Nature Methods：西湖大学成功开发高亮度、耐光漂白的绿色荧光蛋白单体

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Nature Methods：西湖大学成功开发高亮度、耐光漂白的绿色荧光蛋白单体
! I+ G( \) n' L1 K; O来源：生物世界 2024-03-02 15:10
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西湖大学生命科学院 Kiryl Piatkevich 课题组联合莫斯科国立大学 Fedor Subach 课题组在 Nature Methods 期刊发表了题为：Bright and stable monomeric fluorescent protein derived from StayGold 的研究论文【2】。
9 ^8 R8 L$ C0 A6 s' P" I该研究采用定向进化策略，成功开发出了StayGold的单体版本，命名为mBaoJin。该荧光单体不仅继承了原蛋白的优异特性，还具备了更广泛的应用潜力。通过对mBaoJin在不同pH条件下的晶体结构进行分析，并将其与StayGold及其他主流荧光蛋白进行比较，他们还揭示了单体化所必须的关键氨基酸突变，并进一步阐明了其优异光稳定性的分子机制。' \, ^5 \6 F/ q$ O; l, k! v# q
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mBaoJin，亮度高和光稳定性强，加之其出色的化学稳定性，使其成为研究细胞及亚细胞结构形态和动态变化过程中，特别是超分辨显微成像技术和膨胀显微技术的理想荧光蛋白工具。2 @- Y$ I- O: X5 y# \
为了单体化二聚体绿色荧光蛋白StayGold，作者构建图1a的蛋白表达载体，将SatyGold的突变文库与AraC蛋白的DNA结合域（AraCDNA）进行融合。当突变体是单体时，与AraC融合的突变体蛋白驱动报告基因mTagBFP的表达水平比较低；当突变体是二聚体时，与AraC融合的突变体蛋白驱动报告基因mTagBFP的表达水平比较高。在每轮随机突变过程中，作者挑选蓝色荧光比较暗而绿色荧光最亮的菌落，并用液相色谱确认它们的寡聚态。经过八轮定向进化后，最终确定一个亮度最高的绿色荧光蛋白单体，同时使用mNeonGreen蛋白的N端和C端作为连接肽段，以确保其在哺乳动物细胞中稳定表达，并将其名为mBaoJin。* F8 a+ C, k: i6 G8 w0 v0 M
与StayGold的氨基酸序列比对，mBaoJin具有以下突变：S55T、H77R、E80G、Q140P、H141Q、C165Y、N171Y和T201A。为了检测mBaoJin在哺乳动物细胞中的是否为单体状态，作者在HeLa细胞中表达了与内质网锚定结构域（CytERM）融合的mBaoJin，统计没有出现涡旋结构的健康细胞的比例。同时使用了StayGold的串联和单体化版本（td8oxStayGold、StayGold-E138D和mStayGold，也称为QC2-6 FIQ）以及经过验证的单体（mEGFP、mClover3、mGreenLantern）和弱二聚体（EGFP、Venus）作为比较。mBaoJin的得分为93.7%，在细胞中达到了单体性的阈值。这些结果确定了mBaoJin是一种单体蛋白。: ]' }# ]9 d1 p* F
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单体化StayGold
' o1 ]; o8 P/ E' A$ rmBaoJin的晶体结构
8 c0 l8 \6 v- E9 K1 y/ h! E/ N在文中，作者解析了mBaoJin在pH为 6.5、4.6和8.5时的X射线晶体结构，并与StayGold二聚体结构进行比对，发现mBaoJin在不同pH值下的结构差异不大，mBaoJin的二聚界面在A和B亚基之间的接触较少，mBaoJin的所有结构中荧光团附近的氯离子口袋相似且与StayGold相似。为了进一步理解mBaoJin增强光稳定性的分子基础，作者对与荧光基团相互作用的位点134、137、152（按PDB中的编号）的氨基酸进行了点突变。结果发现，mBaoJin/N137K、mBaoJin/S134P和mBaoJin/V152E突变体的光漂白速度比mBaoJin快1.5-6.5和4.5倍。比较耐光漂白的mBaoJin蛋白和较不耐光漂白的mNeonGreen及EGFP蛋白的荧光团环境，发现耐光漂白的mBaoJin蛋白在荧光基团周围形成更多的氢键和疏水键。
