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楼主: Tlexander
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发表于 2010-5-3 08:08 |只看该作者
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大家讨论的很好,只是我们应该看更多的相关资料,在进行讨论。

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发表于 2010-5-3 15:32 |只看该作者
回复  saturn
& p, u. u8 \* B4 [: ^/ ?) i
( G5 c1 S, K4 k# Q    看来你对我言简意赅的表述非常不解,“因为non-coding RNA所以miRNA?”这句话的意思 ...
( l9 T# |. \( Ukittybruce 发表于 2010-5-1 15:09
: d: c+ y% d9 ^/ q# n, z. _' n5 Y
3 o; {& I6 \, i
我知道问题出在哪了,是我说的有歧义,therefore, miRNA also should be included in non-coding RNA 我加了一个therefore, 换成however 应该没有歧义了吧?我先要承认自己的错误。
0 r9 W" f" w2 P% R: [; b" N
% \3 w9 p- l) q% {我的意思是说表观包括3方面,而noncoding RNA是包括miRNA的,或者是miRNA也包括在non-coding RNA 里面的,不过如果朋友认为miRNA不属于non-coding RNA,那这个问题就没有必要进行下去了。5 Y  I$ o& w6 H# r

/ ?% j: k: O! m+ E* i# o+ S还有一个问题就是如果要是作为学习资料的话,个人认为应该尽量看一些权威的书,有些书籍杂志不看也罢。
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发表于 2010-5-4 13:16 |只看该作者
回复 12# saturn
  L% P; S: u( e& U* F; i1 W' }$ ^% K% G& b0 i2 \
没有人认为miRNA不属于nc RNA,简单的定义大家还是知道的。其实我也没有特意去看那篇中文,只是google了一下发现自己还蛮赞同这个讲法。至少还没人给出明确的miRNA的功能属于表观遗传调控的提法,你写的英文里面也没有说得很肯定。贴一篇08年NEJM文章第8页讲miRNA与表观遗传调节的关系,可以发现表观遗传因素影响了miRNA水平的变化,看来miRNA和表观遗传是相互影响的两个东西,前者并不属于后者。$ g2 @5 b/ q/ h9 X8 r# ~
个人认为:看牛文重要,看懂牛文更重要,在看懂的基础上对牛文及其他非牛文进行批判性吸收、合理的演绎,才是最最重要的。
6 W( ^& ?5 B9 p0 d1 h, j) e
0 C4 Q7 A4 t( B5 p$ _7 N
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发表于 2010-5-7 00:29 |只看该作者
miRNA是属于表观遗传学家族的啊

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发表于 2010-5-7 16:09 |只看该作者
呵呵,楼上的兄弟不要讨论这个问题了,每个人的看法是不同的,估计Hannon or Bartel告诉他这个问题,他可能都不这么认为,所以我才没有继续和他说下去。, U7 t4 P9 ]/ z$ M8 |

' S4 ^8 X  `) N. G* R' c7 L就让我们结束这个话题吧
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发表于 2010-5-8 07:32 |只看该作者
本帖最后由 kittybruce 于 2010-5-8 08:01 编辑 5 P# d. \' W0 @& X' s$ j+ c
0 G7 ~2 w; e* @- f) r! _2 e. b
回复 15# saturn ; ^$ e3 b' d* u

  h# d. d1 i, z1 d3 B2 n呵呵,我挺固执啊,Hannon or Bartel都认为miRNA是表观啊(真的吗?),怪不得某miRNA拳巍来信说:personally, I would also not consider microRNAs an epigenetic mechanism, but nowadays many people do and sometimes you have to go with the flow...& n# [( P* y1 R) C
看来,我最好是go with the flow,不要去想为什么了(毕竟miRNA拳巍没有epigenetics+miRNA双重拳巍影响力大嘛)
! k5 t6 {9 o7 o  v6 ^( Z善意、彻底的讨论有助于辩明真理,对错都无所谓,交流嘛
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发表于 2010-5-8 09:15 |只看该作者
学习了楼上的真知灼见,受益匪浅
8 P! V/ R' Z- D6 J' Y; I实际上我觉得楼主的问题有点太过宽泛了,这个问题真的不好回答。按干细胞的分化能力来看,我觉得这位仁兄的说法还是很稳妥的:
从分化潜能上可分为:全能性干细胞(eg:zygote),多能性干细胞(eg:es),成体干细胞(专能干细胞)(so many ..." v$ v* N$ T1 {8 |' N8 e2 U" A5 k
qizhi502 发表于 2010-4-28 19:39
& A, S7 C  _  z

