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标题: 存在DNA甲基化调控系统的物种 [打印本页]
作者: Tlexander    时间: 2012-2-13 12:03     标题: 存在DNA甲基化调控系统的物种

本帖最后由 Tlexander 于 2012-2-14 10:20 编辑 * X* G) H; Y( E: F. O' w$ ]' q

, r3 U% [/ a4 ^6 O# \) w2 o# W我们现行80%关于DNA甲基化系统的了解，都是通过以下四个物种得知的：& P) q2 D+ I  V6 I; [
1，human) D! ]9 W0 [: F2 W1 w4 Q' d
2，mice1 r' U# l' `( V( i6 _# j
3，Arabidopsis thaliana
$ M8 i, v+ v; n$ J. d1 l: L1 l" A4，Neurospora crassa
1 U( E- w: W6 g' |' \# [  V+ {. s2 ~) |9 M3 D- L6 j
以下省略17种；欢迎补充，我做总结% C9 c& ?$ \( {' r9 e5 F; \  g
当然更欢迎列出不具体DNA甲基化修饰的物种；% H- p, J' T7 X6 x% t
缺乏DNA甲基化的物种：
& Y/ P* l0 O8 E6 w, b" p面粉甲虫（Triboliumcastaneu）
( b" L9 p  |1 X+ a/ x酿酒酵母（Saccharomyces  cerevisiae）7 a4 t( n, a: r! Q/ P
粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomycespombe）7 e& o5 c& t9 }0 J7 \5 L
线虫（Caenorbabditiselegans）& g3 Y( s; u/ R' q& v
黄曲霉（Aspergillusflavus）.
作者: FreeCell    时间: 2012-2-13 15:56

嘻嘻，体内有干细胞的物种DNA都甲基化或组蛋白乙酰化修饰，不然细胞如何分化呀！
作者: Tlexander    时间: 2012-2-13 16:43

本帖最后由 Tlexander 于 2012-2-13 16:43 编辑
+ A; {+ `" w. w2 ?; Y" \; J) V' X: ~$ C7 N+ k
回复 FreeCell 的帖子
% R6 B6 {% ]# B$ K
" Y! S* W0 ]3 a9 M- p+ F$ N$ c思维惯性太强了，没有DNA甲基化就不能分化？不能发育? + f4 X0 k" H& W+ {; Y3 g) P
那是不是没有没有DNA就不是生物，就不能遗传呀？3 L, z0 n6 q$ W; }% h  ~
你是怎么理解生物多样性的呀？
作者: FreeCell    时间: 2012-2-13 16:54

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" n& w7 ?! C3 @5 U+ A4 g# q
  v9 B# S/ i7 n/ ]6 ~嘻嘻，不幸被你说中了，甲基化比想象中更普遍，不过俺还没有见过不含DNA的干细胞
作者: Tlexander    时间: 2012-2-13 17:57

回复 FreeCell 的帖子3 J  a! Y- S+ ?# D' C; W6 E% N

1 c4 T( G* }& t* l; H5 t; r: U干细胞是发育中最重要的主体，虽然我很强调干细胞，但有时还需要从跳出来，从进化的角度看看我们所要研究的问题，可能干细胞是在多细胞或者说具有分化机制的生物中存在，但是干细胞怎么进化出来的，这个问题也不能回避，所以建议Free兄不要总以干细胞作为框架把自己框住。跳出来看看更有意思
作者: FreeCell    时间: 2012-2-14 10:07

中山大学：又一物种被DNA甲基化家族拒之门外  w3 k; P  W& _; o
作者：亦云   来源：生物通   发布者：   日期：2012-01-30   今日/总浏览：23/423   来自中山大学生命科学学院和深圳华大基因的科研人员发表题为“Bisulfite Sequencing Reveals that AspergillusflavusHolds A Hollow in DNA Methylation”的文章，文章使用Bisulfite Sequencing首次证明黄曲霉是一种缺乏DNA甲基化的生物。相关成果发表在2012年1月20日的PLoS One杂志上。生物通 www.ebiotrade.com  8 S/ Z7 W: C, x- W

. i5 Q3 [% }( \0 |8 J" q" p/ T. Y8 @
   文章的通讯作者是中山大学贺竹梅教授、何建国教授及华大基因王俊教授。贺竹梅教授实验室多年来一直从事黄曲霉毒素生物合成代谢调控机制及黄曲霉毒素生物控制技术的研究。生物通 www.ebiotrade.com  
$ S" x7 i5 b% d$ T5 S2 w5 J
/ C- l2 K3 ^; [, i% ~. d# d- {# d, N; O
   该团队使用目前公认的基因组DNA甲基化检测黄金方法Bisulfite Sequencing (BS-Seq)，对黄曲霉全基因组DNA甲基化进行了测序，并从基因进化和基因组序列差异的角度对黄曲霉缺乏DNA甲基化的机制进行了分析。BS-Seq实验和分析采取设置生物学重复的策略，并使用一个缺乏甲基化的λDNA作为对照。无论从BS-Seq数据，还是从与其他真菌的DNA甲基化组结果比较，都表明黄曲霉的DNA甲基化水平极低甚至为零。对曲霉属DNA甲基转移酶序列的进一步生物信息学研究发现了其与脉胞霉（Neurosporacrassa）中的RID酶有紧密的关系，而与已经被证实具有DNA甲基化的生物所含有的DNA甲基转移酶则有很大差异。该研究团队同时发现，黄曲霉基因组中的重复序列不足，且其重复序列具有较高的RIP指数。根据这些现象，他们推测：黄曲霉中缺乏DNA甲基化，或者，黄曲霉的DNA甲基化仅仅出现在其短暂且尚不确定存在的有性生殖阶段。生物通 www.ebiotrade.com  - U4 O- R, j2 E+ g6 B! {; E

