请教一个Chip的问题，非常感谢！

embryonic12

最近想用Chip来检测一些基因启动子区组蛋白修饰的变化。但不知道最后一步pcr的引物如何设计？据说启动子序列在上游2000 bp到下游200 bp之间，那到底针对哪一段设计引物呢？9 T  _$ W2 i6 Y1 v4 _( _7 ]# H
谢谢！

Tlexander

对绝大多数新手来说，都会问你这个问题，其实这反应了中国生物学的一个本质问题，单位点研究到组学研究的过渡，大牛科学家在疯狂地开展研究，忽视了本科甚至研究生的培养工作。美国在上个世纪50年代就完成了这个过渡，所以他们考虑的问题都是组学然后转至单基因，所以他们知道该做哪个基因，该做哪个区域，而我们的本科生或者研究生都是随意拿来一个基因，没有没做组学，不知道为什么要做这个基因，具体又要做哪个区域。
! W1 P8 x: j$ x  n$ Q: L; j! {% E+ m  {( S  N
所以建议新手们，多选一些组学相关的课程： 转录组，表观基因组，chip-seq等课程

不倒翁

回复 embryonic12 的帖子" B5 R" t9 J8 O; M5 I

% V' k& C! N# W; k' Q产物长度就跟real time一样 设计的条件也是

不倒翁

回复 embryonic12 的帖子- W1 H7 \$ o1 R: _/ I" i

2 X2 A  p' c  q% w; M根据你的蛋白结合的保守序列可以预测一些结合位点 如果没有的话就要涵盖所有的序列片段了

embryonic12

回复 不倒翁 的帖子" U9 {( o, ^6 n6 o/ l

1 d+ m( g" J5 F' ?您好：- v( v2 t) J9 i# t
      感谢您的指点。但还想请教，在这2k的区域内具体针对哪一段设计引物呢？据说产物长度在100-200 bp间较合适，不知您的经验是否这样。6 L; @5 L) c" L3 l' i( Q1 ~
谢谢！

不倒翁

跟real time 引物一样的设计方法 至于启动子的定义没有明确的规定 但是大家一般都是按照ATG到上游2k，有的会到5k，根据你的需要，或者可以克隆不同长度的启动子用报告系统分析一下活性再定夺