一个基因有多个转录本怎么设计引物？

embryonic12

回复 jhu132llh 的帖子
# m: l% j9 v. n8 [- T* n$ n9 {
# |! f, K" W& z- [9 s( E请教一下，如何找到某个转录本特有的区域呢？谢谢！

wnavy200299

回复 ind6562 的帖子; M3 \6 E2 m. \$ F' R1 Z9 d

  }9 S1 u1 J4 T0 Z* C一般来说，一个基因存在多个转录本是很正常的，但是这些转录本之间的区别主要是由于不同的剪接方式引起的。就像坛友们说的，主要发生在基因mRNA的中后区（3‘端），你要想扩增出所有转录本就需要在5’端下手，当然也可以借助align比对一下，看看究竟5'端的哪些区域为“通用序列”。这要做要是一两个基因还可以承受，要是十几二十对，谁也受不了。我的做法一般是选NCBI中所有转录本中第一个转录本，一般认为这个序列是该基因的通用序列，也是最主要的序列，设计引物是也可以参照开始说的。另外，你也可以通过文章中确定细胞中你的蛋白主要是多大分子量，主要表达哪个蛋白来进一步确定。个人意见，仅供参考。Good Luck！

killjap

据我理解，所谓数个转录本，一般指的是mRNA的选择性剪接。一般情况下，在不同的的组织中，会表达的转录本不同。但是一般一种细胞常常只表达一种转录本。
: C; t, w6 c; z% r1 k& u所以，楼主可以有两种选择：
+ W( I! W- p/ N# M# b$ }% V1、看看你选择的细胞表达哪一种（搜文献），针对它设计引物；$ H& ]3 j  d  W
2、看看有没有在所有转录本中都出现的核酸序列，如果有，那就设计针对这些序列的引物，通吃！

mzaq2006

一般不都是在同源区设计引物吗，因为有的转录本之间的序列相差不大，根本没有可以针对特定转录本设计引物的。