请大家看看 Mouse iPS的鉴定问题。NANOG 的引物

上海过客

请大家看看 Mouse iPS的鉴定问题。NANOG 的引物
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最近再养 小鼠的 iPS细胞 。收了一些蛋白，RNA 最近想做一下  鉴定 。 用的三个基因是 内源NANOG，SOX2，OCT3/4 。序列 是参考附录山中伸弥 06年的 Cell 文献。PCR记过都出来了 。克隆形态 比较好 。
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( r8 O6 T. `% Y$ l4 z但是 出问题了   SOX2 和OCT 的  引物都找到了  但是 NANOG的 引物找不到序列 5 {" S1 W2 g5 C2 X: ~& c# }

/ [/ @% D% {# Y  NANOG的 代码是 AB093574 ， 参见 附录文献31页  AK010332;XM_132755  Mus musculus mRNA for homeobox transcription factor Nanog, complete cds. [AB093574]  。                   引物用的是 第39页的   RT-PCR for endogenous Nanog   。    w+ K/ D' R; c! {( D

2 G* T6 x& q1 z$ b8 i7 X请大家看看 什么地方出了问题 。    是NANOG的 序列我找的不对  ？  9 l* G+ ~" I0 F* H7 P5 L$ O; n8 v
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刚才 用 两个引物 序列 直接 在 NCBI里搜索了 。结果没有找到同源的序列

gemstone

我比较了一下你提供的信息，发现sense引物有一处不匹配。在靠近5’端，理论上说RTPCR也应该有结果，只是效率会降低一些。不过Yamanaka这么提供错误的引物序列有点不厚道。当然，也许是无意的错误。不管怎样，你还是要比较确认别人提供的信息以后再用比较稳妥。

ppcl2

Paper中的引物在使用前，一定要慎重，特别是CNS文中里列出的，有的全部是伪劣序列，你要不小心就悲剧了，呵呵。
& m- [5 n5 \, N2 }  G这种东西最好自己合成，要使用论文中的，至少要事前确认一下真伪，拿个软件看看能用不。

yuheng

同意楼上的说法，我最近用的引物也是参考文献中的，而且是多个文献反复引用过的。结果做了real-time PCR后发现溶解曲线都是两个峰，最后还是自己设计的引物，P的结果比较满意。