) v4 S! ^/ e5 E如果你要按部位来分,那不用说人体,连骨髓中就有好多种,所以按这个来分恐怕意义不大。) x7 P- m# b4 Z" B5 `; @8 S" j
至于表观研究,窃以为楼上几位辩论,体现了他们深厚的学识和独立的意见看法,但我想这个东西也许不用分得那么细,毕竟只要咱们在研究学习中明白,那些不涉及到DNA序列改变,而对基因表达产生影响,并且能够遗传的现象,就是表观遗传学现象,也许就够了。现在科学恐怕很难分得很细致。以上是在下愚见,望诸位不吝赐教,谢谢!
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发表于 2010-5-10 17:47 |只看该作者
我们先不说什么权威不权威吧,先科普一下,
% e& p- n1 e8 r  B) X- H$ Uepigenetics is the study of inherited  changes in phenotype (appearance) or gene expression caused by mechanisms other than changes in the underlying DNA  sequence,这个定义是wiki里面的,应该是大家普遍比较承认的吧。
1 h' S$ g5 m$ Q/ G9 m0 o, z4 r先不谈phenotype只说gene expression。8 W' F8 U1 t7 m. A* M
previous study only show that siRNA could play a role both in TGS and PTGS, but recently several papers also show that miRNA could also affect gene expression in transcriptional level rather than only in Post transcriptional level.* O8 b. D. n3 k9 b& I& M* ]
这里有个问题就是RNAi你认不认为是属于epigenetic范畴的,如果你不认为它属于epigenetic field,那这个问题就不用讨论了,如果你也认为它属于,那你认为miRNA是不是在RNAi中期重要作用的呢?
- Y9 @# R0 U2 G! c; B: R4 d这不是一个go with flow的问题,你能拿出证据说明问题,那非常好的,真理往往掌握在少数人手中,但前提是你要有充分的证据说明你的观点,
( h% z; Q3 M# N+ y" |按照表观遗传学的定义,无论是siRNA 还是miRNA都应该符合吧,你能指出他不符合的依据吗,
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发表于 2010-5-11 23:50 |只看该作者
回复 18# saturn
) d( Q6 f0 O9 ~. J! `' J3 V* Z6 c0 K% P; b" x
    wiki的定义基本意思就符合我第一次查到的那个广义中文定义呀,但真是够广的,我实在看不下去了才去找第二个狭义的解释。当然在广义范畴内和你的逻辑推理面前,没人不敢承认miRNA不是epigenetic mechanism了, 但我纳闷的是为什么这么明白的道理楞是没人宣传,基本见不到诸如"The epigenetic mechanism of miRNA-XX in the regulation of ......"之类表述的文章,让我们这些外行一直以为他们是两家的,难道这只是epigenetics定义上的一厢情愿?
/ x5 ^4 d* J& [8 d' ~: h* e* r
. `. u5 h/ J1 `: `+ h) ?2 n另外对于你提到的"recently several papers also show that miRNA could also affect gene expression in transcriptional level rather than only in Post transcriptional level."很感兴趣,感觉必定是类重大的、震撼传统观点的发现,是否有资料让大家学习学习?

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发表于 2010-5-12 00:15 |只看该作者
本帖最后由 saturn 于 2010-5-12 00:23 编辑
+ Z! H* {5 ?; C& b- F. [' u, g
for your first question, i think the usual sentence might be epigenetic regulation of gene expression ……, i don't think you have seen the epigenetic mechanism of DNA methylation, histone modification or non-coding RNA in the regulation of ……, such kinds of sentences.
9 f1 Y" G9 H4 O6 h  i' v
0 j3 |2 {1 u, x. O3 ffor the second question,  one paper is published by Yijun Qi in NIBS- n  Q& V, d, }; V
DNA Methylation Mediated by a MicroRNA Pathway.. z# w, \, B$ b6 ~% R  g
Wu L, Zhou H, Zhang Q, Zhang J, Ni F, Liu C, Qi Y.0 ~  G5 r6 I, U2 E0 p1 Z
Mol Cell. 2010 Apr 7. [Epub ahead of print]
4 h0 ]8 T$ Z& N1 C+ ranother paper is published in cell   R: Q0 G- `( F6 c% W/ P
Transcriptional control of gene expression by microRNAs.
- e, j1 p% i: X  U) Y4 l" IKhraiwesh B, Arif MA, Seumel GI, Ossowski S, Weigel D, Reski R, Frank W.+ A2 R( F4 m- s3 g" C
Cell. 2010 Jan 8;140(1):111-22.  T% Q  ~9 P" A4 x- K8 |+ y
  ]' V4 q4 d0 y* p
although you might argue that these two papers are only in plants, i think miRNA should play a conserved role in evolution. by the way, there are also some other similar papers, you could find them in pubmed yourself.: ?5 ]0 ^( f0 N" L9 f7 l

" e. P0 ]+ a4 l$ @personally i think there will be nobody agree with the narrow definition you listed before, RNAi should be involved in epigenetic, and it plays a role in PTGS.
. n2 K* V" X& q1 i# r1 H0 ~6 }7 ?9 g- L: c3 s
have fun in epigenetic field!
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