Nature Genetics发表癌症基因组测序新成果

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生物通 [EBIOTRADE.COM]      2016-03-09          " l: t8 B+ }; R& d* L8 c
摘要
1 e9 h, B6 y- [. v1 l日内瓦大学的遗传学家们测序了皮肤基底细胞癌(BCC)的DNA，鉴定了其中的致癌基因。这项发表在Nature Genetics杂志上的研究，为新的个性化疗法奠定了基础。研究人员测序了236名患者的293个BCC肿瘤，并将测序结果与患者健康细胞的遗传学图谱进行比较，寻找推动BCC发展的癌基因。结果发现，MYCN、PTPN14和LATS1都是BCC的推动者。进一步研究表明，这些癌症驱动子也存在于Gorlin综合征中。这可能就是Gorlin综合征患者更容易患BCC的原因。
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生物通报道：皮肤基底细胞癌（BCC）是最常见的一种癌症，90%的人都存在发病风险，尤其是年龄大和紫外线照射多的人。这种癌症虽然很普遍但并不是很致命。( y2 T2 t! l  `% U, m& e% }" c9 w$ C

4 W/ |# V; c4 F* @6 q3 H迄今为止，人们对BCC的了解还非常有限。为此，日内瓦大学（UNIGE）的遗传学家们测序了这些皮肤肿瘤的DNA，鉴定了其中的致癌基因。这项发表在Nature Genetics杂志上的研究，为新的个性化疗法奠定了基础。, T/ M. A( |4 n8 i

0 r5 ]5 l" b2 w当细胞发生DNA改变导致其生长不受控制，癌症就会发生。正因如此，近几年科学家们越来越多地通过基因组测序寻找致癌突变。研究人员测序了236名患者的293个BCC肿瘤，并将测序结果与患者健康细胞的遗传学图谱进行比较，寻找推动BCC发展的癌基因。
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( O+ k- W9 {) A- R" f& R“我们知道，大部分BCC是Sonic Hedgehog (SHh)通路异常激活引起的。我们不知道的是，BCC也是突变速度最高的癌症。除SHh以外，还有很多其它基因能引发这种皮肤癌，这显然使癌症治疗更加复杂化，”文章通讯作者Stylianos Antonarakis教授解释道。" I. u4 x# T4 S0 _7 w* G% }4 ~8 C" {
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研究人员发现，MYCN、PTPN14和LATS1都是BCC的推动者。进一步研究表明，这些癌症驱动子也存在于Gorlin综合征中。这可能就是Gorlin综合征患者更容易患BCC的原因。
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& ~1 }. {9 o8 H, |, ^2 k% o去年一月，Nature杂志发表了迄今为止最全面的头颈癌基因组测序分析结果。癌症基因组图谱计划（Cancer Genome Atlas，TCGA）的科学家们揭示了人乳头瘤病毒（HPV）和抽烟对头颈癌的影响，比较了头颈癌与其它癌症的异同，为头颈癌的诊断和治疗提供了新的方向。 HPV是美国最常见的性传播病毒之一，HPV引发的头颈癌正在逐年增加。FDA批准的HPV疫苗能够预防HPV感染，但病毒感染与癌症发展之间往往存在很长的时间间隔。人们亟需理解HPV阳性头颈癌的分子改变，并在此基础上开发新的治疗策略。
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9 k$ c4 m2 V; P去年二月，南加州大学USC的科学家们在结直肠肿瘤的不同位置取样，重建了最初的肿瘤细胞分裂事件。他们首次追溯了结直肠癌的起源，并从中发现了癌细胞生长的重要线索。这项发表在Nature Genetics杂志上的研究，提出了癌症发生时的“大爆炸”理论。“大爆炸”原本是一个经典的宇宙起源理论，该理论认为宇宙是在一次奇点大爆炸之后膨胀形成的。这项研究指出，结直肠癌最初的发展模式与这样的“大爆炸”很相似。肿瘤的发生伴随着新突变的爆发，像大爆炸一样生成许多混杂的亚克隆。5 R" x% `+ N; d( d! r' ?3 Q

& X! w; y' H7 z( K3 q; y合成致死是指两个非致死基因同时失活导致细胞死亡的现象。如果其中一个基因在肿瘤中失活，那么用药物抑制它的合成致死搭档，就可以特异性的杀死癌细胞，不危害健康细胞。Tel Aviv大学的研究人员开发了一个鉴定合成致死相互作用的新算法。他们通过分析癌症临床样本的遗传学和分子数据（拷贝数、DNA测序、基因表达、shRNA等），全面鉴定了癌细胞中的合成致死基因，生成了癌症合成致死的核心网络。3 I  }* u$ t) y+ U2 K; y/ S

% w" T& u$ Y& Y: N. C生物通编辑：叶予& b& [  g. |6 e! h$ u+ }9 N; j
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生物通推荐原文：Genomic analysis identifies new drivers and progression pathways in skin basal cell carcinoma. Nature Genetics5 @1 S! }  |2 W% Y/ B
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