! g6 ~9 E" g" v; w, i2 Q5 u+ I! s+ R+ y8 U3 i0 V- {
   黄曲霉因其产生强致癌物黄曲霉毒素而引起科学家的重视，黄曲霉毒素合成代谢调控的研究已成为微生物次生代谢调控机制的模式分子。关于曲霉属（Aspergillus）真菌的DNA甲基化问题，已经困扰科研工作者多年，从上世纪80年代初开始，科学家对曲霉属真菌的DNA甲基化及其对真菌生长和代谢的影响进行了各种研究。生物通 www.ebiotrade.com  1 ?9 I+ v2 n; }0 K
+ X- A3 R$ S; t$ w; i: S* U
   该论文是世界上第一次使用黄金标准方法—Bisulfite Sequencing研究曲霉属真菌全基因组DNA甲基化状态的报道，黄曲霉是第三个被该方法证实缺乏DNA甲基化的生物（前两种分别是果蝇和面粉甲虫）。到目前为止，科学家发现缺乏DNA甲基化的物种共有6种：果蝇（Drosophila melanogaster）、面粉甲虫（Triboliumcastaneu）、酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）、粟酒裂殖酵母（Schizosaccharomycespombe）、线虫（Caenorbabditiselegans）和黄曲霉（Aspergillusflavus）。这一研究将有助于我们对黄曲霉DNA甲基化状态的理解，同时增强我们对真菌DNA甲基化的认识。此外，该项目中的BS-Seq技术应用于低DNA甲基化物种的研究策略，将为后人对其他低甲基化生物的研究提供重要参考。
+ o+ y; M1 j+ l# h6 O( z% C3 c% |http://www.biotech.org.cn/news/news/show.php?id=93590
作者: Tlexander    时间: 2012-2-14 10:20

本帖最后由 细胞海洋 于 2012-2-15 09:25 编辑 * }# d: u& t6 B; n9 f0 x5 t: L% [( |# J8 N

$ k: W1 y6 M  W  {) k3 p$ f回复 FreeCell 的帖子1 E3 w+ B0 H$ _; n4 W4 T

8 Z: [7 ~, B# B( o中国的科研就是这样，总是不搞清楚就乱写综述，果蝇中具有DNA甲基化，这种2000年Nautre中早就更正过了，但是现在都2012年了，我们还说果蝇没有DNA甲基化。
8 }) r6 ~% K3 m$ ?& b
" X# ~8 M9 g4 o8 q) y下面附件几篇讲述DNA甲基化系统进化历程的核心文章，希望大家对这个系统的进化有个彻底地了解
# v2 }/ R0 F: l/ p" Z2 t
! x$ H. q" c, x: O[attach]38961[/attach][attach]38960[/attach][attach]38959[/attach][attach]38958[/attach][attach]38957[/attach][attach]38956[/attach][attach]38955[/attach][attach]38955[/attach][attach]38954[/attach][attach]38953[/attach][attach]38952[/attach][attach]38951[/attach][attach]38961[/attach]
作者: FreeCell    时间: 2012-2-14 10:38

本帖最后由 FreeCell 于 2012-2-14 11:01 编辑 5 c% Q* u3 o0 |5 G, F% p+ H6 M
Tlexander 发表于 2012-2-14 10:20
1 \% I/ c. v6 Z( h$ I& u回复 FreeCell 的帖子2 d& g, _$ p! |  f8 K( c4 A" `, R

& i1 @+ y, A$ N- s! m( Q3 u/ T9 u% t中国的科研就是这样，总是不搞清楚就乱写综述，果蝇中具有DNA甲基化，这种2000年N ...
6 X8 u. |" [$ l/ X" U

# b5 y) ~$ h) u& r) B: ?( ?这就对了，不只是果蝇有干细胞，线虫也有干细胞，多细胞生物都应该有DNA甲基化；% D6 I5 C- i) Q) q
真菌介于单细胞生物和多细胞生物之间，甲基化机制不大健全，若有若无
作者: Tlexander    时间: 2012-2-14 11:26

本帖最后由 Tlexander 于 2012-2-14 11:29 编辑 $ |, F" m, Y; C8 y

3 F. {! m  j8 C' f" f回复 FreeCell 的帖子2 C% A4 T/ h# y

2 S- W# ?6 Q. `# h7 N: ?干细胞从哪个物种开始进化出来的呢？？有性生殖开始就有干细胞了吧？？第一个有性生殖的物种是？



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