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楼主: gaomei210
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DNA甲基化是双链都甲基化还是只有一条链甲基化?   [复制链接]

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发表于 2011-3-7 18:12 |只看该作者
回复 gaomei210 的帖子, x+ O. r. A0 Z* W8 ?
; ^( \) @0 W& w6 S' ?
在那个碱基添加甲基。。。问DNMT1去

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发表于 2011-3-7 18:14 |只看该作者
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# j+ J: L1 B3 g) X4 W* \0 b0 b0 R
2 S' o0 y/ F# A" o0 q6 `! p3 Z

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发表于 2011-3-7 18:21 |只看该作者
回复 gaomei210 的帖子
0 N8 b6 S2 J5 [' A( \+ n. S( u; I+ S' s/ t: x$ j% n  @! ]
刚才我查了下,好像现在的确没很好的解释,DNMT1没有针对CPG二核苷酸序列的特异性,他是怎么识别的,于是就提出了DNA甲基化转移酶发现靶位点的机制,具体的等我看明白了再说

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发表于 2011-4-27 22:18 |只看该作者
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本帖最后由 stemtar 于 2011-4-27 22:24 编辑 5 V; J/ `+ e) V* g9 V( b5 I

- K! I6 w  k' Q$ D5 Z  t# b+ Y这个问题是这样的
3 S6 d- E, k% e, F0 R4 r首先,绝大多数甲基化发生在CpG上,而它的负链也是CpG。研究表明,这种甲基化模式是对称的,所以不存在复制时的问题。9 C2 t3 b2 _2 U! w+ J1 H
其次,干细胞中存在大量的非CpG型甲基化位点,这种情况正负链就不对称了。而它们的甲基化模式也是不对称的。随着干细胞的分化这些位点也逐渐消失。至于为什么会在特殊时期特点位点上甲基化目前还不清楚。  
! M) t! ~; u: Q( THuman DNA methylomes at base resolution show widespread epigenomic differences9 E& Q* f; H: m6 C
这篇文章里面有比较多的讨论
( D8 D2 b+ R2 @5 t4 p& H0 a) E也希望感兴趣的同学一起深入探讨这个问题
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发表于 2011-5-5 21:29 |只看该作者
其实DNA甲基化的很懂东西还是不是很清楚的。一般来说CpG位点的C的甲基化是两条链对称的,是由维持性的DNA甲基化酶DNMT1来完成的,复制的时候DNMT1识别并结合到一条链上有甲基化的CG上,从而将另一条链上的C也甲基化;而目前发现在ES细胞内(其他细胞内也有发现),很多甲基化的C并不在CpG位点上,这些可能是由DNMT3a&DNMT3b完成的,但是其调控机制并不清楚,就是说到底哪些C要被甲基化哪些不需要,可能与histone修饰有关。。。
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发表于 2011-5-5 22:22 |只看该作者
命运决定子Numb在神经干/祖细胞不对称分裂及分化中的调控作用  
; [, N# ?* P! M  S3 c陈思杰, 陈晓萍*, 金建龙, 杨飞鹏
2 X* ?. h" V  R* K3 v7 B6 t浙江工业大学生物与环境工程学院,杭州 3100149 y( o! W: I; j2 A& p
  , _  d2 K5 s8 f
摘要 / X4 Z2 b4 ~, u
不对称分裂是干/祖细胞发育分化中的基本过程,膜相关蛋白Numb在其中发挥重要作用.Numb极性分布于细胞一侧,在干/祖细胞有丝分裂时不对等分配至两个子代细胞,使子代细胞产生不同分化命运.如一个保持在干/祖细胞状态,而另一个发育为神经元,这一过程主要通过抑制Notch信号通路发挥作用.近年在哺乳动物中的研究中发现,高强度Notch信号又能够反馈抑制Numb活性.Numb具有维持神经干/祖细胞增殖与促进分化的双重作用,Numb的命运决定作用还与Shh信号通路和p53蛋白等相关.另外,Numb参与调控细胞的粘连、迁移以及神经元轴突的分支与延长.本文主要对Numb在果蝇及哺乳动物神经干/祖细胞中的定位以及其在决定细胞命运和分化中的调控作用进行综述.
, ]- N8 m7 s9 B: t9 U. @8 E
+ g1 v9 u( `& s: ?
$ Y1 E( i$ U7 F" G1 t   关键词: 命运决定子   Numb   神经干/祖细胞   细胞不对称分裂   细胞分化        s! a% c' N6 u8 e+ E6 o; F1 g
Regulatory Mechanism of Numb in Asymmetric Cell Division and Differentiation of Neural Stem/Progenitor Cells* R0 k7 }# D# x4 M5 C! F
CHEN Si-Jie, CHEN Xiao-Ping*, JIN Jian-Long, YANG Fei-Peng
- W  a, y- s( A9 h% d1 X College of Biological and Environmental Engineering, Zhejiang University of Technology, Hangzhou 310014, China 0 B  U' z% R; n
