大家能不能来说说生物信息学在你们研究中的作用？

farui

我个人有两个想法供你参考6 ^) o& l2 Y! r6 r/ @- ]- t
1，你可以用你现有的数据，作differential expression分析，如果你的数据足够新颖，你可以从中挖掘有用的信息，比如比对以前的文献，有没有新的microRNA出现在你的结果里；# t! m4 q4 D, G* L& E
2，你可以在公共的数据库，比如NCBI的GEO里找和你的实验相同的mRNA和microRNA同时的数据，然后一起分析；
5 o9 J5 O3 k& e/ X. r再不行，我就不知道了，从新实验？。。。。

embryonic12

回复 farui 的帖子5 n/ ~0 Z' w+ u7 P1 s( V

" C  V) u( G" H2 k靶基因预测来了，你会做kegg通路富集吗？

farui

回复 embryonic12 的帖子
3 i) g, e, u/ c: j. q/ S1 U- K5 T# x  [0 D9 u$ Q- l, o+ J
做pathway enrichment分析的数据库，免费的，我知道有两个比较好，一个是你说的KEGG，一个是Reactome，据我所知，现在大家比较偏向使用Reactome。很多软件，比如Bioconductor和Cytoscape都有与KEGG和Reactome的接口，使用很方便。
1 ~$ D6 B0 O3 [3 E' i4 y" r$ C7 M
你可以看下面这个教程，如果使用Bioconductor中的ReactomePA包' d# ?: S3 }% Z$ c* v% b# k& N6 Q
http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ReactomePA/inst/doc/ReactomePA.html% p  y& ?- f7 b9 ]% K( f
  a" C" c  O: r, v
商用的数据库，我知道的只有Elesvier开发的Pathway Studio

embryonic12

回复 farui 的帖子% E* W% J, g* P) m
$ D7 `/ o; U; c4 Q  n; B
谢谢！

farui

回复 embryonic12 的帖子0 S0 Z2 C: K9 U
: k4 g! m2 K4 r; x
不客气