请教大侠们实验设计方面的问题

holywater

回复 zzc2211 的帖子* Y. v9 W# v% K) \
" m% |5 s4 o4 D% ^6 z
2楼的做法有很大漏洞。 1--并不一定是蛋白=蛋白直接相互作用 ，不是直接的怎么PULL  A. x1 Z7 n$ ^- u! u

1 N- ^3 ?/ A' j9 L2=就是能拉下来，western抗体挨个杂吗？
0 j$ K8 P; y1 h. N1 a0 u. f' t1 u  ?. j7 j# G9 ]" k( j% K  J
3 如果是蛋白直接作用，realtime起什么作用？5 j0 d  h3 W4 ~. D& y! G  V

( _2 c9 Z& f+ ?要我是老师，这题目你肯定0分嘛

holywater

回复 yyshpy 的帖子
. T. ^  X7 R- E
) f4 Y8 }% ^: M) \! ~0 I3楼说的有道理，但是有个最大问题，生物信息学经常不准的，否则生物信息学家早就统治世界了。不过思路是好的，至少可以得30分/100分的话
" X9 y4 D; ^. n- M9 k

holywater

回复 hany2007 的帖子
# X2 d8 L# c3 n$ n& U  }9 s8 k1 f2 O" L1 l  ^
也是同样的问题，如果蛋白不是通过直接作用来影响通路，你实验做死了也没结果嘛。

holywater

回复 hany2007 的帖子
( |9 l) ~1 k" _+ c. H3 u4 C) A. q& W( K8 w( Z6 r( o/ j
还有个问题，一个蛋白可能影响很多通路呢，你有可能杂出一堆蛋白。

holywater

借人气求一美女QQ聊天

holywater

3 q/ C8 N: I% |/ z, d; _5 L, l) p2 T
) V: y0 ^; Z" v9 _: f) P$ ^5 P
如果蛋白A可以和蛋白B,C,D作用，而D是你要的通路，但是蛋白和B亲和力很高，而B的丰度又很高，D又低的时候，你有可能做出的结果就是蛋白A和B作用。pulldown不是那么严格的东西，它可以用来验证两个蛋白是否作用，但是不能来验证两个蛋白不作用。不知道我说的大家明白不

holywater

我再举个例子吧。如果蛋白是通过提高钙水平来影响通路，那么蛋白可能下面牵扯到无数通路。
7 J; F; Q" R! {) K' V7 f7 T, ]4 M: L1 S: Q% }: o1 ~, [. C% z
上面的回复你们看有几个有用的，能检测出来的？全灭吧，哈哈。除了生物信息学那个可能有些靠谱。

holywater

看到作用立刻想到IP和pulldown的，要反思了！

holywater

回复 yyshpy 的帖子
" N5 d6 o. e  r6 ]1 H  z
( D$ B9 l# v5 D9 ?不是自娱自乐的问题。实验设计就是要尽量避免漏洞- N7 g% e# s5 b/ w; e* t6 P

% \' O* _6 C6 Q& T针对我那个钙信号的假设通路，
! C7 ?& U: d5 V6 o5 y; F. i9 N4 \) c" h, {$ g& j3 w
上面那些方法，除了信息学有点靠谱（也不是绝对靠谱），别的都没办法做出结果

holywater

回复 hany2007 的帖子4 [1 k! y7 H4 b( g" r. u& C: X! P

7 b6 f9 r9 C! P1 p还是老问题，如果他作用于很多通路，专一性不是那么强的话，还是很难。