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发表于 2014-12-17 12:15 |只看该作者 |倒序浏览 |打印

本帖最后由细胞海洋于 2014-12-18 07:55 编辑 0 u8 d' {* i5 c( L. r2 F, M

Nature：打开重编程的黑匣子
2014-12-17 1 来源：生物360 作者：koo

这在概念上是重要的，它打开了一扇大门。
当精子和卵子结合成胚胎时，它们就在做这件事。John Gurdon在上世纪60年代也做到了这个，当时他使用蝌蚪小肠细胞制作出了从遗传角度而言完全相同的青蛙。Ian Wilmut也做到了。他在1996年使用一个成年哺乳动物细胞制作出了多利羊。重新编程——将分化的细胞恢复成胚胎状态——已经持续了很长时间。
2006年后，科学家对细胞重编的兴趣迅速上扬，他们发现仅通过引入4个基因就能改编成年老鼠细胞，产生所谓的诱导多能干（iPS）细胞。该方法十分简单，几乎所有实验室都能实现，并且科学家每年能发表1000多篇相关论文。人们希望这种多能细胞能被用于修复受损害或病变组织，近年来一些目标已经变为现实，科学家将衍生自iPS细胞的视网膜细胞移植到一位眼病患者身上，这是首次将重新编程的细胞移植到人体内。
破译细胞重编1 j1 z4 B+ S" H2 c
但没有人知道它是如何发生的。科学家知道已分化细胞参与进来，多能细胞在另一端出现，但这之间发生了什么，是生物学上一个令人费解的黑匣子。“这是令人困惑的过程，它非常复杂。”日本京都大学iPS细胞研究和应用中心分子生物学家Knut Woltjen说。
干细胞生物学家表示，其中一个问题是，他们开始时使用一种细胞混合物，每个分子的状态略有不同。目前的iPS细胞制备过程十分低效和多变：只有很少的部分最终能完全重编，而且这些也可能与另一些有微小但重要的不同。此外，由于细胞生长条件等环境的不同可能会改变重编路径。这使得比较实验结果非常困难，而且将不充分特征化的细胞用于临床也会增加安全隐患。* v) Z, }. p9 X+ H W/ M1 J/ b
但新技术正开始让这一过程变得清晰。通过进行单个细胞的细致分析和积累大量的详细分子数据，生物学家正在识别细胞重编过程中发生的重大事件。近日，规模最大的此类项目——“宏大计划”（Project Grandiose）公布了其成果。该项目团队使用一系列测验，拍摄下细胞重编过程每个阶段的精密尺度快照，并揭示出多能性存在可选择情况。“这是针对细胞形态随时间变化的首个高分辨率分析。我可以毫不夸张地说它是宏大的。”该项目负责人、加拿大多伦多市西奈山医院干细胞生物学家Andras Nagy说。
但如果科学家希望能很好地控制这一过程并熟练地制备治疗细胞，则还有很长的路要走。“是的，我们能制作iPS细胞，我们也能区分它们，但我认为，我们感到无法控制它们。”以色列魏茨曼科学研究学院干细胞生物学家Jacob Hanna说，“随意控制细胞行为非常酷。而且，做到这些的前提是非常详细地理解它们的分子生物学特性。”
细胞核移植" Z7 w' q! c; l5 |6 {4 D8 A" S: f
Gurdon和Wilmut在重编青蛙和羊的细胞时，分别通过将一个已分化的原子核移植到被剥去DNA的卵子内。科学家已经知道卵子中的一些东西能够重编原子核，例如，那些与皮肤细胞有关的基因将被切断，而与多能性有关的基因被开启，并触发一系列下降流事件。在接下来的10年里，研究人员开发出各种细胞重编新方法——向受精卵和胚胎干细胞中添加原子核，但这些方法无法解答是细胞中的什么进行了重编工作，并且该过程是如何工作的。7 r+ f6 D% z0 }" y9 Z9 E, A% ]
当京都大学的山中伸弥和Kazutoshi Takahashi制备iPS细胞时，情况发生了变化。他们发现，在能够重编为成体细胞的早期胚胎或胚胎干细胞里，只有4个蛋白质出现了表达。而且，重要的是，他们还提供了用于研究在培养皿中进行重编的工具。目前，干细胞生物学家确信在引入这些蛋白质（有时名为山中因子）后，会发生一阵强烈且大部分能预测的基因表达。不过，几天后，这些细胞会进入一个神秘状态，它们会分化，但出现失速，最终不能进一步重编。大约一周后，非常少的细胞（1/1000）会变成多能细胞。" D2 l; ~5 g) H% D& i