1 A/ e8 `3 ~& E
Abstract: % W! O$ m& _0 \( X. a: e
The asymmetric division is the basic process of neural stem/progenitor cells development in which Numb plays an important role in regulation. Numb is a membraneassociated protein that asymmetrically localizes and distributes during cell division of neural stem/progenitor cells. It turns the developmental fates of the daughter cells. One remains stem/progenitor cell and the other becomes neuron. Inhibition of Notch signaling is critical for the regulatory process. Recent studies in mammals have showed that high levels of Notch signaling can downregulate Numb. Numb is required to promote neuronal differentiation as well as maintains neural stem/progenitor self-renewal. The regulation is related to Shh signaling and p53 protein. Meanwhile, Numb controls maintenance of cadherin-based adhesion,cell migration, axon arborization and extension as well. This paper reviewed the location and regulatory mechanism of Numb in determining cell fates and differentiation in neural stem/progenitor cells of Drosophila and Mammals.
, T0 I" O# H6 L; e " o9 e+ q0 \# J4 w& I/ Z! q2 y, ~
Keywords: cell fate determinant   Numb   neural stem/progenitor cells   asymmetric cell division   cell differentiation      0 w. p# h: a0 i% S5 w* w8 C
Received 2009-02-04;  
& V9 p9 M& Q! F1 j" B: G
& e& ?) Q! E1 U' d/ [5 T1 K# T% k- v: V$ c& P  k5 q! n! F; U
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发表于 2011-5-5 22:24 |只看该作者
嘻嘻,俺相信是一条链的甲基化,不然怎会有不对称分裂,问题是DNA甲基化发生在细胞分裂之前还是之后?
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发表于 2011-5-5 23:49 |只看该作者
我觉得这个问题不能一概而论,我们问题的疑惑主要集中在DNMT1作用的那些位点上,而不是DNMT3a或b上。个人觉得甲基化不仅蕴藏着基因表达的信息,同时也有印记信息和其他信息,在DNA复制时,聚合酶需要依靠甲基化来识别母链和子链,而母链上不是所有的CpG都是甲基化的,子链上也不是没有一点甲基化。对于负责识别母链和子链的甲基化位点,是半甲基化的,也就是只有母链被甲基化,当聚合酶识别了亩链和子链之后,由DNMT1负责甲基化子链,是双链处于全甲基化状态,复制然后开始。新合成的子链该位置仍是半甲基化的,在下次复制之前,再被全甲基化。对于其他位置的甲基化如印记标记的,是双链都甲基化的,复制后子链也是由DNMT1负责把母链的甲基化信息传递到子代双链的那条母链上,这是它的功能。
3 H* Q; t& N" w( t2 O# D至于楼主担心的一条链上的甲基化是否会影响另一条链的甲基化这个问题,我觉得这样问是不合适的。首先,甲基化对基因表达的影响不是由一个甲基化位点就能决定的,是一片区域,是很多个甲基化位点共同决定的,而且在这种情况下,不同样品或个体相同位置的甲基化情况也不一样,只是该区域的总体甲基化趋势是一样的。其次,像说的这种情况,在现实中是否有证据证明一个区域的甲基化同时影响正义链和反义链的不同基因的表达?问题的关键是真核生物的基因都是不重叠的,所以没有这种情况。
6 ^6 m& `( x/ d0 }4 o' ^6 y3 O不过,你问的很好,因为第一眼看到这样的问题,也让我产生了和你一样的疑问。这只是我根据自己知道的东西整理了一下,不一定都是正确的,欢迎指正。+ t9 d( I. d: \# E

* ]5 _& D1 q. \) G" {0 B2 d
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发表于 2011-5-6 10:26 |只看该作者
回复 FreeCell 的帖子+ ]* J$ Z" [& h5 ~% i1 v
; u. R  |4 p+ N2 w
对称CpG位点的甲基化与复制时同时的,而de novo的DNA甲基化则比较难说了。。。
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发表于 2011-5-7 10:21 |只看该作者
回复 hndxws 的帖子. Z! w' s. F6 I

7 ~. H/ |, J5 U"问题的关键是真核生物的基因都是不重叠的,所以没有这种情况。"& f9 V8 s! o5 e' Y
真核生物中确实有重叠的,而且不是个例。
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