分化过程中miRNA的变化如何鉴定？

zhaoyan1983

当干细胞由非分化状态转变为分化状态过程中miRNA如何变化怎样鉴定？: y, A" @$ c" H1 J2 ]; \' h( q

- o9 n' Z/ f# c这些miRNA的靶蛋白都有哪些？如何鉴定？# u9 A. W+ C, q0 u
* e$ E, t# W' e8 X( `2 Y4 m
只知道好似是用生物信息学方法，但具体怎么做？最好有大体流程，十分感谢

hljzyydx

至于miRNA的鉴定以及在不同过程中量的变化检测，一般使用芯片技术的，也就是你说的生物信息学方法，而这些大多是由公司去做的，一般实验室做不了，现在的实验室条件如果你想监测miRNA的变化，一般是用real-time，但是这个要在你确定要检测哪种MIR的前提下去做，毕竟Q-RT还是很费钱的。至于靶蛋白很难研究，因为同一个MIR可能有多个靶点，而且现在大多是通过文献报道确定，即使是你发现了一段MIR有作用，想确定靶点，也多是先确定核酸序列，很难确定靶蛋白

hljzyydx

再说一句：芯片主要是用来MIR的筛选

sannia

我目前就是做这个。
* V) I. l9 J* @( R大体想法是：首先培养干细胞，再使干细胞分化成某种具体的细胞，收集不同分化时期的细胞。提取小RNA样品，高通量测序，预测miRNA种类以及miRNA的表达数量，通过程序预测miRNA的target gene。最后把不同时期的data做比较得出差异表达的miRNA，结合gene 表达的microarray，找出差异表达的miRNA target。. P# l  c& d. X$ |
关于生物信息学方面，需要本人有生物信息基础和实验室有稍微强大一点的服务器。分析程序可以参考http://web.wi.mit.edu/bartel/pub/protocols.html和http://hannonlab.cshl.edu/ 等实验室的paper。

上海过客

我目前就是做这个。2 q  P2 y( \, v& v, K1 @) y
大体想法是：首先培养干细胞，再使干细胞分化成某种具体的细胞，收集不同分化时期的细 ...( R7 q2 h: }- h8 t' A+ Q6 \
sannia 发表于 2010-11-12 18:53

  I5 T. |  ?/ x* O
4 Z# I  H! V, z! _( N+ \, \% V

( Z4 E9 s/ {: M/ d- l   这样做没有意义 。不可能 分化成 很好的单一细胞 。) K# W" _3 {* o. Q. W0 J9 f2 _
   定向分化和 保持干性一样难，甚至更难。 ) n; W8 C. @5 f: N& m
   这样背景噪音 很大 。可能 得不到 好的实验结果

sannia

回复 5# 上海过客
5 {( ~0 r& Z2 G7 d: Q2 ^+ b" f2 D
你说的很对。所以我们首先要筛选单一分化时期的细胞。" T# b1 V8 x& [/ V2 g- P
现在发现这是一个比较复杂的项目，大概要一年时间，不过筛选前期工作都比较顺利。

王乾

我们实验室先是用EB分化，收不同天数的mRNA，去做QPCR，当然此QPCR的引物和普通的不同，价钱也较贵，此方法可以很清楚的看到miRNA的变化。5 q+ q( U; ~) D- G) K9 D% S
关于靶蛋白的预测有很多种办法，比如，检测miRNA变化的同时检测基因的变化，可以用芯片的方法。也可以到一些专门预测靶基因的网站去预测，具体方法网站上都有。另外，想确定某个具体的基因到底是否真的是靶基因，还要有具体是实验验证，比如报告载体，QPCR,inhabiter等等。