种方法的缺点在于不能准确的确定非编码RNA的转录起始终止位点，也很难区分剪切加工产物。
& `) \( r7 r9 o) I纯属抛砖引玉！

abgg

有一个microRNA的。希望对楼主有帮助。8 E- G: F4 z$ e4 I4 P0 e8 b
http://www.mirbase.org/search.shtml

embryonic12

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7 y: |- ?+ V' b9 W- P# Q9 g' R% Z6 Q  f( o. r  l
感谢热心指点！

jiaozi

建议找一本生物信心学书看一下

embryonic12

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+ I# y# r# Z! }! F) }0 V, z9 K& w3 }# Q/ m
感谢指教！期待更多。

jiaozi

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/probe/doc/TechRnai.shtml7 E% x2 ^6 c' I. V3 L, ]' @
希望对你有帮助

xiaoheilong

UCSC Genome Browser 人的基因组 有lincRNA和microRNA的注释，其他物种如果有发表的文章，应当list出了相应组织中检测到的 非编码RNA

懵懂干细胞

直接在ncbi上找gene再输入你要找的哪个mir名称就有相应的完整编码序列，比如mir33

embryonic12

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8 n4 N+ x$ b# R) A; w
/ E% Y* \; |" ~$ a8 B) R' s6 {, h- `感谢指点。但我想能不能查到比如说囊胚中特有的非编码RNA呢？