请教一个CHIP的问题 超声之后解交联的DNA能否用来扩增目的基因

深海鱼

如题，因为超声随机性，不能保证要扩增的目的基因片段仍保持完整，所以将超声后产物解交联，得到的DNA能否用于目的基因扩增？若扩不出来，是不是说明超声将目的基因打碎了就不用继续做了，因为做完那个片段仍是碎的 检测不出。
$ f5 \) }) r. j4 B/ I0 A; E2 ~0 d1 j6 Q% d请大侠指教，欢迎讨论~

ndwzf

回复 cronos0910 的帖子  y* z* j0 R/ h- b: g- }, G% ?

3 ~% J4 ~) I4 w/ i5 }" Y老师您好：
/ V+ |: B3 O: e  }8 e6 ^我最近想开始ChIp实验，打算使用protein A或proteinG磁珠进行免疫沉淀，但不知哪个牌子的好一些，请予以指点。
3 V8 Y- u5 e9 h- A( b谢谢！

Tlexander

回复 embryonic12 的帖子3 s" {" X- _& g; n/ V" e- {
# i; T. h+ ^3 O) x
当然，你最好把chip-seq的原理好好思考一下# M2 {; |& i; Q. [$ k0 V
染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。依托第二代测序技术并联合染色质免疫共沉淀技术的优势（将染色质免疫共沉淀技术与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，充分发挥了二者的优势，能够高效地在全基因组范围内研究目的蛋白的结合位点），形成了新的ChIP-Seq技术。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

embryonic12

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. B" a& }! P0 u( A  |! t; e
/ Q! y. p. T, ^( F% E4 I老师您好，感谢指点！
1 ^% K: S6 R; Y5 `( V我先做下标准曲线看看。

embryonic12

回复 Tlexander 的帖子7 z5 s, ~/ E/ |% o% ^: |& |- _

$ k1 ?: L2 l. |感谢指点！
1 o% t7 B% s8 D那就是说沉淀组亮于Input组也是可信的实验结果了？

Tlexander

回复 ndwzf 的帖子
8 B, R9 v/ G6 K8 h/ d6 W& e) u, y) [9 t4 `
因为你扩增的片段在免疫沉淀组得到了富集，所以要比input亮

cronos0910

改过做法- S7 m& \* P/ @7 \1 d- U' s+ `
用已被研究过基因（在你做的ChIP中被证明过的）做标准曲线
1 W- d1 I: ~! V! N6 M" T5 L

ndwzf

回复 Tlexander 的帖子0 ]8 v3 h; T: N' ?' }$ t0 W/ l
; P7 J0 i. E" I& w/ Y' I. b
版主您好！
) {& N* Y- p- H# N# Z这两天试着做了一次chip，普通PCR后，跑电泳看了一下，产物（107 bp）特异性很好，但奇怪的是免疫沉淀组的亮度远超过input组。另一位同学做了两次，也是这个情况。怎么也想不清可能的原因，请您及各位高手指点一下。/ ?& }7 X3 Z0 t5 U5 C
谢谢！

ndwzf

回复 cronos0910 的帖子$ I3 G/ f+ R6 g* V5 r$ l. g

+ ~2 }' m$ B" P老师您好！感谢指点。8 J5 |5 N' d# o$ w6 ?' S# ]
这两天试着做了一次，普通PCR后，跑电泳看了一下，产物（107 bp）特异性很好，但奇怪的是免疫沉淀组的亮度远超过input组。怎么也想不清可能的原因，还得再烦请您帮助。
/ `2 e3 t+ X( h2 \5 ?谢谢！

Tlexander

现在国外基本上都是定量时代了，很少有人用普通pcr了，所以他们要求你用realtime