Human Longevity发表万人基因组深度测序数据，发现1.5亿个基因变异 ...

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来源：测序中国 / 作者： / 2016-10-10
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3 ?  R% B; q: ?! \J. Craig Venter研究所和基因组学公司HLI（Human Longevity）的研究人员对10500多人进行基因组深度测序（deep sequencing），以便从主要的人类祖先群体中鉴定新的、已知的和罕见的基因变异。
- {. t( R7 u" w% E6 G研究者使用Illumina的HiSeq X Ten对10545个人进行平均覆盖度为30X~40X的基因组测序。这项研究10月4日在线发表在《PNAS》上，结果表明大约对8500个基因组进行测序，足以揭示最常见的基因变异，他们总计发现了超过1.5亿个基因变异。) g! s+ f: D+ ]" t
使用深度测序数据，研究小组确定了基因组中跨越几十万碱基的新的人类序列，发现了以前没有被描述过的几万个罕见SNP，还发现了对变异耐受的位点，包括特定的剪接位点和调控元件或位点，它们已知与疾病相关。
: @" C. T$ \6 I: P+ W文章通讯作者，HLI 共同创始人和CEO J. Craig Venter等人写道，“我们的结论是，高覆盖度的基因组测序为人类基因变异的发现和临床应用提供了准确的细节。”
& F- E6 N- m$ r1 u& _该研究小组先使用HiSeq X Ten以不同的深度测序已研究透彻的NA12878基因组。在测序和分析了NA12878序列和100个不相关个体的基因组后，研究者确定使用30X~40X为目标测序覆盖度。然后他们使用在这些实验中发现的变异、拷贝数和结构变异模式，对10545个人类基因组进行深度测序和分析，发现超过80%的人类基因组的测序具有高可信度。# @) b- E7 W  N, X) U
作者报告，该研究中的序列与ClinVar数据库中95%以上的致病突变位点和约92%的已知编码蛋白的外显子一致，表明在每个新测序的基因组中存在平均8600个新变异。
( |6 u9 m9 R5 \' y4 r& x# h% O他们还研究了基因组中不易受基因变异影响的部分，以及在人类中存在但在其他灵长类、尼安德塔人和丹尼索瓦人中未发现的序列和变异。2 j! u( L1 e. b0 y( |9 U
这项PNAS研究发表后，该研究小组将发布一个网络工具HLI Open Search的测试版本，用于分析人类基因组序列和变异。% r& I/ f3 I7 e% W( _1 R
开发该工具的HLI软件工程师Victor Lavrenko说，“HLI Open Search将世界上最大的基因组数据宝库送到了每个寻求更深层次知识和临床新见解的研究人员和医生的指尖。”! B8 v4 `/ t- N3 C  D( F
参考文献：Deep sequencing of10,000 human genomes. doi: 10.1073/pnas.1613365113. I# T! c% \8 Y3 n* h1 Z* A