大家帮分析一下序列，是否能读码过去？

hndxws

几个月前做突变删除的时候，由于经验不足，少考虑一些因素，现在突变载体已经进行很多步了，却发现忽略了删除后某些位置可能会通读的情况，忘记在某些位置加上终止序列。导致可能会出现无法有效终止而产生通读的可能性。不知道下面一段序列是否能够起到终止作用？
, }! Q) R' l! n* vatggaggcttgggagtgtttggaagatttttctgctgtgcgtaacttgctggaacagagctcgtcgactaattccctggcattatgcccagtacatgaccttatgggactttcctacttggcagtacatctacgtattagtcatcgctattaccatggtgatgcggttttggcagtacatcaatgggcgtggatagcggtttgactcacggggatttccaagtctccaccccattgacgtcaatgggagtttgttttggcaccaaaatcaacgggactttccaaaatgtcgtaacaactccgccccattgacgcaaatgggcggtaggcgtgtacggtgggaggtctatataagcagagctcgtttagtgaaccgtcagatcgcctggagacgccatccacgctgttttgacctccatagaagacaccgggaccgatccagcctggggatcagtcttcgagtcgacaagcttgaatt7 P* {* W8 {+ U2 E0 H$ B9 u. ]
这段序列本来应该是个启动子，内部有7个终止子，不知能否充当终止序列，起到有效的终止作用。现在不想重新再从头做，但还没有做到检测是否影响下面的表达这一步，不知道能不能提前预测一下？

绿雪

呵呵，我觉得不太可能。终止子也有自身的结构特征，包括能形成茎环结构，茎环区富含GC，3‘末端有6个U等，不是具有终止密码子的就能起终止作用的。

hndxws

你为什么不再往下想想？你说的只是转录，转录是不能有效地终止，这个我是知道的。但是这能说明翻译的时候就能有效翻译吗？这里面一共有七个密码子，就算转录出来RNA你觉得能翻译吗？转录我觉得是我问题的次重点。

hndxws

我想明白了，这个是可以终止的。不会表达出蛋白的。现在大家能帮我提供一段常用包括终止密码子在内的大概30bp的终止序列吗？就是说，真核终止密码子之后理论上说是有什么富含GC，还有AT的序列，我觉得为了严谨还是加上一段终止的序列。大家能帮我提供一段吗？要求只是起到终止作用。

lixiaodong

转录和翻译的机制不相同。启动子内有终止子是较常见的。但翻译时视你的Kozak序列而定，翻译的时候有个Scan的过程，决定从那开始ATG的翻译。所以你的序列可能只有部分会在5‘-UTR* @; c7 e0 ^: u
里面，而且可能无合适的Kozak。可能不会影响到转录和翻译。不知你为什么会突变这一区域，你应在编码区作点突变啊。

hndxws

回复 5# lixiaodong ' G- R' l) @) b
详细来说，我要在某个位置删除一个蛋白，但是这个蛋白与其他读码框有重叠，所以不能完全删除，只删了部分序列，这个蛋白的启动子和ATG后的一段序列被保留下来了。同时，我在这个删除的位置又插入了一个新的CMV启动子表达框，但是当时没考虑这删除残留下的蛋白是否会把我的CMV启动子也当做读码框通读下来。
7 U1 R3 r3 V; U现在我想到这个问题了，但巧的是按照残留下来序列的读码方式，CMV启动子上会有7个终止子。
$ _0 t; g# A1 V- |5 S( N6 r6 }+ M8 p我觉得转录是会发生的，但是转录的RNA是不正常的RNA是会被降解的，即使不被降解，翻译的时候也会走不下去。$ K: P. p7 W' s. X
情况就是这样。
! @# }6 o! x* M9 Z
9 o/ m* @& F& O( d; A) _你上面说的“有的启动子里会有终止作用”，不知CMV启动子是否具有终止作用？如果有的话那就没必要再重新做了。

lixiaodong

回复 6# hndxws " D# c7 d: T9 j5 x5 [3 E: q/ k
启动子内或UTR内都会有stop codon， 但无相应的terminator序列还会向后转录的。
" b! K5 t/ f) _$ `+ {1 J你的情况，可能会有两个转录本：从原来的启动子开始的和从CMV开始的，前一个不能表达有用的蛋白。如想彻底排除前一启动子的影响，需在其后及几个Transcription pause signal。

lixiaodong

需在其后接几个Transcription pause signal。感觉你删的位置不对，或者就是后面不该用CMV，直接用前面的启动子加后面的融合蛋白。

hndxws

我的目的是删除那个蛋白，同时用CMV在删除的位置启动表达另一个蛋白，不是要表达融合蛋白。加转录终止信号是之前设计的时候没考虑到。而且删除序列也不是随意就能删掉的，要考虑对附近重叠读码框的影响，这一步的删除是参考了文献的，只是文献里没有在这个删除的地方加入其它读码框，不存在我遇到的情况。
) l0 N: o  c$ a  r6 M: J0 U删除的蛋白不能正常表达就是我的目的，只是没处理干净，导致可以转录，但要表达，我觉得是不太可能的。当然我也觉得加入一段转录终止序列会更好点，但是结果应该是一样的。

cactus.X

原核生物转录终止一般有两种形式，即强终止子和若终止子。强终止子的一般结构为：富含GC碱基的发夹结构+poly U链，如：NNAAGCGCCGNNNCCGGCGCUUUUUUNNN，把U对应改为T就是DNA正义链序列，你给出的序列中似乎没有符合这样的终止序列。假设RNA转录不能终止，应该会将你下游的目的序列（含CMV启动子）一同转录，转录的RNA马上被核糖体识别进行翻译，遇到终止子翻译终止，随后mRNA会被降解。（由于原核生物mRNA不稳定，在转录后几分钟内完成翻译，随后降解。细菌中mRNA的半衰期平均为2分钟。）因此我觉得你的CMV后面的目的蛋白很可能出不来或者表达量少。
, M- I4 T4 Q0 r7 S5 T你试试能不能对原蛋白的启动子区域做一些同义替换，既不影响重叠蛋白表达，也可以抑制其转录，让你的CMV启动子正常行使功能。
! [  ~  u" x8 H; W8 I个人想法，可能欠佳，进攻参考。