Cell等多篇文章聚焦免疫应答背后的表观遗传相互作用

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Cell等多篇文章聚焦免疫应答背后的表观遗传相互作用
* s& P" f8 i# J& F- G' `* k6 ?来源：生物通 / 作者：薄荷 / 2016-11-25
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* }6 S, i  r( m& S5 Z; k国际人类表观基因组联盟（IHEC）近日在《Cell》等杂志上发表了40多篇论文，为人们呈现了原代组织的表观遗传数据集，以及复杂人类疾病的细胞机制分析。其中，几个团队开始解析免疫细胞发育、谱系确定和分化，以及免疫应答背后的复杂表观遗传相互作用。8 h  {4 t9 p/ H9 C
在一项发表于《Immunity》的研究中，德国的研究人员借助人CD4+ 记忆性T细胞的表观基因组数据，研究了记忆免疫细胞的分化。他们采集了数名健康女性的血液样品，通过流式细胞仪分选出分化的CD4+细胞，并利用亚硫酸氢盐测序、染色质免疫沉淀（ChIP）测序、RNA测序及其他方法分析了DNA甲基化和组蛋白修饰，编码和非编码RNA表达以及DNA可接近性模式。根据这些研究成果，作者发现了记忆性T细胞的线性分化的迹象。“我们观察到，在（记忆性T细胞的）分化过程中，基因组的异染色质部分存在与增殖相关的总体DNA甲基化丢失，”他们写道，并指出骨髓中的记忆性T细胞与循环中的细胞有着不同的表观遗传图谱。% z/ J8 I# W7 [9 H" `
在另一项发表于《Cell Reports》的研究中，来自墨西哥、法国和西班牙的研究人员将重点放在一种细胞毒性T淋巴细胞上，分析了CD8+T细胞的调控和表达特征。他们采集了四名健康婴儿的脐带血以及四名成年人的血液样品，利用ChIP-Seq和RNA-Seq比较了CD8+ T细胞的组蛋白修饰标记和基因表达谱。研究人员报告称，新生儿版本的CD8+ T细胞似乎更加接近先天免疫组分，无论是在表观遗传标记方面，还是与T细胞信号和细胞毒性相关的基因表达。这些结果也部分解释了为什么婴儿更容易患上传染病。来自意大利和荷兰的团队则研究了肿瘤浸润淋巴细胞的转录模式，并发表在《Immunity》杂志上。利用RNA测序，他们研究了非小细胞肺癌、结肠直肠癌的肿瘤浸润CD4+ T细胞和癌旁正常细胞的转录，比较了调节性T细胞和辅助性T细胞的模式。分析指出，调节性T细胞的特征与免疫检查点活性和癌症病例的预后不良有关。
; s3 O# C! x) M% T3 n$ J0 ]此外，参与BLUEPRINT表观基因组计划的研究人员也在《Cell》杂志上发表成果，介绍了人类免疫细胞及其他血细胞相关性状中的变异，这些是通过大量个体的遗传学、表观遗传学和转录组分析而检测到的。例如，Sanger研究所牵头的研究团队检测了多达197名个体的CD14+单核细胞、CD16+中性粒细胞和CD4+初始T细胞，绘制了各种免疫细胞的数量性状位点和等位基因特异的调节作用。另一个研究小组则研究了173,500名个体的红细胞、白细胞和血小板中的变异，发现它们与心脏病、类风湿性关节炎及其他疾病的相关变异重叠。# G7 _. e% Y4 x, Z: C- j
参考文献：
' V5 P+ g8 d  E  GEpigenomic Profiling of Human CD4+ T Cells Supports a Linear Differentiation Model and Highlights Molecular Regulators of Memory Development
' E7 N; N( |/ N4 m! BCD8+ T Cells from Human Neonates Are Biased toward an Innate Immune Response2 r8 q$ L7 L! W- i# i" p# G
Transcriptional Landscape of Human Tissue Lymphocytes Unveils Uniqueness of Tumor-Infiltrating T Regulatory Cells" N) P8 b. h- R% S9 F