4 i! }) O4 C4 K  i在细胞和纯化的蛋白中对mBaoJin的理化性质进行表征1 b% `0 b8 `- J3 b: J
在验证mBaoJin为单体蛋白后，作者进一步对纯化的mBaoJin蛋白的光谱和生化属性进行了表征。实验发现，与StayGold相比，mBaoJin所产生的单体化突变并未改变吸收和荧光光谱特性。然而，mBaoJin的分子亮度比StayGold低1.09倍，但比mNeonGreen亮1.24倍。在低激发强度（约13 mW/mm2，活细胞成像条件）下，mBaoJin的光稳定性比EGFP、mNeonGreen和mGreenLantern分别高15倍、9倍和130倍，尽管在高功率（约120 mW/mm2）下这种差异不那么显著。mBaoJin在37℃下快速成熟，成熟时间半值为7.5分钟，比StayGold、mNeonGreen和EGFP分别快1.8倍、2.2倍和1.8倍，是最快成熟的荧光蛋白之一。此外，mBaoJin的荧光表现出极高的化学稳定性，与其他单体GFPs相比，mBaoJin具有较高的pH稳定性，pKa值为4.37。mBaoJin在6M GdnHCl中孵育24小时后，其荧光增加了18%，而化学稳定性最强的荧光蛋白之一hfYFP的荧光仅增加了1%，StayGold的荧光减少了2%，mNeonGreen的荧光则完全猝灭。
+ f( [0 l% k) ]: W- N在HEK和HeLa细胞中，通过P2A使 mBaoJin与红色荧光蛋白（FusionRed或mCherry）共表达，红色荧光则对蛋白的表达水平进行归一化。与EGFP相比，mBaoJin在HEK和HeLa细胞中的细胞内亮度一致地高出约70-140%，同时与(n1)StayGold(c4)和mStayGold相当。此外，mBaoJin在经过膨胀显微前处理的HEK细胞中，其亮度分别比mNeonGreen、hfYFP和mStayGold高出17倍、1.4倍、3.8倍。在HEK细胞进行的光漂白实验中，作者使用了比平时活细胞成像高3.5倍的照明功率（即50.5 mW/mm2），以便在较短时间内观察到光漂白率的差异。除了StayGold及其衍生荧光蛋白比mBaoJin高1.9至2.3倍的光稳定性，mBaoJin的光漂白速度比其他现有的GFPs慢了4.6至85倍。StayGold的串联二聚体td8ox2StayGold，在亮度和光稳定性方面超过了所有测试的GFPs，在HEK细胞中表现最出色。
2 O1 f8 G) [* Q  Q$ v! ~mBaoJin的活细胞成像和超分辨率显微成像
# `, i  g' d, M% ImBaoJin与结构蛋白融合后成像，包括vimentin, mitochondrial presequence of human cytochrome c oxidase subunit VIII, H2B, keratin, α-tubulin, β-actin等。作者使用超分辨率共聚焦显微镜对mBaoJin和mNeoGreen与α-tubulin的融合蛋白进行长达60分钟的成像，mBaoJin没有发生光漂白，而在相同条件下，mNeonGreen比初始荧光值降低了25%。接着使用稀疏去卷积结构照明显微镜对活细胞中的肌动蛋白纤维进行成像，在更高的照明功率（150-200 mW/mm2）下，mBaoJin的光稳定性比mNeonGreen高出2.5-4倍。% j% h5 \: m8 L
在线虫中，mBaoJin在神经元中的细胞内亮度比mNeonGreen高出约2倍，在连续的宽场照明下，mBaoJin展现了比mNeonGreen慢4倍的光漂白速率，在15分钟的光漂白后保留了超过50%的初始荧光。+ o7 T: Q8 Z) B6 G, n! O
在活的小鼠脑组织中，mBaoJin比mNeonGreen亮1.7倍，但比mStayGold暗1.7倍。然而，在PFA固定的脑组织中，mStayGold和mBaoJin表现出相当的亮度和光稳定性，显著优于mNeonGreen。由于mBaoJin的高化学稳定性，将其应用在HeLa细胞的线粒体、微丝微管以及小鼠脑组织的膨胀显微成像中。重要的是，mBaoJin在膨胀的脑组织中也保持了其高光稳定性，使得能够进行大体积的超分辨率成像，同时减少光漂白。7 C  H0 d2 I$ |& l3 H- i

. Q1 P9 }; o$ w通讯作者Kiryl D. Piatkevich（左）、第一作者张汉斌（右）
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