分化过程中miRNA的变化如何鉴定？

zhaoyan1983

当干细胞由非分化状态转变为分化状态过程中miRNA如何变化怎样鉴定？
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这些miRNA的靶蛋白都有哪些？如何鉴定？. H: G( e% N% U; f0 Z

( j- j$ M& T$ f; B% `1 i只知道好似是用生物信息学方法，但具体怎么做？最好有大体流程，十分感谢

hljzyydx

至于miRNA的鉴定以及在不同过程中量的变化检测，一般使用芯片技术的，也就是你说的生物信息学方法，而这些大多是由公司去做的，一般实验室做不了，现在的实验室条件如果你想监测miRNA的变化，一般是用real-time，但是这个要在你确定要检测哪种MIR的前提下去做，毕竟Q-RT还是很费钱的。至于靶蛋白很难研究，因为同一个MIR可能有多个靶点，而且现在大多是通过文献报道确定，即使是你发现了一段MIR有作用，想确定靶点，也多是先确定核酸序列，很难确定靶蛋白

hljzyydx

再说一句：芯片主要是用来MIR的筛选

sannia

我目前就是做这个。
' M7 d0 O" y, E大体想法是：首先培养干细胞，再使干细胞分化成某种具体的细胞，收集不同分化时期的细胞。提取小RNA样品，高通量测序，预测miRNA种类以及miRNA的表达数量，通过程序预测miRNA的target gene。最后把不同时期的data做比较得出差异表达的miRNA，结合gene 表达的microarray，找出差异表达的miRNA target。
  o! E1 n  @6 k! _关于生物信息学方面，需要本人有生物信息基础和实验室有稍微强大一点的服务器。分析程序可以参考http://web.wi.mit.edu/bartel/pub/protocols.html和http://hannonlab.cshl.edu/ 等实验室的paper。

上海过客

我目前就是做这个。
2 {7 o6 |# G! p; ~大体想法是：首先培养干细胞，再使干细胞分化成某种具体的细胞，收集不同分化时期的细 .../ ~  y* M2 [( s6 K$ L/ r
sannia 发表于 2010-11-12 18:53

/ r0 @  i5 ^- J+ a3 z: U
  H5 W0 ~1 J3 V8 K
7 z* q0 |+ ?+ C$ b4 p5 L   这样做没有意义 。不可能 分化成 很好的单一细胞 。+ ]* l- O1 L; F* D- s
   定向分化和 保持干性一样难，甚至更难。
% [9 |! |5 K: v' o6 D   这样背景噪音 很大 。可能 得不到 好的实验结果

sannia

回复 5# 上海过客
% \: q, g9 Z' J5 ~2 V, t( E4 m* w2 z5 d" E0 W! ~2 x
你说的很对。所以我们首先要筛选单一分化时期的细胞。
" d7 e. }3 \7 e8 ]1 Y, Z- m/ @现在发现这是一个比较复杂的项目，大概要一年时间，不过筛选前期工作都比较顺利。

王乾

我们实验室先是用EB分化，收不同天数的mRNA，去做QPCR，当然此QPCR的引物和普通的不同，价钱也较贵，此方法可以很清楚的看到miRNA的变化。
9 J, M) y4 \3 O3 U1 r8 ^  x" x关于靶蛋白的预测有很多种办法，比如，检测miRNA变化的同时检测基因的变化，可以用芯片的方法。也可以到一些专门预测靶基因的网站去预测，具体方法网站上都有。另外，想确定某个具体的基因到底是否真的是靶基因，还要有具体是实验验证，比如报告载体，QPCR,inhabiter等等。