这个过程不可预测，因此也难以在开始的时候就预知哪些细胞将会重编。但某些方面是可以预知的。“德国、日本和美国的研究人员可能会在同一时间、以相同的速率获得iPS细胞。我们知道这不是魔法，这里存在一个机制。这是好消息，说明我们能找到它。”美国哈佛大学的Alexander Meissner说。不过，Meissner也提到，多少年来几乎没有进展，“令人很失望”。
从细胞角度而言，克服完全分化状态是一个巨大挑战。例如，科学家经常从皮肤中提取纤维母细胞，并试着重编。在一个很长的过程中，它们获得了其特性，这些细胞的DNA被印上了“后生”标记——添加甲基原子团或改变组蛋白等化学修饰。这些能确保只有与纤维母细胞有关的基因能被表达。但他们无法让皮肤细胞像一个正在分化的干细胞，因为这可能是癌症等疾病的路径。
现在，科学家能很好地控制头48小时发生的事情。在胚胎干细胞里，山中因子能激活处于“多能性网络”的基因，它们能使细胞无限增殖。但当被放入纤维母细胞等分化细胞中时，这些因子的活动方式并不同。宾夕法尼亚大学细胞生物学家Ken Zaret绘制出了在人类纤维母细胞重编的最初两天里这些因子的位置图。他发现，它们被“物理封闭”，染色体构象阻止其到达常规目标基因。
相反，这些蛋白质会进入染色体可进入区域。有时，它们会激活促使细胞自杀的基因；或束缚在名为增强剂的遥控区域上——这会促使与重编过程相关的基因激活。干细胞科学家Rudolf Jaenisch将这种山中因子的广泛束缚称为“杂乱的”。9 m3 Y& u2 @7 p: f
研究人员现在正试着分类一些细胞类型，让它们离开黑匣子，并努力修补重编技术，以便阻止它们偏离路线。“宏大计划”也认为，重编过程存在的可变性正在产生完全不同的细胞。该项目启动于2010年，8家研究机构的约30位资深科学家参与其中，Nagy的打开黑匣子愿望驱动了这个项目。“我希望找出黑匣子里面是什么。”他说。通过利用山中因子触发细胞重编，该团队在1个月里每天收集1亿个细胞，然后定期分析它们的蛋白质和RNA产量以及甲基化状态改变等。
自成一系1 M/ {. B! n+ o$ \
最大的发现是一类新型多能细胞，名为F级细胞，它们会形成外观毛茸茸的群落。略微改变iPS细胞制备秘方就能制出这些细胞：与在数日后停止表达重编因子不同，研究人员持续提供这类因子。“这就通向一个分歧点。”Nagy说。
F级细胞与iPS细胞不同，因为它们在多能性的一个最严格的测试中表现不合格：当被注入小鼠胚胎后，它们未能促成嵌合体老鼠组织的形成。因此，一些批评者认为，F级细胞可能是其他科学家口中的“部分重编”细胞。但Nagy指出，这些细胞拥有其他的多能特性，例如，它们能形成包含一系列分化细胞类型的畸胎瘤。, ~* t" c8 g8 T* @1 Q6 [, M& j
Nagy表示，其他人之所以忽略了F级细胞，是因为他们只是寻找与胚胎干细胞相似的细胞。他认为，可能会发现更多的多能细胞状态。“这在概念上是重要的，它打开了一扇大门。”他说。
现在，许多科学家认为，重编过程包含两个确定性阶段——开始和结束，以及一个随机阶段，即中间阶段的神秘一周。但Hanna表示，“我不认为存在随机或确定阵营。”他将重编比喻成抛硬币：每次都会得出随机结果，但100次后，各面向上的概率都为50%。类似的，任何一个细胞进入重编状态都是随机的，但随着时间的推移，重编技术每次能产生的多能细胞将到达一个确定的百分比（或许是10%）。Zaret表示，进一步研究将解决这些争论。
对于Zaret而言，重编争论打开了通向更大概念的窗户：随机性引发的生物学规则是什么。“细胞系统是建筑在固有噪音和随机事件之上的。”他说。而山中伸弥等人试图打开黑匣子的兴趣是实际的。更有效的重编将带来更好的实验和更可靠的细胞来源，并最终用于疾病治疗。“我研究的动机是治疗患者。任何能推动iPS细胞进入临床的东西都能吸引我。”他说。$ B1 Y& n$ g0 `0 i; z: S2 m. {
原文检索：# r3 A2 Q: E5 T: j. N K. w7 M% i
David Cyranoski. Stem cells: The black box of reprogramming. Nature, 10 December 2014; doi:10.1038/516162a

2楼原文感谢Jonathan 提供

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