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[请教] PCR搞不定了,丢脸啊~请各位高人指教!     [复制链接]

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金话筒 优秀会员

楼主
发表于 2012-3-25 09:53 |显示全部帖子
上面几楼回复的都有道理,但是我个人觉得都不是出现这问题的重点,如果不信楼主可以按他们的建议试试,看是否会有改进。我觉得进你目前提供的信息,最可能出现问题的是你的引物。' G+ j2 W& c2 u3 y. r
PCR反应,如果实际都是好用的话,主要的就是模板和引物。在你这里主要是引物出问题了。具体来说是你forward的引物退火温度太低,我用软件看了一下,只有40度多一点,这样的引物在你的条件下是不太可能有条带的,而reverse引物的退火温度就可以。所以你的问题是引物不合适导致退火温度不合适,PCR不能有条带。4 I' O3 J$ B" a8 l. O8 ^. Y2 @
我们很多同仁,都觉得PCR简单,但是真正对PCR条件有理解的却在少数,大家都是嚷着,引物长度多少到多少,退火温度什么加减5度,太机械,我从来没有按什么加减5度做实验。最主要的就是引物实际的退火温度。在你的引物里,第一个长度虽有26,但是退火温度还没达到你设定的条件,第二个虽然24但是已经达到你的退火条件,PCR退火条件同时也不能设太低,低于43度的话,会因自由能低,一样不成功。
9 ^/ U6 q, J4 v4 A我的建议是把你的第一条引物换掉,在原有的基础上再加5个碱基,即attgattattgactagttattaatagtaatc,把退火温度设到55,一般的质粒模板,这个条件绝对没问题。你试试,希望把结果告诉大家。
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沙发
发表于 2012-3-25 21:06 |显示全部帖子
既然你要试,那你就试吧,长点经验也好。
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